การเพิ่มประสิทธิภาพโปรตีโอมิกส์จากบนลงล่างของเนื้อเยื่อสมองด้วย FAIMS ตอนที่ 3

ข้อสังเกตทันทีและชัดเจนประการหนึ่งก็คือ ยิ่งเปอร์เซ็นไทล์ความอุดมสมบูรณ์สูง ความน่าจะเป็นที่จะระบุด้วย TDP ก็จะยิ่งมากขึ้นเท่านั้น กล่าวอีกนัยหนึ่ง TDP ส่วนใหญ่จะระบุโปรตีนที่มีความอุดมสมบูรณ์สูง

เมื่อเราอายุมากขึ้น หลายๆ คนพบว่าความจำเสื่อมลง นี่เป็นปรากฏการณ์ที่พบบ่อย โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากที่เราเผชิญกับความเครียดทางจิตใจในระยะยาว การนอนหลับไม่เพียงพอ และการรับประทานอาหารที่ไม่สมดุล

แต่คุณรู้หรือไม่ว่าวิธีหนึ่งที่จะช่วยเราปรับปรุงความจำของเราคือการเพิ่มปริมาณโปรตีนที่มีปริมาณมาก โปรตีนที่มีความอุดมสมบูรณ์สูงอุดมไปด้วยกรดอะมิโน ซึ่งสามารถสังเคราะห์โมเลกุลที่เรียกว่าสารสื่อประสาทในสมอง และยังส่งเสริมการเจริญเติบโตและการทำงานของเซลล์ประสาทอีกด้วย เซลล์ประสาทเป็นหน่วยพื้นฐานที่สุดในสมองและเป็นกุญแจสำคัญในการเรียนรู้และความสามารถในการจดจำของเรา ดังนั้นโปรตีนที่มีปริมาณมากจึงสามารถปรับปรุงความจำของเราได้โดยเสริมการทำงานของเซลล์ประสาท

การวิจัยยังแสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและความจำ ตัวอย่างเช่น การศึกษาชิ้นหนึ่งพบว่าเมื่อเทียบกับอาหารที่มีโปรตีนสูง อาหารที่มีโปรตีนต่ำทำให้การทำงานของสมองลดลง รวมถึงความสนใจและความจำ

ดังนั้น หากคุณต้องการพัฒนาความจำ คุณอาจเพิ่มอาหารที่มีโปรตีนสูงลงในอาหารของคุณ เช่น ไก่ ปลา เนื้อวัว ไข่ เต้าหู้ ฯลฯ แน่นอนว่าคุณควรใส่ใจกับความสมดุลด้วย และความหลากหลายของอาหารของคุณ และคุณไม่สามารถกินอาหารประเภทเดียวได้

กล่าวโดยสรุป โปรตีนที่มีปริมาณมากสามารถช่วยพัฒนาความจำของเราได้ หากคุณต้องการมีความจำที่ดีขึ้น คุณอาจเริ่มด้วยการรับประทานอาหารและพยายามรับประทานอาหารที่มีโปรตีนสูงให้ได้มากที่สุด! นี่แสดงให้เห็นว่าเราจำเป็นต้องปรับปรุงความจำของเรา และ Cistanche สามารถปรับปรุงความจำได้อย่างมาก เนื่องจากมันยังสามารถควบคุมความสมดุลของสารสื่อประสาท เช่น การเพิ่มระดับของอะเซทิลโคลีนและปัจจัยการเจริญเติบโต ซึ่งมีความสำคัญมากสำหรับความจำและการเรียนรู้ นอกจากนี้ Cistanche ยังช่วยเพิ่มการไหลเวียนของเลือดและส่งเสริมการส่งออกซิเจน ซึ่งช่วยให้สมองได้รับสารอาหารและพลังงานที่เพียงพอ ซึ่งจะช่วยปรับปรุงความมีชีวิตชีวาและความอดทนของสมอง

คลิกรู้อาหารเสริมเพื่อเพิ่มความจำ

ประมาณครึ่งหนึ่งของยีนที่ระบุจากชุดข้อมูลจากบนลงล่าง (มีหรือไม่มี FAIMS) อยู่ภายใน 20% แรกของถังความอุดมสมบูรณ์สำหรับการวิเคราะห์จากล่างขึ้นบน (รูปที่ 6A) ในทางกลับกัน 71 ยีนสามารถพบได้ในชุดข้อมูลจากบนลงล่างเท่านั้น (ถัง "NA") (รูปที่ 6A)

ยีนเหล่านี้ดูเหมือนจะเป็นตัวแทนของโปรตีนที่ค่อนข้างสั้น (<150 AA) and contained numerous basic Lys/Arg residues which, presumably, precluded their ability to be detected by bottom-up analysis. 

ตัวอย่างเช่น สิ่งที่รวมอยู่ในถังขยะจากบนลงล่างเท่านั้นคือโปรตีนฮิสโตน เช่น H3C1, H4C1, H1–4 และ H2BC12 ตามที่คาดไว้ เราพบว่า FAIMS สามารถปรับปรุงการระบุตัวตนในเปอร์เซ็นไทล์ที่มีปริมาณต่ำกว่ามากกว่า "No FAIMS" ซึ่งจะเป็นการเพิ่มความลึก ของโปรตีโอมที่สังเกตได้

เมื่อพิจารณาอัตราส่วนของ FAIMS ต่อ "ไม่มี FAIMS" ในทุกเปอร์เซ็นไทล์ การระบุตัวตนที่ต่ำกว่าเปอร์เซ็นไทล์ที่ 40 จะเพิ่มขึ้นอย่างเห็นได้ชัดภายใน CV ในช่วง −40 ถึง −50 (รูปที่ 6B)

อย่างไรก็ตาม เมื่อพิจารณาจำนวนที่แน่นอนของยีน ข้อดีที่สำคัญของ FAIMS คือการขยายขอบเขตการระบุตัวตนให้ครอบคลุมเปอร์เซ็นไทล์ความอุดมสมบูรณ์ทั้งหมด

ความสัมพันธ์ระหว่าง FAIMS CV และการส่งโปรตีโอฟอร์ม

ด้วย FAIMS เรายังสังเกตแนวโน้มระหว่าง FAIMS CV และน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีโอฟอร์ม (รูปที่ 7) ที่ −50 CV มวลโปรตีโอฟอร์มเฉลี่ยอยู่ที่ ∼ 5 kDa และเพิ่มขึ้นเป็น ∼ 15 kDa ที่ −20CV

จากการกระจายมวลเหล่านี้ (รูปที่ 7) CV ที่น้อยกว่า −50 V ดูเหมือนจะเหมาะสมอย่างยิ่งสำหรับการทดลองโปรตีโอมิกจากบนลงล่างหรือตรงกลางลง ในขณะที่ CV ที่มากกว่า −50 V อาจเป็นประโยชน์ต่อการทดลอง peptidomic หรือจากล่างขึ้นบน

แนวโน้มน้ำหนักโมเลกุลที่สังเกตได้น่าจะขยายเกิน −20 CV; อย่างไรก็ตามเราจำกัดการค้นหาของเราไว้ที่ −20 CV โดยอิงจากการลดลงในโปรตีโอฟอร์มและการระบุยีน ซึ่งนำไปสู่ผลตอบแทนที่ลดลง ความครอบคลุมลำดับในโปรตีโอมต่อการวิ่ง

เราควรสังเกตว่างานก่อนหน้านี้ที่ใช้ FAIMSfound +40 CV เพื่อเป็นแรงดันไฟฟ้าในอุดมคติสำหรับการส่งสายโซ่หนัก NIST mAb (∼51kDa) และ −20 CV นั้นดีที่สุดสำหรับสายโซ่เบาที่สอดคล้องกัน (∼23 kDa) ซึ่งสนับสนุนแนวคิด แนวโน้มที่เราสังเกตเห็นขยายไปสู่ ​​FAIMS CVs เชิงบวก45

สิ่งที่น่าสนใจคือ แม้ว่าสเปกตรัมจำนวนมากที่ระบุโปรตีโอฟอร์มเดี่ยวจะถูกจำกัดให้พบภายในช่วง 10V (3,599 จาก 5,165) แต่ก็มีโปรตีโอฟอร์มเจ็ดตัวที่สังเกตได้ตลอดช่วง CV ทั้งหมดตั้งแต่ −50 ถึง −20 สันนิษฐานได้ว่าอาจมีสาเหตุมาจากความอุดมสมบูรณ์สูงในตัวอย่าง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีของ ubiquitin (UBB), โปรตีนพื้นฐานไมอีลิน และโปรตีนที่จับกับ acylCoA

อย่างไรก็ตาม มีความเป็นไปได้เช่นกันที่สถานะประจุที่แตกต่างกันของโปรตีโอฟอร์มเหล่านี้ใช้โครงสร้างเฟสก๊าซหลายเฟส ขึ้นอยู่กับโปรตอนไอโซเมอไรเซชัน ซึ่งส่งผลต่อการเคลื่อนที่ของพวกมัน

โปรตีโอฟอร์มทั้งเจ็ดนี้ช่วยให้เราตรวจสอบว่าซองจดหมายสถานะประจุถูกส่งผ่านการปรับ CV ที่แตกต่างกันอย่างไร ในฐานะตัวแทนสำหรับการกระจายสถานะการชาร์จในแต่ละ CV เราใช้สถานะการชาร์จแบบมัธยฐานโดยอิงจากการจับคู่โปรตีโอฟอร์มสเปกตรัม (PrSM) ที่ระบุในแต่ละ CV และติดตามว่าค่านี้เปลี่ยนแปลงไปอย่างไรในฐานะฟังก์ชันของ CV เริ่มต้นที่ −50 CV

การสแกน MS1 ในรูปที่ S3 แสดงให้เห็นว่าค่ามัธยฐานของสถานะประจุ PrSM ติดตามการกระจายสถานะประจุของ UBB อย่างไร จากโปรตีโอฟอร์มทั้งเจ็ดนี้ มีสี่รูปแบบที่มีความสัมพันธ์แบบผกผัน โดยค่ามัธยฐานที่สังเกตได้สถานะประจุเพิ่มขึ้นเมื่อ CV ลดลง (รูปที่ 8)

เป็นที่น่าสังเกตว่าโดยทั่วไปแนวโน้มนี้ถูกสังเกตด้วยเปปไทด์และโปรตีนขนาดเล็ก น่าแปลกที่โปรตีโอฟอร์มสามตัวแสดงความสัมพันธ์ตรงกันข้ามโดยที่การลด CV ลดสถานะประจุมัธยฐานที่สังเกตได้ (รูปที่ 8)

การตรวจสอบคร่าวๆ ของมวลสารตั้งต้นเฉลี่ยระหว่างทั้งสองกลุ่มแสดงให้เห็นว่าสารตั้งต้นที่มีขนาดใหญ่กว่ามีแนวโน้มที่จะสนับสนุนสถานะประจุที่สูงกว่าเมื่อ CV ลดลง

เพื่อตรวจสอบความสัมพันธ์เหล่านี้เพิ่มเติม เราได้ขยายการวิเคราะห์นี้เพื่อรวมโปรตีโอฟอร์มที่ถูกระบุภายในช่วง CV ที่เรียบง่ายแต่ยังคงกว้าง 20–30 (โปรตีโอฟอร์ม n=256) ที่นี่ โปรตีโอฟอร์มซึ่งมีประจุมัธยฐานเลื่อนมากกว่าหนึ่งประจุทั่ว ช่วง CV ทั้งหมดถูกแบ่งออกเป็นสองกลุ่มที่แตกต่างกัน ขึ้นอยู่กับทิศทางของการเปลี่ยนแปลงนั้น

ผู้ที่เปลี่ยนประจุน้อยกว่าหนึ่งครั้งจะถือว่า "เป็นกลาง" เกี่ยวกับการเปลี่ยน CV เช่นเดียวกับผลลัพธ์ก่อนหน้านี้ สารตั้งต้นที่มีขนาดใหญ่กว่ามีแนวโน้มที่จะเกี่ยวข้องกับความสัมพันธ์แบบผกผันระหว่างสถานะประจุที่สังเกตได้และ CV (ตาราง S2) อย่างมีนัยสำคัญ

ด้วย CV ที่ลดลง โปรตีโอฟอร์มส่วนใหญ่ดูเหมือนจะส่งผ่านที่สถานะประจุต่ำ (n=177) เมื่อเปรียบเทียบกับโปรตีโอฟอร์มที่ชอบสถานะประจุที่สูงกว่า (n=39) ที่เหลือ (n=40) ได้รับการพิจารณาว่า "เป็นกลาง" เกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงใน CV

โปรตีโอฟอร์มที่บรรจุอยู่ในกลุ่มที่เป็นกลางแสดงให้เห็นมวลสารตั้งต้นโดยเฉลี่ยระหว่างกลุ่มผกผันและกลุ่มโดยตรง ซึ่งเสนอแนะอีกครั้งว่ามวลของโปรตีโอฟอร์มนั้นเชื่อมโยงกับพฤติกรรมนี้โดยเนื้อแท้

อย่างไรก็ตาม พารามิเตอร์ตามลำดับปฐมภูมิอื่นๆ เช่น องค์ประกอบของกรดอะมิโนพื้นฐาน/ที่เป็นกรด และดัชนีอะลิฟาติกไม่มีความสัมพันธ์กันอย่างมีนัยสำคัญ (ตารางที่ S2)

แม้ว่าโปรตีนที่ถูกนำเข้าสู่เฟสก๊าซนั้นน่าจะถูกทำลายลง แต่ปัจจัยโดยทั่วไปเกี่ยวข้องกับโปรตีนพื้นเมืองเช่นโมเมนต์ไดโพลหรือส่วนตัดขวาง อาจมีค่าการทำนายที่ดีกว่าสำหรับปรากฏการณ์นี้ 64–66 ผลลัพธ์ของเราแสดงให้เห็นว่า CV สามารถใช้กรองโปรตีนที่แตกต่างกันได้อย่างไร มวล และวิธีที่เยื่อหุ้มเซลล์ประจุของโปรตีนสามารถถ่ายทอดผ่าน FAIMS ได้เช่นกัน

การใช้ประโยชน์ของชิ้นส่วนโปรตีนในการทดลอง TDP

น่าแปลกที่โปรตีโอฟอร์มจำนวนมากที่เราระบุเป็นชิ้นส่วนของโปรตีนที่มีขนาดใหญ่กว่า เราพบว่ามีเพียง 25% ของโปรตีโอฟอร์มที่มีเอกลักษณ์เฉพาะที่ระบุเท่านั้นที่ครอบคลุมมากกว่าครึ่งหนึ่งของลำดับของโปรตีนที่ได้มาจากพวกมัน

25% นี้มีมวลเฉลี่ย 11.4 kDa เทียบกับ 75% ที่เหลือซึ่งมีมวลเฉลี่ย 5.7 kDa ปัจจัยหลายประการอาจมีส่วนช่วยในการสังเกตนี้ ซึ่งบางส่วนไม่ขึ้นอยู่กับ FAIMS

ตัวอย่างสำหรับตัวอย่าง ชิ้นส่วนเหล่านี้เองอาจเป็นผลิตภัณฑ์จากการแยกโปรตีนที่ผลิตในสภาวะสมดุลต่ำกว่าปกติโดยเป็นส่วนหนึ่งของ "การย่อยสลาย" ของเซลล์67 หรือแม้ว่าจะมีการใช้ข้อควรระวังต่างๆ ก็ตาม ซึ่งถูกนำมาใช้ในระหว่างช่วงหลังการชันสูตรศพและการจัดการตัวอย่าง

เนื้อเยื่อระบบประสาทส่วนกลางเป็นแหล่งอุดมไปด้วยเปปไทด์ส่งสัญญาณที่เรียกว่า "นิวโรเปปไทด์" ซึ่งโดยทั่วไปได้มาจากโปรตีนสารตั้งต้นที่มีขนาดใหญ่กว่ามากเช่นกัน 68

ด้วยการอ้างอิงโยงการระบุโปรตีโอฟอร์มของเรากับฐานข้อมูลนิวโรเพปไทด์ที่จัดตั้งขึ้น (NeuroPedia) 69 เราสามารถระบุนิวโรเปปไทด์ดังกล่าวได้หลายชนิด รวมถึงวาโซสตาติน-1, ซีเครโทเนอริน,โคเลซีสโตไคนิน-58 เดสโนโนเปปไทด์ และนิวโรเปปไทด์ y และตัวแปรลำดับที่ไม่เป็นที่ยอมรับจำนวนมาก มาจากยีนที่ผลิตนิวโรเปปไทด์ที่รู้จักกันดี

นอกเหนือจากปัจจัยทางชีววิทยาแล้ว พารามิเตอร์ของเครื่องมือบางอย่างยังส่งผลต่อการสังเกตชิ้นส่วนโปรตีนได้เช่นกัน ตัวอย่างเช่น โดยทั่วไปแรงดันไฟฟ้า "การแยกส่วน" ในแหล่งกำเนิดต่ำ (ระหว่าง 10 ถึง 20 V) สามารถใช้เพื่อกำจัด adducts และไอออนโปรตีนที่ละลายออกมาได้ ในขณะที่แรงดันไฟฟ้าที่สูงกว่าสามารถ การแยกตัวที่เกิดจากแหล่งผลิต

อย่างไรก็ตาม ความไวของพันธะเอไมด์ต่อการแยกตัวของโปรตีนอาจแตกต่างกันไปอย่างกว้างขวาง และเมื่อขนาดของโปรตีนเพิ่มขึ้น ความน่าจะเป็นที่พันธะเอไมด์จะมีพันธะเอไมด์ที่ไม่สามารถใช้ได้ เช่น Xaa-Pro.70–73 เนื่องจาก b- และ y-ions อาจถูกสร้างขึ้นโดยไม่ได้ตั้งใจผ่านสิ่งนี้ แม้ว่าจะใช้แรงดันไฟฟ้าจากแหล่งจ่ายต่ำ เราก็ตัดสินใจที่จะหลีกเลี่ยงการใช้แรงดันไฟฟ้าจากแหล่งจ่ายเพื่อลดโอกาสที่จะนำไอออนที่เป็นชิ้นส่วนเข้าไปในเครื่องมือ

มีความเป็นไปได้เช่นกันที่โปรตีนจะไวต่อเหตุการณ์การแตกตัวเมื่อพวกมันผ่านสนามไฟฟ้าที่สร้างขึ้นใน FAIMS อย่างไรก็ตาม ชิ้นส่วนเหล่านี้ไม่คาดว่าจะมีความคล่องตัวเหมือนกับไอออนต้นกำเนิด โดยมีข้อแม้ว่าอาจขึ้นอยู่กับขนาดของชิ้นส่วนที่สัมพันธ์กับไอออนของสารตั้งต้นเช่นกัน

ในที่สุดก็คุ้มค่าที่จะชี้ให้เห็นปัจจัยบางประการที่อาจมีอคติต่อการสังเกตโปรตีโอฟอร์มที่มีขนาดเล็กลง (<∼15 kDa). First and foremost is the signal spreading that occurs as the size of a proteoform increases.74 

การแพร่กระจายของสัญญาณนี้ส่วนใหญ่สามารถนำมาประกอบกับซองจดหมายของสถานะประจุและการกระจายไอโซโทปของแต่ละสถานะประจุ การตั้งค่าการทดลองของเราโดยเฉพาะคือการใช้ตัวกรอง MWCO ขนาด 3K เป็นขั้นตอนการกรองขั้นสุดท้ายในการเตรียมตัวอย่างของเรา ซึ่งในกรณีนี้ได้รับเลือกเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถจับโปรตีโอฟอร์มอะไมลอยด์เบต้าที่มีขนาดเล็กกว่าได้อย่างมีประสิทธิภาพหากมีอยู่

ปัจจัยเครื่องมือทั่วไปสามารถสร้างโปรตีโอฟอร์มขนาดเล็กที่มีไบแอสได้เช่นกัน รวมถึงการปรับจูนของควอดรูโพล การดักจับด้วยไฟฟ้าไดนามิก และการชนกับโมเลกุลก๊าซที่ตกค้างในเซลล์ออร์บิแทรป ซึ่งนำไปสู่การสลายชั่วคราวที่รวดเร็วสำหรับโมเลกุลขนาดใหญ่ 75 โดยไม่คำนึงถึงอคติเหล่านี้หรือต้นกำเนิดที่แน่นอน ของชิ้นส่วนเหล่านี้ยังคงสามารถให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับโปรตีโอมได้

ชิ้นส่วนเหล่านี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในบริบทของโรคระบบประสาทเสื่อมซึ่งการหยุดชะงักของโปรตีโอสเตซิสมักเชื่อมโยงกับพยาธิวิทยา76,77

แท้จริงแล้ว ชิ้นส่วนของเอกภาพมักพบว่าเป็นพิษต่อระบบประสาทและมีบทบาทในการลุกลามของภาวะเทาโอพาที เช่น ค.ศ. 23–26 โดยทั่วไป ชิ้นส่วนที่เราสังเกตเห็นจะมีขนาดใหญ่กว่าทริปเปปไทด์ทริปติกมาก และในหลายกรณีที่มีชิ้นส่วนจำนวนมากสำหรับโปรตีนชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ เราสังเกตความครอบคลุมของลำดับอย่างมาก

นี่เป็นตัวอย่างโดยการตรวจสอบชิ้นส่วนที่ให้การครอบคลุมสำหรับสายโซ่ B ขนาด 50 kDa tubulinalpha-1 (TUBA1B) และไซแนปซินขนาด 70 kDa-1 (SYN1) ดังแสดงในรูปที่ 9A, B ทั้งสองมีขนาดใหญ่ โปรตีนที่อาจสังเกตได้ยากในรูปแบบความยาวเต็มใน TDP ของตัวอย่างที่ซับซ้อน

การจำแนกโปรตีโอฟอร์มที่เกี่ยวข้องกับโรคทางระบบประสาท

การใช้ FAIMS กับการวิเคราะห์จากบนลงล่างของเราทำให้สามารถระบุรูปแบบการต่อประกบ Swiss-Prot ที่ไม่ซ้ำกันหลายรายการและรายการ TrEMBL ได้ โดยมีรูปแบบการต่อประกบที่ไม่ซ้ำกัน 267 รายการ และรายการ TrEMBL 96 รายการ (ตาราง S3)

โดยเฉพาะอย่างยิ่งเราสังเกตเห็น PrSM หลายตัวระบุไอโซฟอร์ม ORF ทางเลือก (A {{0}} A0D9SF30) ทางเลือกอย่างไม่คลุมเครือสำหรับการยึดเกาะของโมเลกุลของเซลล์ประสาท 1 (NCAM1) นอกจากนี้เรายังสังเกตโปรตีโอฟอร์มที่ได้มาจากยีนที่รู้จักบทบาทในโรคทางระบบประสาทหลายชนิด โดยเฉพาะ -synuclein และ PARK7

ในทั้งสองกรณีนี้ โปรตีโอฟอร์มเด่นมีลำดับความยาวเต็ม สิ่งที่น่าสนใจคือพบว่าคุณสมบัติของ -synuclein, synuclein และ (ในระดับน้อยกว่า) -synuclein PrSMs นั้นมีการเปลี่ยนแปลงมวลที่ไม่รู้จัก ∼ 177 Da ใกล้กับ C-terminus (-synucleinspectrum เต็มความยาวพร้อมการดัดแปลงที่ไม่รู้จัก ดังแสดงในรูปที่ S4A) .

การเปลี่ยนแปลงมวลนี้เคยพบเห็นมาก่อนในการค้นหาฐานข้อมูลแบบเปิด และโดยทั่วไปจะพบที่ Asp หรือ Gluresidues คำอธิบายที่เป็นไปได้ซึ่งตรงกับมวลเฉลี่ยและมวลโมโนไอโซโทปของการดัดแปลงอย่างใกล้ชิดประกอบด้วยออกซิเจน 1 ตัวที่มีอะตอมของเหล็ก 3 อะตอม เช่นเดียวกับการสูญเสียอะตอมของไฮโดรเจน 7 อะตอม ( อ้างอิงจากภาคยานุวัติ Unimod #1971)

การเปรียบเทียบพีคของไอโซโทปของไอออนที่เป็นชิ้นส่วน ay242+ จาก -ซินนิวคลิน (รูปที่ S4B) กับสเปกตรัมจำลองที่มีองค์ประกอบตามที่กล่าวมาข้างต้น ซึ่งเชื่อว่าเป็นของการดัดแปลงที่ไม่รู้จัก (รูปที่ S4C) แสดงให้เห็นถึงความคล้ายคลึงกันระหว่างการแจกแจงของไอโซโทปทั้งสอง โดยมียอดไอโซโทปหลายยอดเรียงตัวกันไม่เกิน 2 ppm

ควรชี้ให้เห็นว่าพีคของไอโซโทปด้านซ้ายสุดนั้นมีลักษณะเฉพาะของไอโซโทปของเหล็กที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติ และการไม่มีพีคเหล่านี้ปรากฏให้เห็นอย่างชัดเจนเมื่อมีการจำลองสเปกตรัมโดยไม่มีอะตอมของธาตุเหล็กสามอะตอม (รูปที่ S4D) แสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่าการดัดแปลงที่ไม่ทราบสาเหตุนี้น่าจะประกอบด้วยอย่างมาก ขององค์ประกอบที่นำเสนอ

การศึกษาก่อนหน้านี้ยังได้อธิบายความสัมพันธ์สูงของ -synuclein สำหรับไอออนโลหะต่างๆ และภูมิภาคที่เราสังเกตเห็นว่ามีการปรับเปลี่ยนนี้ทับซ้อนกับสารตกค้างที่ทราบกันว่าเกี่ยวข้องกับการจับ - โดยเฉพาะ 119DPDNEA124motif (รูปที่ S5) 79–81

ข้อมูลของเรายังชี้ให้เห็นว่าบริเวณ C-terminal ของ -synuclein และ -synuclein มีบทบาทคล้ายกันในการจับกับโลหะ เนื่องจากสเปกตรัมหลายสเปกตรัมที่มีการเปลี่ยนมวลที่ไม่ทราบเหมือนกันถูกจับคู่กับลำดับที่คล้ายกันภายในโปรตีนเหล่านี้

เกี่ยวกับโปรตีนไมโตคอนเดรีย PARK7 เราสังเกตเห็น ∼116.0 การเปลี่ยนแปลงมวล Da บน Cys ที่เหลือของแอคทีฟไซต์เดี่ยว C106 (รูปที่ S6) คำอธิบายที่เป็นไปได้ประการหนึ่งที่มีการซัคซินิเลชันของเดลต้าแมสซิสที่คล้ายกัน การปรับเปลี่ยนที่มีสาเหตุมาจากความเครียดและรูปแบบไมโตคอนเดรียเนื่องจากการเติมฟูมาเรตของไมเคิลไปยังหมู่ Cys thiol82

For more information:1950477648nn@gmail.com