การศึกษาเฉพาะกรณีและการควบคุมการติดเชื้อ Clostridium Innocuum ประเทศไต้หวัน

Clostridium innocuum ที่ทนต่อแวนโคมัยซินเพิ่งถูกระบุว่าเป็นตัวแทนสาเหตุของอาการท้องร่วงที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะในมนุษย์ เราทำการศึกษาแบบควบคุมเฉพาะกรณีที่เกี่ยวข้องกับผู้ป่วยที่ติดเชื้อ C. inoculum 152 ราย ตั้งแต่วันที่ 2014–2019 ในไต้หวัน โดยใช้กรณีการติดเชื้อ Clostridioides diffi - cile (CDI) 304 ราย จับคู่ตามปีที่วินิจฉัย อายุ ({{7 }} ปี) และเพศเป็นตัวควบคุม ลักษณะพื้นฐานมีความคล้ายคลึงกันระหว่าง 2 กลุ่ม ผู้ป่วยที่ติดเชื้อ C. inoculum มีการติดเชื้อ clostridial ภายนอกลำไส้และภาวะแทรกซ้อนที่เกี่ยวข้องกับระบบทางเดินอาหารมากกว่าผู้ป่วย CDI อัตราการเสียชีวิต 30- วันในกลุ่มผู้ป่วยที่ติดเชื้อ C. innocuum คือ 14.5% และอัตราโดยรวมคือ 23.0%โรคไตเรื้อรัง, เนื้องอกที่เป็นของแข็งการรับเข้าหอผู้ป่วยหนัก และภาวะช็อก เป็นปัจจัยเสี่ยงอิสระต่อการเสียชีวิต 4 ปัจจัย C. หัวเชื้อที่ระบุจากตัวอย่างทางคลินิกควรได้รับการยอมรับว่าเป็นเชื้อโรคที่ต้องได้รับการรักษา และเนื่องจากการดื้อยา van-vancomycin จากภายใน การระบุที่แม่นยำจึงเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อเป็นแนวทางในการรักษาด้วยยาต้านจุลชีพที่เหมาะสมและทันท่วงที

สมุนไพรที่คุณจะรู้สำหรับโรคไต

สายพันธุ์คลอสตริเดียม are obligate anaerobic, endo-spore-forming bacilli that usually colonize the gastrointestinal tracts of humans. Of the >200 species of Clostridium, >30 ชนิดเป็นเชื้อก่อโรคในมนุษย์ เช่น C. perffingens และ Clostridioides diffi - cile อย่างไรก็ตาม C. innocuum ไม่ค่อยได้รับการอธิบายว่าเกี่ยวข้องกับโรคในมนุษย์ C. inoculum ถูกระบุครั้งแรกในปี 1960 ในกลุ่มผู้ป่วย 8 รายในสหรัฐอเมริกา ชื่อ invacuum บรรยายถึงการขาดความรุนแรง (1,2) การแยก C. หัวเชื้อออกจากหัวอื่นๆ เป็นเรื่องท้าทาย

สายพันธุ์ Clostridium (โดยเฉพาะ C. ramosum และ C. clostridia รวมกันเรียกว่ากลุ่ม RIC) เนื่องจากฟีโนไทป์ที่คล้ายคลึงกันของสัณฐานวิทยาโคโลเนียลที่ผิดปรกติ ลักษณะการสร้างสปอร์ที่หายาก และรูปแบบกรดไขมัน (3–5) การระบุหัวเชื้อ C. มีความรวดเร็วและแม่นยำมากขึ้นหลังจากการแนะนำเทคนิคระดับโมเลกุล เช่น การจัดลำดับ 16S RNA และแมสสเปกโตรเมตรีที่เกี่ยวข้องกับการสลายด้วยเลเซอร์/ไอออนไนซ์ (MALDI-TOF) ที่เกี่ยวข้องกับเมทริกซ์ (6)

ในปี 1995 Cutrona และคณะ รายงานกรณีแรกของเยื่อบุหัวใจอักเสบที่เกิดจาก C. innocuum (7) แม้ว่าแบคทีเรียจะถือว่าก่อโรคได้น้อยกว่าและไม่ค่อยทำให้เกิดการติดเชื้อก่อนหน้านี้ แต่มีหลักฐานทางคลินิกมากขึ้นเรื่อย ๆ เกิดขึ้นตั้งแต่ทศวรรษ 2000 โดยแนะนำว่า หัวเชื้อ C. อาจเป็นสาเหตุที่เป็นไปได้ของอาการท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะ และการติดเชื้อ nal clostridial ภายนอกลำไส้ (EICI) เช่น แบคทีเรียในกระแสเลือด การติดเชื้อในช่องท้อง และเยื่อบุหัวใจอักเสบ (8–10) อย่างไรก็ตาม เราไม่ได้ตระหนักถึงการศึกษาการติดเชื้อ C. innocuum กับกลุ่มผู้ป่วยจำนวนมากพอที่จะอธิบายลักษณะทางคลินิกได้

การวินิจฉัยโรค C. inoculum ที่แม่นยำมีความจำเป็นเนื่องจากมีความต้านทานภายในต่อ vancomycin ซึ่งอาจเกิดจากการมียีนโครโมโซม 2 ยีนที่ทำให้สามารถสังเคราะห์สารตั้งต้นของเปปไทด์-ไกลแคนที่สิ้นสุดในซีรีนโดยมีความสัมพันธ์ของ vancomycin ต่ำ (9,11) แม้ว่า vancomycin เป็นหนึ่งในยาต้านจุลชีพที่แนะนำในการรักษาโรคติดเชื้อที่เกิดจากเชื้อ Clostridium โดยเฉพาะอย่างยิ่ง C. diffi cile การดื้อต่อ vancomycin จากเชื้อ C. inoculum ทำให้เกิดความเสี่ยงต่อการรักษาที่ไม่เหมาะสมสำหรับผู้ป่วยที่ได้รับการติดเชื้อ C. inoculum (12) C. diffi cile เป็นหนึ่งในสายพันธุ์ Tridial ใกล้ที่เป็นตัวแทนมากที่สุดที่ทำให้เกิดโรคในมนุษย์ และได้รับการตรวจสอบอย่างดี ในสหรัฐอเมริกา มีการระบุการติดเชื้อ 500,000 รายต่อปี และการเสียชีวิต 15,000–30,000 รายเกี่ยวข้องกับการติดเชื้อ C. difficile (CDI) (12–14)

ในการศึกษาก่อนหน้านี้ เราแสดงให้เห็นว่า C. innocum เป็นเชื้อก่อโรคที่อาจแพร่กระจายซึ่งทำให้เกิดอาการลำไส้ใหญ่บวมรุนแรงและ EICI ในกรณีขนาดเล็ก และพิสูจน์ความเป็นพิษของเซลล์ ในหลอดทดลอง (8,9) ในที่นี้ เราทำการศึกษาแบบควบคุมเฉพาะกรณีย้อนหลังเพื่ออธิบายและประเมินลักษณะทางคลินิกและผลลัพธ์ของการติดเชื้อที่เกิดจากเชื้อ C. inoculum ด้วยเหตุนี้ เราจึงเลือกผู้ป่วยรายที่มี CDI เป็นกลุ่มควบคุม คณะกรรมการพิจารณาของสถาบันในโรงพยาบาล Chang Gung Memo Rial (CGMH; เถาหยวน ไต้หวัน) อนุมัติการศึกษาวิจัยนี้ ซึ่งช่วยให้สามารถตรวจสอบข้อมูลทางการแพทย์ของผู้ป่วยได้ (IRB#201900906B0) ได้รับการสละสิทธิ์ความยินยอมเนื่องจากลักษณะย้อนหลังของโครงการและการวิเคราะห์ข้อมูลทางคลินิกของผู้ป่วยโดยไม่ระบุชื่อ

วิธีการ

การออกแบบการศึกษา การตั้งค่าทางคลินิก และการลงทะเบียนเคส

We conducted a retrospective case-control study at CGMH during 2014–2019. CGMH is a tertiary medical center accommodating 3,700 patient beds. We selected C. difficile as the control to better illustrate the clinical features of C. innocuum infection. The case and control groups were assigned in a 1:2 ratio and matched in the diagnosed year, age +2 years, and sex. We identified cases with C. innocuum and C. difficile infections using the rapid ID 32A system (bioMérieux, https://www.biomerieux.com) and MALDI-TOF mass spectrometry Biotyper (Bruker Daltonik GmbH, https://www.bruker.com) (15– 17). MALDI-TOF mass spectrometry was introduced in 2009 in the clinical microbiology laboratory of CGMH, but C. innocuum was not reported routinely because it was considered a clinically insignificant microorganism. To trace the cases infected with C. inoculum, we reviewed the original reporting database from the MALDI-TOF mass spectrometry system directly and identified the samples reporting C. inoculum. Our definition of a microbiologically confirmed C. inoculum infection was that the original report from the MALDI-TOF mass spectrometry database revealed C. inoculum in the strongest 2 signals and had signal scores >2.00. เราให้คำจำกัดความการติดเชื้อ C. difficile ด้วยเหตุผลเดียวกัน เราตรวจสอบข้อมูลพื้นฐานของผู้ป่วยแต่ละรายและเกณฑ์ผู้ป่วยทั้งหมดที่ติดเชื้อ C. inoculum ในการศึกษา เราให้คำจำกัดความของการติดเชื้อ C. difficile ว่าเป็นการตรวจวิเคราะห์สารพิษด้วย PCR เชิงบวก โดยมีอาการทางคลินิกที่เข้ากันได้กับการติดเชื้อ หรือการเพาะเชื้อที่เป็นบวกของ C. difficile ที่มีอาการทางคลินิกที่เข้ากันได้ (เช่น บันทึกอาการท้องเสียหรือลักษณะทางรังสีวิทยาของลำไส้ใหญ่ที่เป็นพิษ) เราคัดแยกกรณีที่มีเชื้อ C. inoculum และ C. difficile ที่แยกได้จากตัวอย่างทางคลินิกเดียวกันจากการศึกษา สำหรับการจับคู่การควบคุมกรณีและปัญหา ผู้เขียน 3 คน (Y.-C. Chen, Y.-C. Kuo และ M.-C. Chen) ตรวจสอบข้อมูลพื้นฐานของทุกกรณีที่มีการติดเชื้อ C. innocuum และ C. difficile เราสุ่มเลือกกลุ่มควบคุม 2 รายการสำหรับแต่ละกรณี จับคู่ตามปีการวินิจฉัย อายุ (+2 ปี) และเพศของกรณีดัชนี หากไม่มีการควบคุมที่เข้าเกณฑ์จากตัวแปรที่ตรงกันทั้ง 3 รายการนี้ เราจะทิ้งเกณฑ์เพศ ตามด้วยเกณฑ์อายุหากจำเป็น หลังจากกระบวนการจับคู่ เราได้ตรวจสอบข้อมูลทางคลินิกของผู้ป่วยเหล่านี้เพิ่มเติม

ทรัพยากรข้อมูลทางคลินิก ตัวแปร และคำจำกัดความ

We collected demographic data, clinical manifestations, laboratory testing results, images, and mimicrobiology reports through an electronic medical record system (EMR). Demographic data were age, sex, race, underlying systemic diseases, and acquisition modality (community vs. hospital). We defined hospital-acquired infection as the symptoms that occurred>48 ชั่วโมงหลังเข้าเรียน หรือ<4 weeks after discharge from a healthcare facility; otherwise, it was classified as a community-acquired infection (18). We calculated the Charlson Comorbidity Index score for each patient to represent the baseline physiologic condition affected by an underlying disease. The index is composed of 19 underlying conditions in 4 categories. Each category had a weighted score based on the risk for 1- and 10-year mortality rate (19). We recorded clinical symptoms such as diarrhea, fever, bloody stool, abdominal pain, vomiting, and abdominal distension. We also reviewed disease-related complications, including toxic megacolon, ileus, bowel perforation, and shock. Recurrent infection was defined if the patient had a repeated microbiological culture from the same specimen source within 8 weeks of initial documented symptoms resolution (20,21). Outcome assessment includeed 30-day, 90-day, and overall deaths after the infection. We reviewed previous antibiotic exposures according to each class: penicillins, cephalosporins, carbapenems, fluoroquinolones, aminoglycosides, macrolides, tetracyclines, glycopeptides, oxazolines, polymyxins, lincosamides, and metronidazole. We defined antibiotic exposure rates as the percentage of patients who received any drugs <30 days before C. inoculum or C. difficile infection and duration of antibiotic exposure as the total days of any antimicrobial drug use in a patient <30 days before the event of C. inoculum or C. difficile infection.

การแยกและจำแนกแบคทีเรีย

เราทำการเพาะเลี้ยงแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจนในห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาคลินิกตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้า (9) เราสุ่มตัวอย่างแบบไม่ใช้ออกซิเจนทั้งหมดลงบนจานวุ้นแบบคัดเลือก ซึ่งรวมถึง CDC-ANA BAP (จานวุ้นเลือดแบบไม่ใช้ออกซิเจน), CDC-ANA-PEA (จานวุ้นเลือดฟีนิลเอทิลแอลกอฮอล์แบบไม่ใช้ออกซิเจน) และ BBE/KVLB (เอสคูลินน้ำดีของ Bacteroides และคานามัยซินที่ละลายในน้ำ) สองจาน เราฟักเพลตวุ้นในสภาวะแอโรบิก (90% N2 /10% CO2 ) ที่ 37 องศาเป็นเวลา 5 วัน เราตรวจสอบโคโลนีที่กำลังเติบโตบนจานอย่างไม่ลดละ และวิเคราะห์ 1 โคโลนีที่เป็นตัวแทนสำหรับจานวุ้นแต่ละจานโดยระบบ ID 32A แบบรวดเร็ว (bioMérieux) เพื่อระบุจุลินทรีย์

ตารางที่ 1 ลักษณะพื้นฐานและการวินิจฉัยทางคลินิกในผู้ป่วย 2 กลุ่มโดยการติดเชื้อ Clostridium species ในกรณีศึกษาแบบควบคุมการติดเชื้อ C. inoculum ประเทศไต้หวัน*

การทดสอบความไวต่อยาต้านจุลชีพ

เราทดสอบความไวต่อยาต้านจุลชีพต่อยาคลินดามัยซิน เมโทรนิดาโซล เพนิซิลลิน พิเพอราซิลลิน และแอมพิซิลลิน/ซัลแบคแทม โดยวิธีการเจือจางวุ้นแบบจุดพักตามเกณฑ์ของสถาบันมาตรฐานทางคลินิกและห้องปฏิบัติการ (เอกสาร M11-A8) สำหรับแบคทีเรียแอโรบิก (22) . เราใช้เกณฑ์การตีความในเอกสาร M100S เพื่อกำหนดความอ่อนไหว (22)

การวิเคราะห์ทางสถิติ

เราทำการวิเคราะห์ทางสถิติโดย SPSS Statistics 24.0 (SPSS Inc., https://www.ibm.com/products/ spss-statistics) สำหรับตัวแปรต่อเนื่อง เราได้กำหนดนัยสำคัญโดยใช้การทดสอบทีอิสระหรือการทดสอบ Mann-Whitney U ตามความเหมาะสม หากตัวแปรต่อเนื่องมีค่าผิดปกติและไม่สอดคล้องกับการแจกแจงแบบปกติ ตัวแปรจะแสดงเป็นค่ามัธยฐาน (ช่วงระหว่างควอไทล์, พิสัย) เราวิเคราะห์ตัวแปรเด็ดขาดโดยการทดสอบ χ2 และพิจารณา p<0.05 statistically significant. We obtained odds ratios (ORs) from cross-tabulation and analyzed the p-value of ORs by univariate logistic regression. We estimated the mortality rate at 30 days and 90 days after the positive culture and analyzed it by Kaplan-Meier survival analysis using methods described previously (23). In addition, we examined risk factors associated with 30- and 90-day mortality in both groups by logistic regression.