ส่วนที่หนึ่ง: ตัวแปรความเสี่ยงทั่วไปใน NPHS1 และ TNFSF15 สัมพันธ์กับโรคไตที่ไวต่อสเตียรอยด์ในวัยเด็ก

ติดต่อ: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 อีเมล:audrey.hu@wecistanche.com

Xiaoyuan Jia1,29,30, Tomohiko Yamamura2,30, Rasheed Gbadegesin3,30, Michelle T. McNulty4,5,30, Kyuyong Song6, China Nagano2, Yuki Hitomi1,31, Dongwon Lee4,5,7, Yoshihiro Aiba8, Seik-Soon Khor1,29, Kazuko Ueno1,29, Yosuke Kawai1,29, Masao Nagasaki9,32, Eisei Noiri10,29, Tomoko Horinouchi2, Hiroshi Kaito2,11, Riku Hamada12, Takayuki Okamoto13, Koichi Kamei14, Yoshitsugu Kaku15, Matthew G. Sampson4,5 ,7, Katsushi Tokunaga1,29, และ Kazumoto Iijima2, Rika Fujimaru16, Ryojiro Tanaka11, Yuko Shima17, The Research Consortium on Genetics of Childhood Idiopathicโรคไตซินโดรมในประเทศญี่ปุ่น33, Jiwon Baek6, Hee Gyung Kang18, Il-Soo Ha18, Kyoung Hee Han19, Eun Mi Yang20, สมาคมโรคไตทางพันธุกรรมของเกาหลีในเด็ก33, Asiri Abeyagunawardena3, Brandon Lane3, Megan Chryst-Stangl3, Christopher Esezobor21,

Cistanche สามารถช่วยในโรคไตและดีต่อไต

1ภาควิชาพันธุศาสตร์มนุษย์ บัณฑิตวิทยาลัยแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยโตเกียว โตเกียว ประเทศญี่ปุ่น; 2ภาควิชากุมารเวชศาสตร์, Kobe University Graduate School of Medicine, Kobe, Japan; 3Department of Pediatrics, Division of Nephrology, Duke University Medical Center, Durham, North Carolina, USA; 4ภาควิชาอายุรศาสตร์-โรคไต, โรงพยาบาลเด็กบอสตัน, บอสตัน, แมสซาชูเซตส์, สหรัฐอเมริกา; 5พันธุศาสตร์การแพทย์และประชากร, Broad Institute, Cambridge, Massachussetts, USA; 6ภาควิชาชีวเคมีและอณูชีววิทยา University of Ulsan College of Medicine กรุงโซล ประเทศเกาหลี; 7โรงเรียนแพทย์ฮาร์วาร์ด บอสตัน แมสซาชูเซตส์ สหรัฐอเมริกา; 8ศูนย์วิจัยทางคลินิก องค์การโรงพยาบาลแห่งชาติ ศูนย์การแพทย์นางาซากิ เมืองโอมุระ ประเทศญี่ปุ่น; 9ภาควิชาจีโนมเชิงบูรณาการ, Tohoku Medical Megabank Organization, Tohoku University, Sendai, Japan; 10แผนกไตเทียมและ Apheresis, The University of Tokyo Hospital, Tokyo, Japan; 11แผนกโรคไต โรงพยาบาลเด็กโกเบจังหวัดเฮียวโกะ เมืองโกเบ ประเทศญี่ปุ่น; 12แผนกโรคไต ศูนย์การแพทย์เด็กมหานครโตเกียว โตเกียว ประเทศญี่ปุ่น; 13ภาควิชากุมารเวชศาสตร์ โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยฮอกไกโด ซัปโปโร ประเทศญี่ปุ่น; 14Division of Nephrology and Rheumatology, National Center for Child Health and Development, โตเกียว, ญี่ปุ่น; 15แผนกโรคไต โรงพยาบาลเด็กฟุกุโอกะ เมืองฟุกุโอกะ ประเทศญี่ปุ่น; 16ภาควิชากุมารเวชศาสตร์ โรงพยาบาลเมืองโอซาก้า โอซาก้า ประเทศญี่ปุ่น; 17ภาควิชากุมารเวชศาสตร์ Wakayama Medical University, Wakayama, Japan; 18ภาควิชากุมารเวชศาสตร์ โรงพยาบาลเด็กมหาวิทยาลัยแห่งชาติโซล โซล เกาหลี; 19ภาควิชากุมารเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยเชจู เชจู เกาหลี; 20ภาควิชากุมารเวชศาสตร์ โรงพยาบาลเด็กมหาวิทยาลัยแห่งชาติชลน กวางจู เกาหลี; 21ภาควิชากุมารเวชศาสตร์, วิทยาลัยแพทยศาสตร์, มหาวิทยาลัยลากอส, ลากอส, ไนจีเรีย; 22ภาควิชากุมารเวชศาสตร์, โรงพยาบาลสอนมหาวิทยาลัยลากอส, อิเคจา, ไนจีเรีย; 23แผนกโรคไตในเด็ก, โรงพยาบาลช่วยเหลือสาธารณะแห่งปารีส, โรงพยาบาล Robert-Debré, ปารีส, ฝรั่งเศส; 24ศูนย์วิจัยการปกปักรักษา Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale UMR 1149, University Sorbonne-Paris, Paris, France; 25แผนกไตและไต สถาบันวิจัยและโรงพยาบาลเด็ก Bambino Gesù กรุงโรม ประเทศอิตาลี; 26Sorbonne University, INSERM UMR_S1155 และ Nephrology Day Hospital, Department of Nephrology, Hôpital Tenon, Paris France; 27ศูนย์วิจัยชีววิทยาการเคลื่อนที่ มหาวิทยาลัยโกเบ กาคุอิน เมืองโกเบ ประเทศญี่ปุ่น; และ 28KNC Department of Nucleic Acid Drug Discovery, Faculty of Rehabilitation, Kobe Gakuin University, Kobe, Japan

เพื่อให้เข้าใจถึงพันธุกรรมของสารที่ไวต่อสเตียรอยด์โรคไตซินโดรม(SSNS) เราทำการศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนมในผู้ป่วย SSNS ในวัยเด็ก 987 ราย และ 3,206 รายที่มีสุขภาพดีและ TNFSF15 (rs6478109, P [2.54E-8, OR [0.72) ภูมิภาคที่ได้รับจีโนม -ความหมายกว้างและถูกจำลองแบบในประชากรเกาหลี เอเชียใต้ และแอฟริกา การวิเคราะห์เมตาข้ามชาติพันธุ์ รวมถึงประชากรชาวญี่ปุ่น เกาหลี เอเชียใต้ แอฟริกา ยุโรป ฮิสแปนิก และมาเกรเบียน ยืนยันความสัมพันธ์ที่สำคัญของตัวแปรใน NPHS1- KIRREL2 (Pmeta [6.71E-28, OR [1.88 ) และ TNFSF15 (Pmeta [5.40E-11 หรือ [1.33)] ตำแหน่ง การวิเคราะห์อัลลีลความเสี่ยง NPHS1 ที่มีการแสดงออกของ NPHS1 mRNA ไตจากบุคคลเดียวกันเผยให้เห็นการแสดงออกเฉพาะของอัลลีลด้วยการแสดงออกที่ต่ำกว่าอย่างมีนัยสำคัญของการถอดเสียงที่ได้มาจากแฮ็ปโลไทป์ความเสี่ยง (การทดสอบ Wilcox p [9.3E-4) เนื่องจากตัวแปรที่ทำให้เกิดโรคที่หายากใน NPHS1 ทำให้เกิดมา แต่กำเนิดโรคไตของประเภทฟินแลนด์ (CNSF) การศึกษานี้ให้หลักฐานเพิ่มเติมว่าการแปรผันตามสเปกตรัมความถี่อัลลีลในยีนเดียวกันสามารถก่อให้เกิดหรือมีส่วนทำให้เกิดโรคโมโนเจนิกที่หายาก (CNSF) และโรคโพลิเจนิกที่ซับซ้อนมากขึ้น (SSNS)

ไม่ทราบสาเหตุโรคไต(INS) เป็นโรคไตที่พบบ่อยที่สุดในเด็ก มีรายงานความชุกของ INS เกือบ 16 รายต่อ 100 ราย000.1 อุบัติการณ์ของ INS มีความแตกต่างทางชาติพันธุ์อย่างมาก โดยสร้างช่วง 2–7 รายต่อ 100 ราย000 เด็ก . อุบัติการณ์ของ INS สูงกว่าในกลุ่มที่มีบรรพบุรุษในเอเชียเมื่อเทียบกับบรรพบุรุษในยุโรป2 ในญี่ปุ่น อุบัติการณ์ของ INS โดยประมาณอยู่ที่ 6.49 รายต่อ 100 000 เด็ก 3 ประมาณ 3 เปอร์เซ็นต์ของเด็กที่ไวต่อสเตียรอยด์โรคไต(SSNS) มีประวัติครอบครัวเป็น SSNS.4 พยาธิกำเนิดของ INS ยังไม่ชัดเจน แม้ว่าจะมียีนที่เป็นสาเหตุมากกว่า 50 ยีนที่ดื้อต่อสเตียรอยด์โรคไตมีการค้นพบและการกลายพันธุ์เชิงสาเหตุในยีนเหล่านี้ถูกระบุในประมาณ 30 เปอร์เซ็นต์ของผู้ป่วยในวัยเด็กและวัยหนุ่มสาวที่ดื้อต่อสเตียรอยด์โรคไต.5,6 เมื่อเร็วๆ นี้ มีการระบุยีน 6 ยีนที่เกี่ยวข้องกับการทำงานของเอนไซม์จับ guanosine triphosphate-binding enzyme (GTPase) ขนาดเล็กคล้าย Rho ว่าเป็นสาเหตุของโรคไตซึ่งสามารถรักษาได้บางส่วนด้วยสเตียรอยด์7 การกลายพันธุ์ของ EMP2 ถูกระบุใน SSNS โดยการรวมกันของการเชื่อมโยง การวิเคราะห์และการจัดลำดับภายนอก8 อย่างไรก็ตาม ผู้ป่วยไม่กี่รายที่มี SSNS มีการกลายพันธุ์ในยีนข้างต้น ซึ่งบ่งชี้ว่าโครงสร้างทางพันธุกรรมทางเลือกอาจผลักดันให้เกิดโรคสำหรับผู้ป่วยส่วนใหญ่ที่มี SSNS9 การติดเชื้อเฉียบพลันและแมลงต่อยเป็นตัวกระตุ้นที่รู้จักกันดีของการโจมตีและ อาการกำเริบของโรคไต.10–13 ผลการวิจัยเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าปัจจัยทางพันธุกรรมและสิ่งแวดล้อมมีความสำคัญต่อความอ่อนไหวต่อการพัฒนาของ SSN เพื่อชี้แจงปัจจัยความอ่อนไหวทางพันธุกรรมของ SSNS ในเด็ก ได้ทำการศึกษาความสัมพันธ์ของทั้งจีโนมกว้าง (GWASs) 4 ครั้งในชุดควบคุมกรณีศึกษาที่มีคุณลักษณะชัดเจน ภูมิภาค HLA-DR/DQ แสดงความสัมพันธ์ที่มีนัยสำคัญที่สุดกับโรคในประชากรยุโรปและญี่ปุ่น 14–17 โดยมี 2 ตำแหน่งที่ไม่ใช่ HLA บน 4q13.3 (PARM1) และ 6q22.1 (CALHM6) ยังบรรลุถึงความสำคัญของจีโนมในระดับเท่านั้น European chidren.15,17 ด้วยขนาดตัวอย่างที่จำกัดในการศึกษาเหล่านี้ จำเป็นต้องมีกลุ่มประชากรที่ใหญ่ขึ้นและการศึกษาร่วมกันระหว่างประเทศเพื่อระบุปัจจัยที่อ่อนไหวเพิ่มเติม ในประชากรชาวญี่ปุ่น เราทำการค้นพบ GWAS ด้วยขนาดตัวอย่างที่ใหญ่ที่สุดจนถึงปัจจุบัน (ผู้ป่วย SSNS ในวัยเด็ก 987 รายเทียบกับกลุ่มควบคุม 3206 ราย) ตามด้วยการจำลองแบบระหว่างประเทศและการวิเคราะห์เมตาข้ามเชื้อชาติ (รูปที่ 1)

CISTANCHE รักษาโรคไต

ผลลัพธ์

วิชา

คำจำกัดความของ INS แสดงในตารางเสริม S1 ในขั้นตอนการค้นพบ มีการคัดเลือกผู้ป่วยชาวญี่ปุ่น 1018 รายที่มี SSNS ที่เริ่มในวัยเด็ก และรวม 987 รายในการวิเคราะห์ความสัมพันธ์หลังจากดำเนินการควบคุมคุณภาพ ลักษณะของผู้ป่วย 987 รายแสดงไว้ในตารางเสริม S2 อัตราส่วนชายต่อหญิงเท่ากับ 2.6: 1 อายุมัธยฐานเมื่อเริ่มมีอาการคือ 4.0 ปี (0.4– 17.9 ปี) การตรวจชิ้นเนื้อไตดำเนินการในผู้ป่วย 501 จาก 987 ราย (51 เปอร์เซ็นต์) (สำหรับโรคที่มีการเปลี่ยนแปลงน้อยที่สุด [N ¼ 470; 93.8 เปอร์เซ็นต์ ], glomerulosclerosis เฉพาะส่วน [N ¼ 16; 3.2 เปอร์เซ็นต์ ], การแพร่กระจายของ mesangial proliferation [N ¼ 14; 2.8 เปอร์เซ็นต์ ] และการแพร่กระจาย mesangial โฟกัส [N ¼ 1; 0.2 เปอร์เซ็นต์ ]) โดยรวมแล้ว ผู้ใหญ่ชาวญี่ปุ่นที่มีสุขภาพดี 3331 คนได้รับคัดเลือกให้เป็นผู้ควบคุม

การวิเคราะห์ความสัมพันธ์แบบอิงตามนิวคลีโอไทด์เดี่ยวทั่วทั้งจีโนม (SNP)

In the discovery stage, 1018 cases and 3331 healthy controls were genotyped by Japonica array. Whole-genome imputation was performed subsequently using the phased reference panel of 2036 healthy Japanese individuals. After data cleaning (Supplementary Figure S1A–E), 987 cases and 3206 controls with 6,834,340 autosomal single-nucleotide variants and short insertions and deletions were retained for association analyses. The power of discovery GWAS exceeded 80% to detect low-frequency variants (minor allele frequency [MAF] >0.5%) with genotypic relative risk >6.20, or common alleles (MAF $5%) with relative risk >2.05, or variants with an allele frequency ¼ 50% conferring relative risk >1.48 ที่ค่า P-value threshold ที่สำคัญของ 5E–08 ภายใต้โมเดลการเติม (รูปที่ S2) เสริม ค่า inflation factor l คือ 1.151 สำหรับตัวแปรที่ทดสอบทั้งหมด หลังจากปรับเพศและองค์ประกอบหลัก 4 รายการแรก (PC1–4) แล้ว l คือ 1.048 ซึ่งลดลงเป็น 1.043 เมื่อตัวแปรในภูมิภาค HLA (Hg19: chr6: 29,691,116–33,054,976) ไม่รวมอยู่ (รูปที่ S3A และ B)

การเชื่อมโยงที่มีนัยสำคัญที่สุดถูกตรวจพบในภูมิภาค HLA- DR/DQ (rs6901541, P ¼ 2.80E–33, อัตราต่อรอง [OR] ¼ 2.49, ช่วงความเชื่อมั่น 95 เปอร์เซ็นต์: 2.15–2.89; รูปที่ 2 และ 3a) สัญญาณใน NPHS1-ภูมิภาค KIRREL2 เมื่อ 19q13.12 (rs56117924; P ¼ 4.94E–20 หรือ ¼ 1.90, 95 เปอร์เซ็นต์ช่วงความเชื่อมั่น: 1.66–2.18; รูปที่ 3b) และในภูมิภาค TNFSF15 บน

รูปที่ 1| ผังงาน โครงร่างหลักของการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างกลุ่มจีโนมในการค้นพบ (GWAS) การจำลองแบบพหุสัณฐานของนิวคลีโอไทด์เดี่ยวนอก HLA ที่มีประชากรหลายกลุ่มและการวิเคราะห์เมตาข้ามชาติพันธุ์ 3Cités ภาษาฝรั่งเศส 3-เมือง (บอร์กโดซ์ ดีฌง และมงต์เปลลิเยร์) AFR, แอฟริกัน; ยูโร, ยุโรป; ExAC จีโนม; GINS-J, The Research Consortium on Genetics of Childhoodโรคไตในญี่ปุ่น; กลุ่ม ItSpa ภาษาอิตาลีและสเปน; KCHRD สมาคมโรคไตทางพันธุกรรมของเกาหลีในเด็ก; MWPNC สมาคมโรคไตในเด็กมิดเวสต์; NEPHROVIR, โรคไตและไวรัสในกลุ่มเด็ก; หรือ อัตราต่อรอง; Pmeta ค่า P ในการวิเคราะห์เมตา QC, การควบคุมคุณภาพ; SSNS ไวต่อสเตียรอยด์โรคไต.

CISTANCHE รักษาโรคไต

9q32 (rs6478109, P ¼ 2.54E–08 หรือ ¼ 0.72, ช่วงความเชื่อมั่น 95 เปอร์เซ็นต์: 0.64–0 .81; รูปที่ 3c) ยังประสบความสำเร็จอย่างมีนัยสำคัญทั่วทั้งจีโนม (P < 5e–08)="" สัญญาณในภูมิภาค="" tnfrsf11a="" เมื่อวันที่="" 18q21.33="" บรรลุถึงความสำคัญของจีโนมทั้งวง="" (rs34213471,="" p="" ¼="" 7.68e–08,="" or="" ¼="" 1.38,="" ช่วงความเชื่อมั่น="" 95="" เปอร์เซ็นต์:="" 1.23–="" 1.56;="" รูปที่="" 3d;="" ตารางเสริม="" s3)="" การวิเคราะห์แบบมีเงื่อนไขถูกดำเนินการในบริเวณที่ไม่ใช่="" hla="" ใหม่="" ไม่มี="" snp="" ใดแสดงนัยสำคัญอย่างอิสระหลังจากปรับสภาพบน="" snp="" ตะกั่วในแต่ละตำแหน่ง="" (ตัวเลขเสริม="" s4–s6)="" เลือก="" snp="" เก้ารายการสำหรับการจำลองแบบเป้าหมายและการวิเคราะห์เมตา:="" ในภูมิภาค="" nirrel2="" ของ="" nphs1-,="" snp="" เป้าหมาย="" (rs56117924),="" snp="" ที่ใช้งานได้="" 2="" ตัวในการเชื่อมโยงความไม่สมดุลกับ="" snp="" ของตะกั่ว="" (rs2073901="" และ="" rs2285450)="" และ="" 2="" snp="" ในการเชื่อมโยงความไม่สมดุลกับ="" snp="" ตะกั่วของเราที่มีความถี่เพียงพอในประชากรยุโรป="" (rs412175="" และ="" rs404299)="" ถูกเลือก="" (รูปที่="" s7)="" ในภูมิภาค="" tnfsf15="" นอกเหนือจาก="" lead="" snp="" (rs6478109),="" rs4979462="" (r2="" ¼="" 0.55="" กับ="" rs6478109="" ในชุดการค้นพบภาษาญี่ปุ่น)="" ถูกเลือกเนื่องจากมีความเกี่ยวข้องกับโรคภูมิต้านตนเองในรายงานก่อนหน้า18,19="" ในภูมิภาค="" tnfrsf11a="" เลือก="" snp="" ตะกั่ว="" (rs34213471)="" และ="" snp="" ในการเชื่อมโยงที่ไม่สมดุลกับ="" snp="" ตะกั่ว="" (rs8086340,="" r2="" ¼="" 0.42="" ที่มี="" rs34213471="" ในชุดการค้นพบภาษาญี่ปุ่น)="" snp="" ของผู้สมัครทั้งหมดเป็นตัวแปรทั่วไป="" (maf=""> 5 เปอร์เซ็นต์ ) ในประชากรญี่ปุ่น (ตารางที่ 1)

การจำลองแบบและการวิเคราะห์เมตาข้ามชาติพันธุ์ของ SNP ของผู้สมัครในภูมิภาคที่ไม่ใช่ HLA

การจำลองแบบ SNP ของผู้สมัคร 9 รายการได้ดำเนินการในหลายกลุ่มประชากร ได้แก่ เกาหลี เอเชียใต้ แอฟริกา ยุโรป ฮิสแปนิก และมักเรเบียน (ตารางที่ 1) ค่า P < 0.05/9="" ¼="" 5.55e–03="" ถือเป็นค่าที่มีนัยสำคัญ="" สัญญาณที่มีนัยสำคัญของจีโนมในภูมิภาค="" nphs1–kirrel2="" ถูกจำลองแบบในภาษาเกาหลี="" (rs2285450,="" p="" ¼="" 1.32e–05,="" or="" ¼="" 1.98;="" rs412175,="" p="" ¼="" 3.55e–05,="" or="" ¼="" 1.91;="" rs2073901,="" p="" ¼="" 1.10e–="" 04,="" or="" ¼="" 2.09;="" rs56117924,="" p="" ¼="" 4.19e–04,="" or="" ¼="" 1.70;="" และ="" rs404299,="" p="" ¼="" 4.99e–04,="" or="" ¼="" 1.88),="" เอเชียใต้="" (midwest="" pediatric="" nephrology="" consortium="" [mwpnc];="" rs404299,="" p="" ¼="" 1.56="" e–="" 12,="" or="" ¼="" 2.95;="" rs2285450,="" p="" ¼="" 1.27e–="" 04,="" or="" ¼="" 3.31;="" rs2073901,="" p="" ¼="" 1.49e–04,="" or="" ¼="">

รูปที่ 2| พล็อตแมนฮัตตันในการศึกษาการเชื่อมโยงทั่วทั้งจีโนมการค้นพบ ในระยะการค้นพบผู้ป่วย 987 รายที่ไวต่อสเตียรอยด์ในวัยเด็กโรคไตและกลุ่มควบคุมผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพดี 3206 ตัวด้วยออโตโซมเดี่ยว-นิวคลีโอไทด์แวเรียนต์ 6,834,340 ตัวและการแทรกและการลบออกหลังจากการใส่จีโนมทั้งหมดถูกรวมไว้ ค่า P คำนวณโดยใช้การถดถอยโลจิสติกและการปรับเพศและองค์ประกอบหลัก 1-4

rs412175, P ¼ 2.77E–04, OR ¼ 2.39) และชุดข้อมูลแอฟริกัน (MWPNC) (rs56117924, P ¼ 3.20E–05 หรือ ¼ 1.76) SNP ของผู้สมัครในภูมิภาค TNFSF15 ถูกจำลองแบบในภาษาเกาหลี (rs6478109, P ¼ 1.09E–05, OR ¼ 0.65) และชุดข้อมูลแอฟริกัน (MWPNC) (rs4979462, P ¼ 1.36E–03, OR ¼ 1.47) สมาคมในภูมิภาค TNFRSF11A จำลองแบบในเอเชียใต้ (MWPNC) (rs8086340, P ¼ 4.66E–05, OR ¼ 0.53) ไม่มี SNP ของผู้สมัครทั้ง 9 รายที่ประสบความสำเร็จด้านสถิติในกลุ่ม European, Hispanic (MWPNC) หรือกลุ่มชาวแอฟริกันหรือ Maghrebian (ทั้ง NEPHROVIR) หลังจากการแก้ไขหลายครั้ง ควรพิจารณาอำนาจที่จำกัดสำหรับการตรวจจับการเชื่อมโยงในระดับปานกลางในขั้นตอนการจำลองแบบ (ตารางเสริม S4)

การวิเคราะห์เมตาข้ามชาติพันธุ์ของ 9 SNP รวมถึงชุดตัวอย่างการค้นพบและการจำลองแบบ ยืนยันการเชื่อมโยงที่มีนัยสำคัญของ NPHS1-KIRREL2 (rs2285450, ค่า P ในการวิเคราะห์เมตา [Pmeta] ¼ 6.71E–28, OR ¼ 1.88 ; rs2073901, Pmeta ¼ 1.03E–20, OR ¼ 2.04) และภูมิภาค TNFSF15 (rs4979462, Pmeta ¼ 5.40E– 11 หรือ ¼ 1.33) แต่ไม่ใช่ของ TNFRSF11A locus (ตารางที่ 2)

การวิเคราะห์ตามยีนในขั้นตอนการค้นพบ

ในการทดสอบโดยใช้ยีนเป็นพื้นฐาน 6,834,340 ออโตโซมแวเรียนต์ถูกแมปกับยีนที่กำหนดรหัสโปรตีน 18,644 ยีน ยีนเจ็ดสิบเอ็ดมีนัยสำคัญทั่วทั้งจีโนม (P < 0.05/18,644="">

2.68E–06) (รูปเสริม S8; เพิ่มเติม

ตาราง ส5). NPHS1 (ค่า P ในการวิเคราะห์ตามยีน [Pgene] ¼ 6.29E– 18) และ KIRREL2 (Pgene ¼ 7.79E– 14) แสดงความสัมพันธ์ที่มีนัยสำคัญที่สุดกับโรคนอกภูมิภาค HLA ในการวิเคราะห์ชุดยีน คอมเพล็กซ์โปรตีนคอมเพล็กซ์คลาส II ของความเข้ากันได้ที่สำคัญ (ค่า P ดัดแปลงโดยวิธีของ Bonferroni [P-Bonferroni] ¼ 1.22E–03, เบต้า ¼ 1.50) ความเข้ากันได้ที่สำคัญ กิจกรรมของตัวรับคลาส II ที่ซับซ้อน (P-Bonferroni ¼ 6.17E–03, Beta ¼ 1.61), ด้านเรืองแสงของเมมเบรน (P-Bonferroni ¼ 1.97E–02, Beta ¼ 0.75) และการตอบสนองภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติ (P-Bonferroni ¼ 1.97 E–02, เบต้า ¼ 0.17) มีความเกี่ยวข้องอย่างมีนัยสำคัญกับโรค (ตารางเสริม S6 และ S7)

CISTANCHE รักษาโรคไต

การวิเคราะห์หลัง GWAS ของ NPHS1-KIRREL2 locus

เนื่องจาก NPHS1 เป็นพีคที่มีนัยสำคัญที่สุดหลังภูมิภาค HLA นั้น NPHS1 และ KIRREL2 มีบทบาทสำคัญในชีววิทยาของพอดไซต์ และ NPHS1 เป็นหนึ่งใน Mendelian ที่พบได้บ่อยที่สุดโรคไตยีน เราเน้นการวิเคราะห์หลัง GWAS ของเราเกี่ยวกับความแปรปรวนของความเสี่ยงที่ตำแหน่งนี้ (19q13.12; 36.2–36.6 Mb) เมื่อพิจารณาจากความใกล้ชิดทางชีววิทยาของ DNA กับ mRNA และความพร้อมใช้งานของข้อมูลการถอดรหัสของไตที่ได้รับจากจีโนมและการตรวจชิ้นเนื้อที่มีอยู่จากผู้เข้าร่วมในการศึกษาเครือข่ายการศึกษา Nephrotic Syndrome (NEPTUNE) 20,21 เราเลือกที่จะตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างอัลลีลเสี่ยงที่ โลคัสนี้และนิพจน์ mRNA ท้องถิ่น

We first tested the hypothesis that these risk SNPs altered expression of nearby genes as a cis expression quantitative trait locus (eQTL). However, there was no strong evidence that there were significant eQTLs for NPHS1 or KIRREL2 in the kidney or other tissues (Supplementary Table S8). We also found it to be unlikely that the 2 synonymous variants (rs2285450, c.294 C>T; rs2073901, c.2223C>T) ใน NPHS1 ส่งผลกระทบต่อโครงสร้างทุติยภูมิโดยใช้ RNAsnp Web Server22 จากนั้นเราจึงหันความสนใจไปที่การศึกษาผลกระทบของโครโมโซม 19, five-SNP ความเสี่ยง haplotype ต่อกฎระเบียบการถอดรหัส NPHS1 ในการทำเช่นนี้ เราเปรียบเทียบ NPHS1 การแสดงออกของผู้เข้าร่วม NEPTUNE 4 คนที่ได้รับ haplotype ความเสี่ยง 5 NPHS1 เต็มรูปแบบโดยมีผู้เข้าร่วม 183 คนโดยไม่มี haplotype ที่มีความเสี่ยงเต็มรูปแบบ ผู้เข้าร่วม 4 คนที่มีความเสี่ยงไม่แตกต่างกันในการแสดงออกของ NPHS1 (Wilcoxon test P ¼ 0.39; รูปที่ 4a) เนื่องจากไม่มีหลักฐานว่าฮาโพลไทป์ความเสี่ยงนี้มี eQTL สำหรับ GNHS1 ไต เราจึงตั้งสมมติฐานว่าการถอดเสียง NPHS1 ที่ได้มาจากแฮปโลไทป์ของความเสี่ยงจะแสดงออกมาอย่างแตกต่างเมื่อเปรียบเทียบกับฮาโปไทป์อ้างอิง (นิพจน์เฉพาะอัลลีล [ASE]) ตามที่ ASE รายงานว่ามีความเกี่ยวข้องกับความอ่อนไหวต่อโรคต่างๆ รวมถึงโรคลำไส้อักเสบ ความผิดปกติของออทิสติกสเปกตรัม และความผิดปกติในการใช้แอลกอฮอล์23–25 เราใช้นิพจน์เฉพาะของ phasing และ allele จาก RNA-seq (phASER) เพื่อหาปริมาณความอุดมสมบูรณ์ของ haplotype จากนั้นจึงหาปริมาณ " ของ ASE" เป็นระดับความเบี่ยงเบนจากอัตราส่วน 1:1 ที่คาดไว้ของการแสดงออกจากแต่ละโครโมโซม j0.5 – (haplotype A/ จำนวนทั้งหมด)j. ในผู้ป่วยที่มี haplotype ที่มีความเสี่ยง haplotype A เก็บตัวแปรความเสี่ยงทั้ง 5 NPHS1; ในผู้ป่วยที่ไม่มี haplotype เสี่ยง haplotype A ได้รับการสุ่มเลือกจากหนึ่งใน 2 haplotypes ของพวกเขา เราพบนิพจน์ที่ต่ำกว่าอย่างเห็นได้ชัดของการถอดเสียง NPHS1 จาก haplotype ความเสี่ยง (ตารางที่ 3) ขนาดของ ASE ในตัวอย่างความเสี่ยง 4 ตัวอย่างคือ 0.14, 0.21, 0.22 และ 0.22 ในขณะที่ค่ามัธยฐานของอีกตัวอย่างหนึ่ง ผู้ป่วย 183 รายคือ 0.03 (พิสัยระหว่างควอไทล์: 0.01–0.05, การทดสอบ Wilcoxon สำหรับความแตกต่างใน ASE, P ¼ 9.3E–4; รูปที่ 4b)

รูปที่ 3| แผนผังภูมิภาคของโลซีที่มีนัยสำคัญทั่วทั้งจีโนม (P < 5e–08)="" หรือนัยสำคัญทั่วทั้งจีโนมระยะขอบในขั้นตอนการค้นพบ="" (a)="" บริเวณ="" hla="" แบบคลาสสิกบนโครโมโซม="" (chr)="" 6="" แสดงความสัมพันธ์ที่มีนัยสำคัญที่สุด="" (p="" ¼="" 2.80e–33)="" (b)="" ตำแหน่งผู้สมัครที่มีความสำคัญทั้งจีโนมใน="" chr="" 19="" (p="" ¼="" 4.94e–20)="">

รูปที่ 3| (ต่อ) (c) ตำแหน่งผู้สมัครที่มีความสำคัญทั้งจีโนมใน chr 9 (P ¼ 2.54E–08) (d) ตำแหน่งผู้สมัครที่มีนัยสำคัญทั่วทั้งจีโนมในระดับขอบบน chr 18 (P ¼ 7.68E–08)

การทำแผนที่แบบละเอียดของ HLA

การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ของ HLA ในการศึกษาปัจจุบันได้ยืนยันการค้นพบครั้งก่อนของเราด้วยค่า P ที่มีนัยสำคัญมากกว่า 16 รายละเอียดของการทำแผนที่ละเอียดของ HLA แสดงในตารางเสริม S9–S20 และรูปเพิ่มเติม S9A–G) HLA-DRB1*{{50}}8:02– DQB1*03:02 เป็น haplotype ที่อ่อนแอที่สุด (ค่า P ที่แก้ไข [Pc] ¼ 1.16E–22, OR ¼ 3.38) โดยมีการเชื่อมโยงที่ชัดเจนและแข็งแกร่งกว่า HLA-DRB1*08:02 (ชิ้น ¼ 2.60E–22 หรือ ¼ 2.66) หรือ HLA-DQB1*03:02 (ชิ้น ¼ 2.59E– 10 หรือ ¼ 1.71) ตามลำพัง. HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 เป็นรูปแบบการป้องกันที่มีนัยสำคัญที่สุด (ชิ้น ¼ 1.63E– 16 หรือ ¼ 0.18) บุคคลหนึ่งรายในกลุ่มกรณีศึกษา (1 จาก 870 ¼ 0.11 เปอร์เซ็นต์ ) และกลุ่มควบคุมที่มีสุขภาพดี 15 กลุ่ม (15 จาก 2903 ¼ 0.52 เปอร์เซ็นต์ ) เป็นเฮเทอโรไซโกตสำหรับ haplotype ที่อ่อนแอ (HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02) และกลุ่มป้องกัน haplotype (HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04) ชี้ให้เห็นถึงผลกระทบที่โดดเด่นของฮาโพลไทป์ที่ป้องกันเหนือฮาโพลไทป์ที่อ่อนแอ แม้ว่าความแตกต่างนั้นไม่มีนัยสำคัญทางสถิติ (P ¼ 0.14; ตารางเสริม S20)

CISTANCHE รักษาโรคไต

กรุณาคลิกที่นี่เพื่อส่วนที่สอง