SNP Rs708727 ที่เกี่ยวข้องกับโรคอัลไซเมอร์ใน SLC41A1 อาจเพิ่มความเสี่ยงต่อโรคพาร์กินสัน: รายงานจากการศึกษาสโลวักขยายส่วนที่ 1

เชิงนามธรรม:

SLC41A1 (A1) SNPs rs11240569 และ rs823156 มีความสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงความเสี่ยงของโรคพาร์กินสัน (PD) ซึ่งส่วนใหญ่อยู่ในประชากรเอเชีย และ rs708727 มีความเชื่อมโยงกับโรคอัลไซเมอร์ (AD) ในการศึกษานี้ เราได้ตรวจสอบความสัมพันธ์ที่เป็นไปได้ของ SNP ทั้งสามดังกล่าวและของ rs9438393, rs56152218 และ rs61822602 (ทั้งสามอยู่ในภูมิภาคโปรโมเตอร์ A1) กับ PD ในประชากรสโลวัก

โรคพาร์กินสันเป็นโรคทางระบบประสาทที่มักส่งผลต่อความสามารถในการเคลื่อนไหวร่างกายของผู้คน แต่หลายๆ คนอาจไม่รู้ว่าโรคพาร์กินสันก็ส่งผลต่อความจำของผู้คนได้เช่นกัน แม้ว่าสิ่งนี้อาจทำให้บางคนกังวล แต่ก็มีสิ่งที่เราสามารถทำได้เพื่อปรับปรุงความจำและรักษาสุขภาพกายและสุขภาพจิตของเรา

ขั้นแรก ทำความเข้าใจความสัมพันธ์ระหว่างโรคพาร์กินสันกับความทรงจำ โรคพาร์กินสันทำลายเนื้อเยื่อประสาทเป็นหลัก โดยเฉพาะเซลล์ประสาทโดปามีน ซึ่งมีความสำคัญต่อการประสานงานด้านการเคลื่อนไหวของร่างกาย ในเวลาเดียวกัน เซลล์ประสาทโดปามีนยังส่งผลต่อความสามารถด้านการรับรู้ของเรา ซึ่งรวมถึงความสนใจ ความจำในการทำงาน และการทำงานของผู้บริหาร ดังนั้นในระยะแรกของการพัฒนาโรคพาร์กินสันอาจมีอาการสูญเสียความจำซึ่งจะค่อยๆ แย่ลง

ประการที่สอง เราควรเข้าใจวิธีรักษาความทรงจำที่ดี แม้ว่าโรคพาร์กินสันน่าเป็นห่วง แต่ก็มีวิธีที่สามารถช่วยรักษาความทรงจำที่ดีได้ ตัวอย่างเช่น การนอนหลับที่ดี การรับประทานอาหารที่สมดุล การออกกำลังกายในระดับปานกลาง และการเรียนรู้สิ่งใหม่ๆ อย่างต่อเนื่องสามารถช่วยให้เรารักษาความทรงจำที่ดีได้ นอกจากนี้ การเข้าสังคมยังแสดงให้เห็นว่าเป็นการฝึกความรู้ความเข้าใจที่ดี ซึ่งส่งเสริมการฝึกการทำงานของระบบประสาทของสมองเป็นประจำ

สุดท้ายนี้ เราควรรักษาทัศนคติเชิงบวกไว้ แม้ว่าโรคพาร์กินสันอาจส่งผลต่อการทำงานของร่างกายและการรับรู้ แต่เราไม่ควรปล่อยให้โรคนี้กลายมาเป็นประเด็นหลักในชีวิตของเรา แต่เราควรรักษาทัศนคติเชิงบวกอยู่เสมอ และรักษาวันเวลาของเราให้สมหวังและเปี่ยมด้วยความรักให้มากที่สุด

กล่าวโดยสรุป โรคพาร์กินสันเกี่ยวข้องกับความจำ แต่เราสามารถช่วยรักษาความทรงจำที่ดีได้ด้วยมาตรการและวิธีการบางอย่าง นอกจากนี้ เราควรรักษาทัศนคติเชิงบวกเพื่อรับมือกับความท้าทายต่างๆ ได้ดียิ่งขึ้น จากมุมมองนี้ เราจำเป็นต้องปรับปรุงความจำของเรา Cistanche สามารถปรับปรุงความจำได้อย่างมาก เนื่องจาก Cistanche ยังสามารถควบคุมสมดุลของสารสื่อประสาท เช่น การเพิ่มระดับของอะเซทิลโคลีนและปัจจัยการเจริญเติบโต ซึ่งมีความสำคัญมากต่อความจำและการเรียนรู้ นอกจากนี้ เนื้อสัตว์ยังช่วยเพิ่มการไหลเวียนของเลือดและส่งเสริมการส่งออกซิเจน ซึ่งช่วยให้สมองได้รับสารอาหารและพลังงานที่เพียงพอ ซึ่งจะช่วยเพิ่มความมีชีวิตชีวาและความทนทานของสมอง

คลิกรู้อาหารเสริมเพื่อเพิ่มความจำ

จาก SNP ที่ทดสอบทั้งหกรายการ เราได้ระบุเพียง rs708727 เท่านั้นที่เกี่ยวข้องกับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นสำหรับการโจมตีของ PD ในภาษาสโลวัก อัลลีลรอง (A) ใน rs708727 มีความเกี่ยวข้องกับ PD ในแบบจำลองทางพันธุกรรมที่โดดเด่นและครอบงำโดยสมบูรณ์ (ORD=1.36 (1.05–1.77), p=0.02 และ ORCOD {{11 }}.34 (1.04–1.72), p=0.02) นอกจากนี้ จีโนไทป์แฝด GG(rs708727) + AG(rs823156) + CC(rs61822602) อาจมีความเกี่ยวข้องทางคลินิกแม้ว่าจะแสดงสื่อ (h มากกว่าหรือเท่ากับ 0.5) ความแตกต่างของขนาด (h=0.522) ระหว่าง PD และประชากรกลุ่มควบคุม

การสร้างแบบจำลอง RandomForest ได้ระบุพลังของ SNP ที่ทดสอบแล้วในการเลือกปฏิบัติระหว่างผู้ป่วย PD และการควบคุมให้เป็นศูนย์ การเชื่อมโยงที่ระบุของ rs708727 กับ PD ในประชากรสโลวักทำให้เราตั้งสมมติฐานว่า A1 polymorphism นี้ ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุม epigenetic ของการแสดงออกของยีน ADlinked PM20D1 ก็มีส่วนร่วมในพยาธิชีววิทยาของ PD (หรือในระดับสากลใน การเสื่อมของระบบประสาท) ผ่านกลไกเดียวกันหรือคล้ายกันเช่นเดียวกับใน AD

คำสำคัญ:

โรคพาร์กินสัน; โรคอัลไซเมอร์; พาร์ค16; ตัวแลกเปลี่ยน Na+/Mg2+; SLC41A1; ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว

1. บทนำ

บทบาทของแมกนีเซียม (Mg) สภาวะสมดุล (MgH) ในพยาธิสรีรวิทยาของโรคพาร์กินสัน (PD) ยังเป็นหัวข้อของการวิจัยและการอภิปรายที่กำลังดำเนินอยู่ การกระทำของ Mg ที่หลากหลายในสรีรวิทยาของเซลล์และในระดับของสิ่งมีชีวิต ยืนยันสมมติฐานที่ว่า MgH ที่ถูกรบกวนมีส่วนทำให้เกิดกระบวนการเสื่อมที่เกี่ยวข้องกับ PD

แมกนีเซียมเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับพลังของเซลล์ [1,2] จำเป็นสำหรับการผลิต ATP การรักษาเสถียรภาพของโครงสร้าง และกิจกรรมทางชีวภาพ [1–3] โดยรวมแล้ว มันจะรบกวนการทำงานของสภาวะสมดุลของไมโตคอนเดรีย (MH) ในระดับต่างๆ ตั้งแต่การจัดโครงสร้างของไมโตคอนเดรียไปจนถึงกระบวนการต่างๆ ของการหายใจของไมโตคอนเดรีย [1–6]

ความสัมพันธ์ใกล้ชิดระหว่าง MgH และ MH ยังแสดงให้เห็นได้ด้วยไมโตคอนเดรียที่ทำหน้าที่เป็นแหล่งกักเก็บหลักของ Mg2+ ในเซลล์ [7] นอกจากนี้ Mg ยังมีคุณสมบัติต่อต้านการตายของเซลล์ การเพิ่มจำนวน และการเจริญเติบโต และส่วนประกอบของเครื่องจักรชีวมวลของ Mg จะรบกวนการส่งสัญญาณของเซลล์ Akt/PKB และ Erk1/2 pro-survival [8–10]

โรคเกี่ยวกับระบบประสาทเสื่อม รวมถึง PD มีลักษณะเฉพาะที่ระดับเซลล์โดยความเสียหายต่อ MH และความเสถียรทางพลังงานของเซลล์ซึ่งเป็นผลมาจากไมโทฟาจีที่ผิดปกติ การจัดการความเครียด ER การทำงานของรีโทรเมอร์ การแพร่เชื้อ และการหมุนเวียนของโปรตีนที่อยู่ติดกัน กล่าวคือ กระบวนการที่ เชื่อมต่ออย่างแน่นหนาภายใต้สภาวะทางสรีรวิทยาปกติ [11–13]

บทบาทของ Mg ในกระบวนการเหล่านี้เป็นที่เข้าใจเพียงเล็กน้อยเท่านั้น อย่างไรก็ตาม ทั้งแหล่งไซโตพลาสซึม (ป้องกันโดยโคเอ็นไซม์ TRPM7 เป็นหลัก) และแหล่งน้ำภายในไมโตคอนเดรีย/เมทริกซ์ (ป้องกันโดยช่องไอออน Mg{1}} ตัวนำยิ่งยวด Mrs2) ของ Mg2+ เป็นที่รู้กันว่ามีความสำคัญเป็นพิเศษสำหรับ การรักษาศักยภาพของเมมเบรนบนเยื่อหุ้มไมโตคอนเดรียชั้นใน (∆ψm) [2,4–6]

หยดเมทริกซ์ใดๆ [Mg2+} ที่เกิดจากความอดอยากของ Mg ของเซลล์ หรือความผิดปกติของ Mrs2 จะกระตุ้นให้เกิดภาวะดีโพลาไรเซชันที่กระตุ้นให้เกิดการแบ่งเซลล์ (mitophagy) ต่อไป เมื่อเร็วๆ นี้ Zhao และเพื่อนร่วมงานได้แสดงให้เห็นว่าระดับน้ำตาลในเลือดสูงทำให้ [Mg{4}} ในเซลล์ลดลง พร้อมด้วยการเหนี่ยวนำของไมโทฟาจีในเซลล์ hFOB1.19 (เซลล์สร้างกระดูกของทารกในครรภ์ที่ถูกทำให้เป็นอมตะอย่างมีเงื่อนไข, ATCC CRL-11372™) 15].

ความเข้มข้นของไซโตพลาสซึมและทางอ้อมภายในออร์แกเนลล์ (ไมโตคอนเดรีย, ER, Golgi) ของ Mg2+ ขึ้นอยู่กับตัวขนส่ง Mg2+ ซึ่งประกอบเป็นวงจรการขนส่ง Mg2+ ของ เยื่อหุ้มเซลล์ไซโตพลาสซึม [6] ตัวขนส่งเหล่านี้มีดังต่อไปนี้: (1) โคเอ็นไซม์ TRPM7, เกตเวย์การไหลเข้าของ Mg{7}} ของเซลล์หลัก และ (2) ตัวแลกเปลี่ยน Na+/Mg2+ (NME) SLC41A1 (อ้างอิงเพิ่มเติมในชื่อ A1) เกตเวย์ไหลออกของ Mg{14}} ของเซลล์หลัก [6,16,17]

แท้จริงแล้ว กลุ่มของ Cornell ได้ตั้งสมมติฐานว่าข้อมูลทางระบาดวิทยาที่เผยแพร่ "สนับสนุนความเป็นไปได้ที่การกลายพันธุ์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับ MgH จะเปลี่ยนความเสี่ยงของ PD" แต่รับประกัน "การวิเคราะห์ทางพันธุกรรมที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นของผู้ป่วย PD" เพื่อยืนยันว่า SLC41A1 (เรียกเพิ่มเติมว่า A1) และ TRPM7 อยู่ในกลุ่มยีนเหล่านี้ [18]

เกี่ยวกับการมีส่วนร่วมที่เป็นไปได้ของ NME A1 ในการโจมตีและการลุกลามของ PD, Tucci และเพื่อนร่วมงานได้ระบุรูปแบบการเข้ารหัสใหม่ของยีนที่มาจาก PARK16 locus และมีอยู่ในกลุ่ม PD เท่านั้น ได้แก่ RAB7L1 (c.470A > G ; p.K157R) และ A1 (c.1049C > T, p.A350V) [19] กลุ่มเดิมของ Kolisek กำหนดลักษณะเฉพาะของ A1 c.1049C > T ว่าเป็นค่าที่ได้รับจากการกลายพันธุ์ของฟังก์ชัน ซึ่งส่งผลให้ "มีปริมาณ Mg เพิ่มขึ้น2+- ซึ่งดำเนินการโดยตัวแปร A1 p.A350V" ซึ่งอาจนำไปสู่ในระยะยาว "การขาดสาร Mg ในเซลล์เรื้อรัง2+ - ซึ่งเป็นภาวะที่พบในบริเวณสมองต่างๆ ของผู้ป่วย PD และทำให้กระบวนการที่กระตุ้นให้เกิดความเสียหายของเส้นประสาทรุนแรงขึ้น" [20]

ลิน และคณะ ต่อมาได้ระบุถึงการสูญเสียฟังก์ชันการทำงานที่หาได้ยากของ A1 p.R244H ในกลุ่มผู้ป่วย 80 รายที่ได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นโรค PD ที่เริ่มมีอาการเร็ว [21] กลไกเบื้องหลังการสูญเสียหน้าที่ของ A1 เป็นเรื่องของการคาดเดา แม้ว่า Tatarkova และเพื่อนร่วมงานจะให้ข้อมูลที่ชัดเจนว่า "การมีหรือไม่มี และการทำงานของ A1 มีอิทธิพลต่อกระบวนการไมโตคอนเดรียที่เกี่ยวข้องกับการผลิตพลังงาน" [ 1]. ยิ่งไปกว่านั้น Li และเพื่อนร่วมงานเพิ่งเชื่อมโยงตัวแปร A1 p.R285Q กับ PD [22]

หลักฐานการทดลองเพิ่มเติมเกี่ยวกับความเกี่ยวข้องที่เป็นไปได้ของ A1 ใน PD ได้รับการจัดเตรียมโดย Lin และเพื่อนร่วมงาน ซึ่งแสดงให้เห็นว่า Mg ซัลเฟต (MgSO4) อาจปกป้องเซลล์ SH-SY5Y จากพิษต่อระบบประสาทของ 6-ไฮดรอกซีโดปามีน (6-OHDA ) [23]. พวกเขาได้แสดงให้เห็นเพิ่มเติมว่า 6-OHDA ลดการแสดงออกของ A1 (และยีน magnesiotropic อื่นๆ) ใน 6-เซลล์ SH-SY5Y ที่ได้รับการรักษาด้วย OHDA และ MgSO4 สามารถย้อนกลับการลดลงได้ [23] กลุ่มเดียวกันนี้ยังได้ให้ข้อมูลที่เปิดเผยว่าในแบบจำลอง PD ของหนู 6-OHDA เปลี่ยนแปลงการแสดงออกของ A1/A1 (ที่ทั้งระดับ RNA และโปรตีน) และขอบเขตของการเปลี่ยนแปลงนี้ตอบสนองต่อ [ MgSO4] [23]

PARK16 locus ประกอบด้วยยีน 5 ยีน ได้แก่ SLC45A3, NUCKS1, RAB7L1, A1 และ PM20D1 [24] บทบาทของมันต่อความไวต่อ PD ได้รับการชี้ให้เห็นจากการศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS) และการศึกษาแบบควบคุมเฉพาะกรณี มีการศึกษาความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP) A1 สามรายการอย่างกว้างขวางเกี่ยวกับความสัมพันธ์กับ PD

G allele หลักของ A1 polymorphism rs11240569 (สำหรับลักษณะดูตารางที่ 1) ของกลุ่ม Han ในประเทศจีนแสดงให้เห็นว่าลดความเสี่ยงของ PD ที่ไม่ทราบสาเหตุ โดยผู้ที่มีจีโนไทป์ GG และ AG แสดงความเสี่ยงลดลงเมื่อเทียบกับผู้ที่ มีจีโนไทป์ AA [25] ผลลัพธ์ที่คล้ายกันได้รับในการศึกษาที่ดำเนินการร่วมกับกลุ่มชาวอิหร่าน [26]

มีการศึกษา A1 SNP อีกตัวหนึ่ง rs708727 (ตารางที่ 1) ในกลุ่มประชากรในสหราชอาณาจักร แต่ไม่พบความสัมพันธ์ระหว่าง SNP นี้กับ PD [19] อย่างไรก็ตาม SNP นี้เชื่อมโยงกับโรคอัลไซเมอร์ (AD) [27]

เกี่ยวกับ PD, rs823156 (ตารางที่ 1) น่าจะเป็นการศึกษาที่เข้มข้นที่สุด แต่ก็เป็นที่ถกเถียงกันมากที่สุดในบรรดา A1 SNP SNP นี้มีความเกี่ยวข้องกับ PD ในกลุ่มประชากรจากจีนแผ่นดินใหญ่ [28], ญี่ปุ่น [29] และเกาหลี [30] แต่ไม่อยู่ในกลุ่มจากจีนตะวันออก [31] ทางตอนเหนือของสเปน [32] และมาเลเซีย [33 ] Bai และเพื่อนร่วมงานได้ทำนายตามการวิเคราะห์ซิลิโกว่า rs823156 เป็นตัวแปรที่ไม่มีการเข้ารหัสของ A1 "อาจส่งผลต่อความเสี่ยง PD โดยการเปลี่ยนแปลงความสามารถในการจับกับปัจจัยการถอดรหัสของยีน" (34)

งานที่ตีพิมพ์ก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นชัดเจนว่าเซลล์ควบคุมขอบเขตของ Mg2+ การไหลออกผ่านทาง A1 ที่ระดับโปรตีนและระดับการถอดความ [17,20,35,36] อย่างไรก็ตาม จำนวนข้อมูลเกี่ยวกับการจัดองค์กรของโปรโมเตอร์ของ A1 และความสามารถในการผูกมัดการถอดรหัสค่อนข้างน้อย [34]

ในปี 2019 เราได้ตีพิมพ์การศึกษาที่แสดงว่า A1 SNP ทั้งสามที่กล่าวมาข้างต้นไม่เกี่ยวข้องกับความอ่อนไหวต่อ PD ในประชากรสโลวัก ดังที่แสดงโดยสถิติที่ใช้บ่อยและการเรียนรู้ของเครื่อง [37] ข้อจำกัดที่สำคัญของการศึกษานั้นอาจเป็นจำนวนผู้เข้าร่วมที่ค่อนข้างต่ำทั้งในกลุ่ม PD (150) และกลุ่มควบคุม (120)

ดังนั้น จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้มีสองเท่า ดังนี้: (1) เพื่อชี้แจงความสัมพันธ์ที่เป็นไปได้ของ rs11240569, rs708727 และ rs823156 ในกลุ่มผู้ป่วย PD ที่ใหญ่ขึ้น (150 + 358) และกลุ่มควบคุม ({{5 }}) และ (2) เพื่อจัดลำดับบริเวณโปรโมเตอร์ของ A1 ในกลุ่มย่อยของตัวอย่าง PD เพื่อระบุ SNP ที่เป็นไปได้ใดๆ ภายในบริเวณโปรโมเตอร์ และเพื่อตรวจสอบการเชื่อมโยงที่เป็นไปได้ของพวกมันกับ PD

2. ผลลัพธ์

2.1. การจัดลำดับของภูมิภาคโปรโมเตอร์ SLC41A1

การวิเคราะห์ลำดับและลำดับแซงเจอร์ดำเนินการในกลุ่มย่อยของผู้ป่วย PD 96 ราย (ทั้งหมดจากศูนย์ PD ในมาร์ติน) มีการศึกษาชิ้นส่วนของภูมิภาคโปรโมเตอร์ A1 ซึ่งครอบคลุมตั้งแต่ตำแหน่ง 205,814,626 ถึง 205,812,988 บนโครโมโซมหนึ่ง ลำดับของแฟรกเมนต์ถูกเลือกตามฐานข้อมูล Genecopoeia [www.genecopoeia.com/ product/search/view_seq_promoter.php?cid=&type{{12} }promoter&prod_id=HPRM53412 (เข้าถึงเมื่อ 2 พฤษภาคม 2018)]

การจัดระเบียบยีนของ A1 และลำดับโปรโมเตอร์ / กฎระเบียบนั้นแสดงไว้ในรูปที่ 1 การจัดลำดับอนุญาตให้ระบุ SNP สี่ตัวต่อไปนี้ในภูมิภาคโปรโมเตอร์ A1: rs9438393, rs56152218, rs61822602 และ rs144056491 (รูปที่ 1) ต่อไป เราใช้กลยุทธ์ RFLP เพื่อตรวจสอบ rs9438393 (ข้อจำกัดด้วย Hpy166II), rs56152218 (ข้อจำกัดด้วย NIaIII) และ rs61822602 (ข้อจำกัดด้วย BmrI) ในกลุ่มย่อยที่มีตัวอย่างควบคุม 100 ตัวอย่าง ไม่ได้ตรวจสอบ SNP rs144056491 ในกลุ่มควบคุมเนื่องจากขาดเอนไซม์จำกัดที่เหมาะสม

ConSite (ตารางที่ 2) ซึ่งเป็นเครื่องมือบนเว็บสำหรับการค้นหาองค์ประกอบตามกฎข้อบังคับที่ถูกต้องในลำดับจีโนม ถูกนำมาใช้เพื่อตรวจสอบว่าอัลลีลที่แปรปรวน (รอง) สำหรับ SNP แต่ละตัวที่กล่าวมาทั้งสี่ดังกล่าวได้เปลี่ยนแปลงโปรไฟล์ที่มีผลผูกพันกับ TF ของ โปรโมเตอร์ A1 โดยเรนเดอร์ไซต์ที่มีผลผูกพัน TF ใหม่หรือโดยการลบไซต์ที่มีอยู่ ในฐานะที่เป็นอินพุต เราใช้ลำดับแบบยาว 33 bp โดยอันหนึ่งมีอัลลีลอ้างอิง (หลัก) และอีกอันมีอัลลีลตัวแปร (รอง) สำหรับแต่ละ SNP ตามลำดับ

ที่ rs144056491 ซึ่งตั้งอยู่ภายในไซต์ที่มีผลผูกพันของปัจจัยการถอดรหัส p50 ทั้งอัลลีลหลัก (C) และอัลลีลรอง (-, CC, CCC) สันนิษฐานว่าอนุญาตให้มีการเชื่อมโยงของปัจจัยการถอดรหัสนี้ (รูปที่ 1) การมีอยู่ของอัลลีลหลัก (A) ที่ rs9438393 อาจอนุญาตให้มีการเชื่อมโยงของปัจจัยการถอดรหัส FREAC -4 (ตารางที่ 2 รูปที่ 1) อย่างไรก็ตาม หากมีอัลลีลรอง (G) อยู่ ไซต์ที่มีผลผูกพัน FRAC-4 จะไม่ได้รับการยอมรับจากซอฟต์แวร์ทำนายผลการจับ TF อีกต่อไป ที่ SNP เดียวกัน อัลลีลรองจะยอมให้จับ SP1 ได้ ซึ่งไม่ใช่กรณีที่มีอัลลีลหลัก (ตารางที่ 2 รูปที่ 1)

อัลลีลหลัก (T) ที่ rs56152218 สมมุติว่าอนุญาตให้รวม Gata2 ได้ แต่ตามคำทำนาย จะไม่เป็นเช่นนั้นเมื่อมีอัลลีลรอง (C) ในทางกลับกัน YY1 อาจจับกับตัวแปร C-อัลลิลิกรอง แต่ไม่ใช่ตัวแปร T-อัลลีลิกหลัก (ตารางที่ 2 รูปที่ 1) จากการทำนายของซิลิโก SNP rs61822602 ไม่ได้อยู่ภายในลำดับที่มีผลผูกพันกับ TF ใด ๆ (ตารางที่ 2 รูปที่ 1)

รูปที่ 1 การจัดระเบียบยีนของ A1 รวมถึงอัปสตรีม 50UTR ที่อยู่ติดกัน ตามบันทึกของ Ensembl: SLC41A1-201 ENST00000367137.4 ยีนนี้อยู่บนโครโมโซม 1 และประกอบด้วย 11 เอ็กซอน Exon 1 แสดงถึง 50UTR (ภูมิภาคที่ไม่ได้แปล) และ exon 2 มีส่วนหนึ่งของ 50UTR นี้ 3 0UTR รวมอยู่ใน exon 11 ในการศึกษาก่อนหน้านี้ เราได้ศึกษา SNP สามชนิด (ตัวแปรนิวคลีโอไทด์เดี่ยว) ได้แก่ rs11240569, rs708727 และ rs823156 ใน A1 [37] ในงานนี้ เราได้วิเคราะห์ลำดับ (ความยาว 1,638 bp) ที่อยู่ต้นน้ำของยีนนี้

ลำดับนี้ครอบคลุมลำดับ 50upstream และบางส่วนคือ exon 1 ตามเบราว์เซอร์จีโนม UCSC [39] ลำดับนี้เป็นขอบเขตการควบคุมที่แสดงโดยหมู่เกาะ CpG (สี่เหลี่ยมสีเขียว) ลายเซ็นที่คล้ายโปรโมเตอร์ (EH38E1415811) และลายเซ็นที่คล้ายเอนแฮนเซอร์ใกล้เคียง (EH38E14112) (สี่เหลี่ยมสีแดงและสีส้ม ตามลำดับ) ได้รับการอธิบายในภูมิภาคนี้

เราได้ระบุ SNP สี่รายการ (rs144056491, rs61822602, rs56152218 และ rs9438393) ในลำดับนี้ ที่ rs144056491 การค้นหาภายในลำดับอ้างอิงและจากนั้นในลำดับที่มีตัวแปรส่งผลให้มีการระบุไซต์ที่มีผลผูกพันสำหรับปัจจัยการถอดรหัส p50 ที่ rs9438393 การค้นหาส่งผลให้มีการระบุไซต์ที่มีผลผูกพันสำหรับปัจจัยการถอดรหัส FRAC-4 (อัลลีล A) อย่างไรก็ตาม ไม่พบตำแหน่งการจับในลำดับแวเรียนต์ (G อัลลีล) ที่ SNP เดียวกัน G allele อนุญาตให้รวม SP1 ที่ rs56152218 T allele ที่โดดเด่นเปิดใช้งานการเชื่อมโยงของ Gata2 และอัลลีลรองของ YY1

For more information:1950477648nn@gmail.com