กลไกของผลกระทบที่คล้ายกับเอสโตรเจนของ Cistanche Deserticola glycosides: ข้อมูลเชิงลึกจากเภสัชวิทยาเครือข่ายและ transcriptomics

3. ผลการทดลอง

3.1 ผลลัพธ์ของการวิเคราะห์เภสัชวิทยาเครือข่าย

3.1.1 การวิเคราะห์เครือข่ายของเอสโตรเจนที่มีลักษณะคล้ายเอสโตรเจนของส่วนประกอบที่ใช้งานของ GCS

วิเคราะห์สารประกอบทั้งหมด 40 ชนิดใน GCS (ตารางที่ 1) โดยใช้ไฟล์TCMSP, Symmap, ฯลฯ, ตะเข็บ, และคิวซาร์ฐานข้อมูล หลังจากลบรายการซ้ำจะมีการรวบรวม 183 เป้าหมาย จากการแยกกันและOmimฐานข้อมูล "การขาดฮอร์โมนเอสโตรเจน" หรือ "ระดับเอสโตรเจนต่ำ" ถูกใช้เป็นคำหลักเพื่อดึงเป้าหมายที่เกี่ยวข้องกับโรค การรวมเป้าหมายจากทั้งสองแหล่งและการลบซ้ำทำให้เกิดเป้าหมายโรค 1,712 เป้าหมาย

โดยใช้ไซโตสเคป v3.9.1เครือข่าย "สารประกอบ - เป้าหมาย" (CT) ถูกมองเห็น (รูปที่ 1) เครือข่ายรวม 223 โหนด: 40 โหนดที่แสดงส่วนประกอบที่ใช้งานอยู่ของ GCS และ 183 โหนดที่แสดงถึงเป้าหมายที่เชื่อมต่อด้วยขอบ 253 การใช้แพลตฟอร์มออนไลน์ของ Venn Diagram จุดตัดของยีนเป้าหมายเฉพาะ 40 GCs และยีนเป้าหมายที่คล้ายเอสโตรเจนให้ยีนเป้าหมาย "GCS-estrogen" (รูปที่ 2)

 

อาหารเสริม cistanche สำหรับความผิดปกติทางเพศชาย

Whatsapp เราสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 การคัดกรองเป้าหมายหลักและการวิเคราะห์เครือข่าย PPI

มีการวิเคราะห์พารามิเตอร์ทอพอโลยีของเครือข่าย (ระดับความเป็นศูนย์กลางระหว่างความเป็นศูนย์กลางและความใกล้ชิด) ค่ามัธยฐานของพารามิเตอร์เหล่านี้ถูกใช้เป็นเกณฑ์ เป้าหมายที่ตรงกับเกณฑ์ทั้งสามเกณฑ์ได้รับการคัดเลือกเป็นเป้าหมายหลักสำหรับผลกระทบที่คล้ายกับเอสโตรเจนของ GCS มีการระบุเป้าหมายหลักทั้งหมด 24 รายการ โดยใช้ไซโตสเคป v3.9.1เครือข่าย "สารประกอบ - แกนกลาง - เหมือนเอสโตรเจน" ถูกมองเห็น (รูปที่ 3) นอกจากนี้ยังมีการสร้างเครือข่าย PPI ของเป้าหมายหลัก (รูปที่ 4)

 

3.1.3 GO Functional และ Kegg Pathway Enrichment Analysis

จากการวิเคราะห์การทำงานของ GO มีการระบุรายการที่สำคัญ 35 รายการ ขึ้นอยู่กับค่า p ที่แก้ไขแล้วเส้นทาง 20 อันดับแรกถูกเลือก (รูปที่ 6) สิ่งเหล่านี้เกี่ยวข้องกับการทำงานของโมเลกุลเช่นการจับตัวรับไซโตไคน์, การจับตัวรับเอสโตรเจน, การจับตัวรับปัจจัยการเจริญเติบโตและกิจกรรมตัวรับนิวเคลียร์

การวิเคราะห์การเพิ่มประสิทธิภาพ KEGG Pathway ระบุ 83 เส้นทางการส่งสัญญาณที่สำคัญ เส้นทาง 20 อันดับแรกที่ได้รับการจัดอันดับโดยค่า p ที่แก้ไขได้รับการมองเห็น (รูปที่ 7) เส้นทางที่เกี่ยวข้องกับเอสโตรเจนที่สำคัญรวมถึง:

เส้นทางการส่งสัญญาณเนื้อร้ายเนื้องอก (TNF)

interleukin -17 (il -17) เส้นทางการส่งสัญญาณ

ปัจจัยขาดออกซิเจน-เหนี่ยวนำให้เกิด -1 (hif -1) เส้นทางการส่งสัญญาณ

เส้นทางการส่งสัญญาณเอสโตรเจน

เส้นทางเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในเอสโตรเจนที่มีลักษณะคล้ายเอสโตรเจนของ GCs

3.2 การรวมเข้ากับข้อมูล transcriptomic

3.2.1 การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่างเป้าหมายที่คาดการณ์และข้อมูล transcriptomic

ใช้เอชจีเอ็นซีฐานข้อมูลยีนเป้าหมายหลัก 24 ตัวที่ทำนายโดยเภสัชวิทยาเครือข่ายถูกแปลงเป็นยีนหนูที่คล้ายคลึงกันส่งผลให้ยีน 31 ยีน หลังจากลบซ้ำแล้ว 29 ยีนยังคงอยู่ โดยการเปรียบเทียบกับข้อมูล transcriptomic เป้าหมายหลักทั้งหมด 29 รายการ (ยกเว้นMCL1และGCG) แสดงการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของยีน ผลลัพธ์จะแสดงในตารางที่ 2

3.2.2 การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่างเส้นทาง KEGG จากเภสัชวิทยาเครือข่ายและ transcriptomics

หลังจากแปลงยีนเป้าหมายหลักเป็นยีนหนูที่คล้ายคลึงกันแล้วการวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะ Kegg Pathway ได้ดำเนินการ รวม 1 0 8 เส้นทาง (พร้อม padjust <0. 05) ถูกระบุสำหรับยีนเป้าหมายหลัก การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของ KEGG ของข้อมูลการเรียงลำดับ transcriptomic ระบุ 107 เส้นทาง (ด้วย padjust <0.05) ผลลัพธ์ของการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่างเภสัชวิทยาเครือข่ายและ transcriptomics แสดงในรูปที่ 8

มีเส้นทางที่ทับซ้อนกัน 68 เส้นทางรวมถึง:

เส้นทางการส่งสัญญาณเอสโตรเจน

เส้นทางการส่งสัญญาณค่าย

เส้นทางการส่งสัญญาณ TNF

เส้นทางที่ทับซ้อนกันคิดเป็นมากกว่า 60% ของเส้นทางทั้งหมด