ส่วนที่ 2 ความสัมพันธ์เชิงกฎเกณฑ์ระหว่างการเปลี่ยนแปลงคุณภาพและสภาพแวดล้อมของ Cistanche Deserticola ในสามอีโคไทป์ตามการวิเคราะห์ไมโครไบโอมในดิน

คลิกที่นี่เพื่อส่วนที่ 1

สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมกรุณาติดต่อ:Joanna.jia@wecistanche.com

ความสัมพันธ์ระหว่างความอุดมสมบูรณ์ของชุมชนจุลินทรีย์ที่สำคัญ เนื้อหา PhGs และปัจจัยทางนิเวศวิทยาการวิเคราะห์ซ้ำซ้อนของแกนกลาง, ความอุดมสมบูรณ์ของไมโครไบโอมของไบโอมาร์คเกอร์, ปริมาณ PhGs และปัจจัยทางนิเวศวิทยาได้ดำเนินการที่ระดับคำสั่ง และทำการวิเคราะห์ซ้ำโดยพิจารณาจากผลกระทบ การตีความความแปรปรวนที่ปรับแล้วเท่ากับ 82.70 เปอร์เซ็นต์ (ตารางที่ S7) Spingomonadales อธิบาย 45.7 เปอร์เซ็นต์ของเนื้อหา PhGs (p=0.002) Pseudonocardiales อธิบาย 22.4 เปอร์เซ็นต์ของเนื้อหา PhGs (p=0.01) 2′-acetylacteosid มีความสัมพันธ์เชิงบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Pseudonocardiales และ Oceanospirillales และมีความสัมพันธ์เชิงลบกับ Sphingomonadales (รูปที่ 5a) echinacoside มีผลบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Sphingomonadales

Cistancheสารสกัดสามารถป้องกันได้โรคอัลไซเมอร์โรค

วิเคราะห์สหสัมพันธ์สำหรับความอุดมสมบูรณ์ของไบโอมาร์คเกอร์PhGเนื้อหา (รูปที่ S3 และตาราง S5) และปัจจัยทางนิเวศวิทยา (ตาราง S6) ผลลัพธ์ของเครือข่ายสหสัมพันธ์ (รูปที่ 5b) เปิดเผยว่า 2′-acetylacteosid มีความสัมพันธ์เชิงบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Oceanospirillales, Rhizobiales และ Thiotrichales ในขณะที่มีความสัมพันธ์เชิงลบกับ Pseudanocardiales และ Nitrosomonadales ในตัวอย่างดินทั้งหมด แผนที่ความร้อน (รูปที่ 5c–e) เปิดเผยว่าโต๊ะ A มีความสัมพันธ์เชิงลบกับแรงดันไอน้ำเฉลี่ยต่อปีในน้ำเกลือ-ด่างความสัมพันธ์ระหว่างความอุดมสมบูรณ์ของชุมชนจุลินทรีย์ที่สำคัญ เนื้อหา PhGs และปัจจัยทางนิเวศวิทยาการวิเคราะห์ซ้ำซ้อนของแกนกลาง ความอุดมสมบูรณ์ของไบโอมาร์คเกอร์ปริญญาเอกเนื้อหาและปัจจัยทางนิเวศวิทยาได้ดำเนินการที่ระดับคำสั่ง และดำเนินการวิเคราะห์ใหม่บนพื้นฐานของผลกระทบ การตีความความแปรปรวนที่ปรับแล้วเท่ากับ 82.70 เปอร์เซ็นต์ (ตารางที่ S7) Spingomonadales อธิบาย 45.7 เปอร์เซ็นต์ของเนื้อหา PhGs (p=0.002) Pseudonocardiales อธิบาย 22.4 เปอร์เซ็นต์ของเนื้อหา PhGs (p=0.01) 2′-acetylacteosid มีความสัมพันธ์เชิงบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Pseudonocardiales และ Oceanospirillales และมีความสัมพันธ์เชิงลบกับ Sphingomonadales (รูปที่ 5a) echinacoside มีผลบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Sphingomonadales

ได้ทำการวิเคราะห์สหสัมพันธ์สำหรับ biomarker abun I land ในขณะเดียวกัน Cistanoside A มีความสัมพันธ์เชิงบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Micrococcales และมีความสัมพันธ์เชิงลบกับ Rhizobiales ในดินเค็ม - ด่าง (รูปที่ 5c) ในทุ่งหญ้า 2′-acetylacteosid มีความสัมพันธ์เชิงลบกับอุณหภูมิเฉลี่ยทั้งปี (รูปที่ 5d) ในดินทราย ทูบูโลไซด์ A มีความสัมพันธ์เชิงลบกับไนโตรโซมอนนาเดล (รูปที่ 5e)

ฟังก์ชันการทำนายของไมโครไบโอมของแบคทีเรียในระบบนิเวศทั้งสามของ C. deserticolaโปรไฟล์การทำงานของไมโครไบโอมของแบคทีเรียถูกทำนายโดยอิงจากจำนวนสำเนายีน 16S rRNA ของแท็กซ่าแบคทีเรียที่ถอดรหัสโดยใช้ Tax4Fun ตามกลุ่ม KEGG Ortholog (KOs) ผลลัพธ์ของการทำนายการทำงาน (รูปที่ 6) แสดงให้เห็นว่าเมตาบอลิซึมเชิงหน้าที่ของไมโครไบโอมในดินในระบบนิเวศน์ทั้งสามของ C. deserticola นั้นเหมือนกัน ในบรรดาการเผาผลาญอาหาร คาร์โบไฮเดรต กรดอะมิโน ปัจจัยร่วม และการเผาผลาญวิตามินและพลังงานมีอยู่มากมาย การขนส่งเมมเบรนและการส่งสัญญาณยังมีอยู่มากมายในการประมวลผลข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อม

Cistancheสารสกัดมีต้านการอักเสบคุณสมบัติ

การอภิปราย

งานก่อนหน้าของเราแสดงให้เห็นว่าลำดับ psbA-turn และ 2′-acetylacteosid สามารถใช้เป็นเครื่องหมายโมเลกุลและเคมีเพื่อแยกแยะC. Deserticaจากซินเจียงและมองโกเลียใน27. จากการสำรวจภาคสนาม เราพบว่า C. Desertica อาศัยที่อยู่อาศัยส่วนใหญ่สามประเภท รวมถึงพื้นที่ดินเค็มและด่างโดย EbinurLake ดินแดนทรายรอบ Alexa League และทุ่งหญ้ากลางทะเลทราย โปรไฟล์การเผาผลาญของสามอีโคไทป์ C. desertica ยังแสดงให้เห็นว่า 2′-acetylacteosid สามารถใช้เป็นเครื่องหมายทางเคมีเพื่อแยกความแตกต่างของอีโคไทป์ทั้งสาม1 เราได้กล่าวถึงความผันแปรของคุณภาพของ C. deserticola และกลไกการก่อตัวของมันจากมิติของการถ่ายทอดทางพันธุกรรม เมแทบอลิซึม และปัจจัยทางภูมิอากาศ ดังนั้น จากมุมมองจุลภาค การวิเคราะห์เครือข่ายสหสัมพันธ์

ความอุดมสมบูรณ์ของจุลินทรีย์ปริญญาเอกเนื้อหาและปัจจัยทางนิเวศวิทยาได้ดำเนินการเพื่ออธิบายคุณลักษณะของชุมชนจุลินทรีย์ในดินของระบบนิเวศน์ทั้งสามของC. ทะเลทรายและความสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงคุณภาพ

น้ำ. นอกจากนี้ Bacillalescan ยังผลิตผลิตภัณฑ์เมตาบอลิซึมที่อุดมไปด้วยเพื่อสังเคราะห์กรดอินทรีย์ เอนไซม์ กิจกรรมทางสรีรวิทยา และสารอื่นๆ ที่หลากหลาย รวมทั้งสารอาหารอื่นๆ ที่หลากหลายที่นำไปใช้ได้ง่าย33 ลักษณะสิ่งแวดล้อมทั่วไปของระบบนิเวศทั้งสามของ C. ทะเลทรายคือความแห้งแล้งและการทำให้เป็นทะเลทรายของดิน ดินรอบทะเลสาบ Ebinur ยังมาพร้อมกับความเครียดจากเกลือและด่าง นี่อาจเป็นสาเหตุที่ชุมชนจุลินทรีย์ในดินแกนของระบบนิเวศน์สามชนิดมีลักษณะเฉพาะของความแห้งแล้ง ความทนทานต่อเกลือ ความต้านทานด่าง และความต้านทานความเครียด

Cistancheสารสกัดสามารถต้านทานรังสี

ปัจจัยทางจุลินทรีย์ที่มีผลต่อการเปลี่ยนแปลงของ PhGs ในระบบนิเวศน์สามชนิดของ C. deserticolaรูปที่ S3 แสดงไดอะแกรมกล่องของเนื้อหา PhG ของอีโคไทป์ทั้งสามของ C. deserticola จากรูปแสดงให้เห็นว่าปริมาณ 2′-acetylacteosid ในดินเค็ม-ด่างสูงกว่าในทุ่งหญ้าและดินทราย ซึ่งสอดคล้องกับผลลัพธ์ก่อนหน้า1 การวิเคราะห์ซ้ำซ้อนและผลการเชื่อมโยงเครือข่ายแสดงให้เห็นว่า Oceanospirillales มีความสัมพันธ์เชิงบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ 2′-acetylacteosid Oceanospirillales ซึ่งเป็นไบโอมาร์คเกอร์สูงสุดในแง่ของคะแนน LDA ในดินเค็ม-ด่าง ได้รับการปรับปรุงเป็นพิเศษ แบคทีเรียเหล่านี้มีความหลากหลายทางเมตาบอลิซึมและทางสัณฐานวิทยา บางชนิดสามารถเติบโตได้ในที่ที่มีออกซิเจน ในขณะที่บางชนิดต้องการสภาพแวดล้อมที่ไม่ใช้ออกซิเจน34 Oceanospirillales เป็นคำสั่งของ Proteobacteria ที่ประกอบด้วยสองตระกูล สาหร่ายเกลียวทองมักเป็นเอนโดซิมบิออนของหนอนกินกระดูก (Osedax)35 Oceanospirillas ส่วนใหญ่ชอบหรือต้องการเกลือที่มีความเข้มข้นสูงในการเจริญเติบโต แม้จะมีการเติบโตในด้านต่างๆ แต่ Oceanospirillales ก็ได้รับพลังงานจากการสลายของผลิตภัณฑ์ออร์แกนิกต่างๆ ดังนั้นความเค็มและความเป็นด่างสูงจึงเป็นสาเหตุหลักของการเพิ่มคุณค่าของ Oceanospirillales ในดินดินเค็ม-ด่าง ผลลัพธ์นี้แสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่าเนื้อหาสูงสุดของ 2′-acetylacteosid ในน้ำเกลือ-อัลคาไลนั้นสัมพันธ์กับการเสริมคุณค่าของ Oceanospirillales อย่างไรก็ตาม ความสัมพันธ์ด้านกฎระเบียบระหว่าง Oceanospirillales และ 2′-acetylacteosid ยังคงว่างเปล่า และจำเป็นต้องมีการวิจัยเพิ่มเติม

เนื้อหาโดยรวมของ PhGs ทั้งเจ็ดนั้นสูงที่สุดในทุ่งหญ้า โดยที่ echinacoside เป็น PhGs ที่โดดเด่น Echinacoside มีความสัมพันธ์เชิงบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Sphingomonadales ซึ่งเป็นลำดับภายใน alpha-proteus และถือเป็นครอบครัวของ Erythrobacteraceae และ Sphingomonadaceae ทั้งสองตระกูลมีอยู่ทั่วไปในธรรมชาติ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในดิน มหาสมุทร และน้ำจืด36 Sphingomonadales มีความสามารถในการเผาผลาญที่หลากหลายสำหรับสารประกอบอะโรมาติก และบางสายพันธุ์สามารถสังเคราะห์ไบโอโพลีเมอร์นอกเซลล์ที่มีคุณค่าได้37 สมาชิกที่รู้จักกันก่อนหน้านี้ของคลาส Sphingomonas เป็นอินทรีย์แอโรบิกและเคมี ข้อยกเว้นเพียงอย่างเดียวคือเครื่องหมักเอทานอลแบบไม่ใช้ออกซิเจนเชิงคณะ ซึ่งใช้ในการผลิตเยื่อเครื่องดื่มหมัก บางชนิดในสกุล Rhodobacter, porphyrin และ Staphylococcus aureus รวมทั้งสปีชีส์บางชนิดในสกุล Sphingomonas มีคลอโรฟิลล์เอ และดังนั้นจึงเป็นทางเลือกของโฟโตออร์กาโนโทรฟ (พลังงานที่เกิดจากการสังเคราะห์ด้วยแสง)38 คุณภาพที่ดีที่สุดของ C. deserticola ในทุ่งหญ้าอาจเนื่องมาจากความหลากหลายของชุมชนจุลินทรีย์ที่อุดมสมบูรณ์และหน้าที่เกี่ยวกับการเผาผลาญของ biomarker (Sphingomonadales) การค้นพบนี้ให้ข้อมูลเชิงลึกใหม่ในการศึกษาเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงคุณภาพของ C. deserticola ในระบบนิเวศที่แตกต่างกัน

โพรไฟล์การทำงานของเมแทบอลิซึมทำนายของไมโครไบโอมในดินของอีโคไทป์ทั้งสาม C. deserticolaโปรไฟล์ฟังก์ชันการเผาผลาญ (รูปที่ 6 และไฟล์ S1) ของ microbiomes ในดินของ C. deserticola ในสามระบบนิเวศน์ได้แสดงให้เห็นเป็นครั้งแรกในการศึกษานี้ ในแง่ของเมแทบอลิซึม เมแทบอลิซึมของคาร์โบไฮเดรต (เมแทบอลิซึมของแป้งและซูโครส ko00500 เมแทบอลิซึมของน้ำตาลอะมิโนและน้ำตาลนิวคลีโอไทด์ ko00520) และเมแทบอลิซึมของกรดอะมิโน (เมแทบอลิซึมของอาร์จินีนและโพรลีน ko00330; เมแทบอลิซึมของไกลซีน ซีรีน และทรีโอนีน ko00260) อุดมไปด้วย ไมโครไบโอม เมแทบอลิซึมของคาร์โบไฮเดรตมีหน้าที่ในการสร้าง สลาย และเปลี่ยนคาร์โบไฮเดรตในร่างกาย คาร์โบไฮเดรตเป็นพื้นฐานของวิถีการเผาผลาญที่สำคัญมากมาย39 คาร์โบไฮเดรต เช่น กลูโคสเป็นส่วนหนึ่งของวิถีเมแทบอลิซึมในสปีชีส์ต่างๆ คาร์โบไฮเดรตถูกสังเคราะห์โดยพืชจากชั้นบรรยากาศผ่านการสังเคราะห์ด้วยแสง และสามารถใช้เป็นสารตั้งต้นสำหรับการหายใจระดับเซลล์40 พืชและจุลินทรีย์ดูดซับแอมโมเนีย เกลือแอมโมเนียม ไนไตรท์ ไนเตรต และไนโตรเจนอนินทรีย์อื่น ๆ จากสิ่งแวดล้อมเพื่อสังเคราะห์โปรตีนและสารที่มีไนโตรเจน จุลินทรีย์บางชนิดสามารถแปลง N2 จากอากาศเป็นแอมโมเนียไนโตรเจนเพื่อสังเคราะห์กรดอะมิโน 41 ฟังก์ชั่นการเผาผลาญของ microbiomes ในดินได้รับการเสริมสมรรถนะในการเผาผลาญเบื้องต้น การเพิ่มคุณค่านี้ชี้ให้เห็นว่าไมโครไบโอมสามารถให้สารอาหารแก่พืชและส่งเสริมการเจริญเติบโตภายใต้ความแห้งแล้งและความเครียดอื่นๆ

โปรไฟล์ฟังก์ชันเมตาบอลิซึมยังแสดงให้เห็นว่าในการประมวลผลข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อม การขนส่งเมมเบรน (ตัวขนส่ง ABC, ko02010) และการถ่ายโอนสัญญาณ (ระบบสององค์ประกอบ ko02020) ได้รับการเสริมสมรรถนะอย่างสูงในไมโครไบโอม การขนส่งเมมเบรนคือชุดของกลไกที่ควบคุมการเคลื่อนผ่านของตัวถูกละลาย เช่น ไอออนและโมเลกุลขนาดเล็ก ผ่านฟิล์มชีวภาพ ซึ่งเป็นไขมันสองชั้นที่ฝังอยู่ในโปรตีน กฎเกณฑ์ของเยื่อหุ้มข้ามเกิดจากความสามารถในการซึมผ่านของเยื่อบาง ๆ ซึ่งเป็นลักษณะของแผ่นชีวะที่ช่วยให้สามารถแยกสารที่มีคุณสมบัติทางเคมีต่างกันได้ กล่าวอีกนัยหนึ่ง เมมเบรนเหล่านี้อาจซึมผ่านไปยังสารบางชนิดได้ แต่ไม่สามารถซึมผ่านไปยังสารอื่นได้42 ในบรรดาเยื่อหุ้มเหล่านี้ ทางเดิน ABC นั้นมีความอุดมสมบูรณ์อย่างมากในไมโครไบโอมของดิน ตัวขนส่ง ATP-binding box (ABC) มีอยู่ทั่วไปในจุลินทรีย์เช่นแบคทีเรียและเป็นหนึ่งในตระกูลโปรตีนที่ใหญ่ที่สุดที่รู้จักกันดีในปัจจุบัน สารขนส่งเหล่านี้จับการไฮโดรไลซิสของ ATP เพื่อมีส่วนร่วมในการขนส่งเชิงรุกของซับสเตรตที่หลากหลาย เช่น ไอออน เปปไทด์ ลิปิด ยา น้ำตาล โปรตีน และสเตอรอล โครงสร้างของตัวขนส่ง ABC ในโปรคาริโอตมักจะประกอบด้วยสามส่วน โดยทั่วไป โปรตีนเมมเบรนที่ไม่บุบสลายสองตัวแต่ละตัวมีชิ้นส่วนของเมมเบรนหกชิ้น: โปรตีนส่วนปลายสองตัวที่จับและไฮโดรไลซ์ ATP และซับสเตรตส่วนปลาย (หรือไลโปโปรตีน) หนึ่งซับสเตรตของโปรตีนจับ ดังที่สังเกตได้ในจีโนมของแบคทีเรียและอาร์เคียจำนวนมาก ยีนจำนวนมากขององค์ประกอบทั้งสามนี้ก่อตัวเป็นโอเปอรอน43 ความแห้งแล้ง ความเค็ม และความเค้นของด่างช่วยส่งเสริมฟังก์ชันการขนส่งเมมเบรน โดยเฉพาะอย่างยิ่งการปรับปรุงฟังก์ชันการขนส่งที่ใช้งานของไมโครไบโอมในดิน

การส่งสัญญาณเป็นกระบวนการที่ส่งสัญญาณทางเคมีหรือทางกายภาพผ่านเซลล์เป็นชุดของเหตุการณ์ระดับโมเลกุล ที่พบมากที่สุดคือโปรตีนไคเนสที่เร่งปฏิกิริยาโปรตีนฟอสโฟรีเลชั่น ระบบสององค์ประกอบเป็นเส้นทางส่งสัญญาณที่ควบคุมลักษณะเฉพาะของแบคทีเรียหลายอย่าง เช่น ความเป็นพิษ การก่อโรค การอยู่ร่วมกัน การเคลื่อนที่ การดูดซึมสารอาหาร การผลิตเมตาบอไลต์ทุติยภูมิ การควบคุมการเผาผลาญ และการแบ่งเซลล์ ระบบเหล่านี้ควบคุมกระบวนการทางสรีรวิทยาตามพารามิเตอร์ของสิ่งแวดล้อมหรือเซลล์ ทำให้สามารถปรับให้เข้ากับสภาวะที่เปลี่ยนแปลงได้44 การถ่ายโอนสัญญาณของไมโครไบโอมในดินได้รับการสนับสนุนโดยความแห้งแล้งหรือความเค้นของเกลือ-ด่าง

Cistancheสารสกัดจากกระป๋องสารต้านอนุมูลอิสระ

บทสรุป

การศึกษานี้เป็นครั้งแรกที่นำเสนอจุลชีววิทยาในดินของระบบนิเวศน์ทั้งสามของ C. deserticola ได้ข้อสรุปดังต่อไปนี้: (1) ชุมชนจุลินทรีย์ในดินในทุ่งหญ้ามีมากที่สุดในบรรดาแหล่งอาศัยทั้งสาม (2) ตัวบ่งชี้ทางชีวภาพของระบบนิเวศน์ทั้งสามถูกกำหนดด้วย: Oceanospirillales (ดินเค็ม - ด่าง), Sphingomonadales (ทุ่งหญ้า) และ Propionibacteriales (ดินทราย) (3) การวิเคราะห์ไมโครไบโอมหลักแสดงให้เห็นว่าชุมชนจุลินทรีย์ในดินของ C. deserticola ส่วนใหญ่มีความแห้งแล้ง ทนต่อเกลือ ต้านทานด่าง และทนต่อความเครียด เช่น Micrococcales และ Bacillales (4) การวิเคราะห์สหสัมพันธ์แสดงให้เห็นว่า 2′-acetylacteoside มีความสัมพันธ์เชิงบวกกับ Oceanospirillales และ echinacoside มีความสัมพันธ์เชิงบวกอย่างมีนัยสำคัญกับ Sphingomonadales (5) Tax4Fun คาดการณ์ว่าโปรไฟล์การทำงานของเมตาบอลิซึมของจุลินทรีย์ในดินสามชนิดนั้นอุดมไปด้วยเมตาบอลิซึมและการประมวลผลข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อม

อ้างอิง

1. Zheng, S. , Jiang, X. , Wu, L. , Wang, Z. & Huang, L. การเลือกปฏิบัติทางเคมีและทางพันธุกรรมของ cistanches herba ตาม UPLC-QTOF/ MS และ DNA Barcoding พลัสวัน 9, e98061 (2014)

2. Li, Z. et al. แบบจำลองทางนิเวศวิทยาของ Cistanche deserticola YC Ma ใน Alxa ประเทศจีน รายงานทางวิทยาศาสตร์ 9, 13134, https://doi.org/10.1038/ s41598-019-48397-6 (2019)

3. โจเซฟ อี. และคณะ โครงสร้าง การแปรผัน และการประกอบไมโครไบโอมที่เกี่ยวข้องกับรากของข้าว การดำเนินการของ National Academy of Sciences แห่งสหรัฐอเมริกา 112, E911 (2015)

4. Jansson, JK & Hofmockel, KS Soil microbiome และการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ ความคิดเห็นเกี่ยวกับธรรมชาติ จุลชีววิทยา https://doi.org/10.1038/ s41579-019-0265-7 (2019).

5. วัง X. et al. การเปรียบเทียบโปรไฟล์ทางเคมีและกิจกรรมการต้านอนุมูลอิสระของชิ้นส่วนต่างๆ ของ Cistanche deserticola ที่ปลูกโดยใช้เครื่องวิเคราะห์มวลสารแบบโครมาโตกราฟีของเหลวสมรรถนะพิเศษ-Quadrupole Time-of-Flight และ 1,1-Diphenyl-2- picrylhydrazyl-Based Assay โมเลกุล 22, 2011 (2017).

6. Yang, L. et al. ผลประโยชน์ของเศษส่วนไกลโคไซด์ของ Phenylethanoid ทั้งหมดที่แยกได้จาก Cistanche deserticola ต่อโครงสร้างจุลภาคของกระดูกในหนูที่ตัดรังไข่ ยาออกซิเดชั่นและอายุขัยของเซลล์ 2019, 2370862, https://doi. org/10.1155/2019/2370862 (2019).

7. Liu, W. et al. ตั้งแต่ (1) H NMR-based non-targeted ไปจนถึง LC-MS-based targeted metabolomics Strategy สำหรับการเปรียบเทียบคาโมมายล์ในเชิงลึกระหว่างสี่สปีชีส์ของ Cistanche Journal of Pharmaceutical and Biomedical analysis 162, 16–27, https://doi.org/10.1016/j. jpba.2018.09.013 (2019).

8. Chen, H. et al. Core Microbiome ของพืชสมุนไพร เมล็ด Salvia miltiorrhiza: อ่างเก็บน้ำที่อุดมไปด้วยจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์สำหรับการเผาผลาญทุติยภูมิ? วารสารนานาชาติของวิทยาศาสตร์โมเลกุล 19, 672 (2018).

9. Sonnenburg, JL & Backhed, F. ปฏิสัมพันธ์ระหว่างอาหารกับจุลินทรีย์ในฐานะผู้ดูแลการเผาผลาญของมนุษย์ ธรรมชาติ 535, 56–64, https://doi. org/10.1038/nature18846 (2016).

10. Ju, F. & Zhang, T. 16S rRNA ยีนที่มีลำดับงานสูงในการเรียงลำดับข้อมูลการทำเหมืองข้อมูลความหลากหลายและปฏิสัมพันธ์ของจุลินทรีย์ จุลชีววิทยาประยุกต์และเทคโนโลยีชีวภาพ 99, 4119–4129 (2015)

11. Cui, J.-L. , Vijayakumar, V. & Zhang, G. การแบ่งส่วนของการรวมเอนโดไฟต์ของเชื้อราในพืชรากและกาฝาก Cynomorium songaricum และโฮสต์ Nitraria tangutorum พรมแดนทางจุลชีววิทยา 9, 666 (2018)

12. Fan, P. , Liu, P. , Song, P. , Chen, X. & Ma, X. การจำกัดโปรตีนในอาหารในระดับปานกลางจะเปลี่ยนองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในลำไส้และปรับปรุงการทำงานของลำไส้เล็กส่วนต้นในแบบจำลองสุกรผู้ใหญ่ รายงานทางวิทยาศาสตร์ 7, 43412 (2017)

13. มุนยากะ นายกรัฐมนตรี และคณะ Mo1774 การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะก่อนคลอดเพิ่มความอ่อนไหวของลูกหลานต่ออาการลำไส้ใหญ่บวมจากการทดลอง: บทบาทของจุลินทรีย์ในลำไส้ พลัสวัน 10, e0142536 (2015).

14. Zhao, Y. และคณะ ผลของความเข้มข้นในการผสมต่อประสิทธิภาพและพลวัตของจุลินทรีย์ของเครื่องปฏิกรณ์แนวตั้งเดี่ยวที่รวมเฟสที่ทำให้เกิดกรดและเมทาเจนิกในการย่อยอาหารชีวมวลลิกโนเซลลูโลส เทคโนโลยีทรัพยากรชีวภาพ 238, 542–551 (2017)

15. โคล เจอาร์ และคณะ โครงการฐานข้อมูลไรโบโซม: ปรับปรุงการจัดตำแหน่งและเครื่องมือใหม่สำหรับการวิเคราะห์ rRNA (2009).

16. Edgar, RC UPARSE: ลำดับ OTU ที่มีความแม่นยำสูงจากการอ่านแอมพลิคอนจุลินทรีย์ วิธีธรรมชาติ 10, 996 (2013).

17. Yu, W. et al. การเปรียบเทียบระดับความหลากหลายของแบคทีเรียในน้ำจืด พื้นที่ชุ่มน้ำระหว่างน้ำขึ้นน้ำลง และตะกอนในทะเลโดยใช้แท็ก Illumina นับล้าน จุลชีววิทยาประยุกต์และสิ่งแวดล้อม 78, 8264 (2012).

18. Jiang, XT และคณะ การจัดลำดับ Illumina ของแท็ก rRNA 16S เผยให้เห็นการเปลี่ยนแปลงเชิงพื้นที่ของชุมชนแบคทีเรียในพื้นที่ชุ่มน้ำชายเลน นิเวศวิทยาของจุลินทรีย์ 66, 96–104 (2013).

19. Sanner, MF Python: ภาษาการเขียนโปรแกรมสำหรับการรวมและการพัฒนาซอฟต์แวร์ วารสารโมเลกุลกราฟิกและการสร้างแบบจำลอง

17, 57–61 (1999).

20. Caporaso, JG และคณะ QIIME ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูลการจัดลำดับชุมชนที่มีปริมาณงานสูง วิธีที่ 7, 335–336, https://doi. org/10.1038/nmeth.f.303 (2010)

21. Chong, J. , Liu, P. , Zhou, G. & Xia, J. การใช้ MicrobiomeAnalyst เพื่อการวิเคราะห์ข้อมูล microbiome เชิงสถิติ การทำงาน และเมตาดาต้าที่ครอบคลุม พิธีสารธรรมชาติ 1–23 (2020)

22. Dhariwal, A. et al. MicrobiomeAnalyst: เครื่องมือบนเว็บสำหรับข้อมูล microbiome ทางสถิติ ภาพ และการวิเคราะห์เมตาที่ครอบคลุม การวิจัยกรดนิวคลีอิก 45, W180–W188 (2017)

23. Šmilauer, P. & Lepš, J. การวิเคราะห์ข้อมูลทางนิเวศวิทยาหลายตัวแปรโดยใช้ CANOCO 5 (สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ (2014)

24. แชนนอน, P. et al. Cytoscape: สภาพแวดล้อมซอฟต์แวร์สำหรับโมเดลบูรณาการของเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ทางชีวโมเลกุล การวิจัยจีโนม 13, 2498–2504 (2003).

25. Asshauer, KP, Wemheuer, B. , Daniel, R. & Meinicke, P. Tax4Fun: การทำนาย profles การทำงานจากข้อมูล metagenomic 16S rRNA ชีวสารสนเทศศาสตร์ (อ็อกซ์ฟอร์ด, อังกฤษ) 31, 2882–2884, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv287 (2015)

26. Koo, H. et al. การเปรียบเทียบเครื่องมือชีวสารสนเทศสองแบบที่ใช้ในการกำหนดลักษณะความหลากหลายของจุลินทรีย์และคุณลักษณะเชิงหน้าที่การทำนายของเสื่อจุลินทรีย์จากทะเลสาบโอเบอร์ซี แอนตาร์กติกา วารสารวิธีทางจุลชีววิทยา 140, 15–22 (2017)

27. Huang, L. , Zheng, S. , Wu, L. , Jiang, X. & Chen, S. Ecotypes ของ Cistanche deserticola ตามองค์ประกอบทางเคมีและลักษณะโมเลกุล Scientia Sinica Vitae 44, 318–328 (2014).

28. Gabriele, B. & Kornelia, S. พันธุ์พืชและชนิดของดินร่วมกันกำหนดโครงสร้างและหน้าที่ของชุมชนจุลินทรีย์ในไรโซสเฟียร์ Fems จุลชีววิทยา นิเวศวิทยา 68, 1–13 (2010).

29. Parte, AC LPSN–รายชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะอยู่ในระบบการตั้งชื่อ การวิจัยกรดนิวคลีอิก 42, 613–616 (2014)

30. Pirog, T. , Grinberg, T. & Malashenko, YR ฟังก์ชั่นป้องกันของ exopolysaccharides ที่ผลิตโดย Acinetobacter sp. จุลชีววิทยา (นิวยอร์ก, นิวยอร์ก) 66, 279–283 (1997).

31. Liu, Y.-H. และคณะ ความหลากหลาย การกระจายชุมชน และกิจกรรมส่งเสริมการเจริญเติบโตของเอนโดไฟต์ที่เกี่ยวข้องกับฮาโลไฟต์ Lycium ruthenicum Murr 3 ไบโอเทค 9, 144 (2019).

32. คู่มือแบคทีเรียวิทยาอย่างเป็นระบบของ Staley, Bryant, Pfennig, Holt & JG Bergey - เล่มที่ 4 Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 38, 89–100 (1989)

33. Pasqua, RD และคณะ อิทธิพลของแหล่งลิกโนเซลลูโลสที่ต่างกันต่อเอ็นโด-1,4- -การแสดงออกของยีนกลูคานาเนสและการออกฤทธิ์ของเอนไซม์ของบาซิลลัสอะไมโลลิฟาเซียน B31C ทรัพยากรชีวภาพ 9 (2014).

34. Pot, B. & Gillis, M. Oceanospirillum. (2015).

35. Euzeby, JP List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: โฟลเดอร์ที่มีอยู่ในอินเทอร์เน็ต วารสารนานาชาติของ systematic bacteriology 47, 590–592, https://doi.org/10.1099/00207713-47-2-590 (1997)

36. Balkwill, DL, Fredrickson, JK & Romine, MF Spingomonas และ Genera ที่เกี่ยวข้อง โปรคาริโอต 7, 605–629 (2003)

37. Takeuchi, M. , Hamana, K. & Hiraishi, A. ข้อเสนอของสกุล Sphingomonas sensu stricto และสามสกุลใหม่คือ Sphingobium, Novosphingobium และ Sphingopyxis บนพื้นฐานของการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการและเคมีบำบัด วารสารนานาชาติจุลชีววิทยาระบบและวิวัฒนาการ 51, 1405–1417 (2001)

38. Saori, S. & Akira, H. Novosphingobium naphthalenivorans sp. พ.ย. แบคทีเรียที่ย่อยสลายแนพทาลีนที่แยกได้จากสภาพแวดล้อมที่ปนเปื้อนพอลิคลอริเนต-ไดออกซิน วารสารจุลชีววิทยาทั่วไปและประยุกต์ 53, 221–228 (2007)

39. Alánt, O. , Pulay, I. , Esztergályos, J. & Bodnár, A. ผลของการผ่าตัดต่อการเผาผลาญคาร์โบไฮเดรต Acta Chirurgica Academiae Scientiarum Hungaricae 16, 307 (1975)

40. สีเทา การย่อยและการดูดซึมคาร์โบไฮเดรต GM สารานุกรมระบบทางเดินอาหาร 58, 275–278 (2004)

41. Coon, MJ & Robinson, WG การเผาผลาญกรดอะมิโน (2003).

42. Purves, WK, Orians, G. , Heller, C. & Sadava, D. Vida, LaCiencia de la Biologia. รุ่น 8ª พานาเมริกานา (2009).

43. ระบบขนส่ง Schneider, E. & Hunke, S. ATP-binding-cassette (ABC): ลักษณะการทำงานและโครงสร้างของหน่วยย่อย/โดเมน ATP-hydrolyzing Fems จุลชีววิทยารีวิว 22, 1–20 (1998)

44. Kleerebezem, M. , Quadri, LE, Kuipers, OP & Vos, WM De. การตรวจจับองค์ประชุมโดยฟีโรโมนเปปไทด์และระบบส่งสัญญาณสององค์ประกอบในแบคทีเรียแกรมบวก จุลชีววิทยาระดับโมเลกุล 24, 895–904 (2010).