DNA Methylome และ Transcriptome ระบุยีนสำคัญและเส้นทางที่เกี่ยวข้องกับการสร้างเปลือกไข่ที่มีจุดในไก่ไข่อายุ

เชิงนามธรรม

พื้นหลัง

คุณภาพของเปลือกไข่ของสัตว์ปีกมีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับความสามารถในการทำกำไรของการผลิตไข่ จุดเปลือกไข่สะท้อนถึงคุณลักษณะด้านคุณภาพที่สำคัญซึ่งมีอิทธิพลต่อรูปลักษณ์ของไข่และความต้องการของลูกค้า อย่างไรก็ตาม กลไกการเกิดจุดยังไม่เป็นที่เข้าใจ ในการศึกษานี้ เราเปรียบเทียบดัชนีภูมิคุ้มกันและสารต้านอนุมูลอิสระในซีรัมของไก่ไข่ที่มีจุดและไข่ปกติอย่างเป็นระบบ การวิเคราะห์การถอดเสียงและเมทิลโลมถูกนำมาใช้เพื่ออธิบายกลไกการเกิดจุดเปลือกไข่

ประโยชน์ของซิสตานช์สำหรับระบบภูมิคุ้มกันของผู้ชาย

คลิกที่นี่เพื่อดูผลิตภัณฑ์ Cistanche Enhance Immunity

【สอบถามเพิ่มเติม】 อีเมล:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

ผลลัพธ์

ผลการวิจัยพบว่ามีการระบุยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน 7 ยีน (DEG) ระหว่างกลุ่มปกติและกลุ่มจุด การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของชุดยีน (GSEA) เปิดเผยว่ายีนที่แสดงออกส่วนใหญ่ได้รับการเสริมสมรรถนะในวิถีการส่งสัญญาณแคลเซียม การยึดเกาะโฟกัส และวิถีการส่งสัญญาณ MAPK นอกจากนี้ ยังตรวจพบยีนดิฟเฟอเรนเชียลเมทิลเลต (DMG) จำนวน 282 ยีน ในจำนวนนี้มี 15 ยีนที่เกี่ยวข้องกับการแก่ชรา รวมถึง ARNTL, CAV1 และ GCLC การวิเคราะห์วิถีทางแสดงให้เห็นว่า DMG เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกันที่มีทีเซลล์เป็นสื่อกลาง, การตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชัน และการตอบสนองของเซลล์ต่อสิ่งกระตุ้นความเสียหายของ DNA การวิเคราะห์เชิงบูรณาการของข้อมูลทรานสคริปโตมีและข้อมูลเมทิลเลชันของ DNA ระบุว่า BFSP2 เป็นยีนที่ทับซ้อนกันเพียงยีนเดียว ซึ่งแสดงออกมาในระดับต่ำและมีไฮโปเมทิลเลตในกลุ่มจุด

ข้อสรุป

โดยรวมแล้ว ผลลัพธ์เหล่านี้บ่งชี้ว่ายีนและวิถีทางที่เกี่ยวข้องกับการแก่ชราและภูมิคุ้มกันมีบทบาทสำคัญในการก่อตัวของเปลือกไข่ที่มีจุด โดยให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ในการปรับปรุงคุณภาพเปลือกไข่

cistanche tubulosa-ปรับปรุงระบบภูมิคุ้มกัน

คำหลัก

ไก่ไข่, ไข่จุด, ทรานสคริปโตม, DNA methylation, ภูมิคุ้มกัน

พื้นหลัง

ไข่สัตว์ปีกเป็นแหล่งโปรตีนที่สำคัญที่สุดแหล่งหนึ่ง และมีต้นทุนค่อนข้างต่ำทำให้เป็นที่นิยมในหมู่ผู้บริโภค ในช่วงสี่ทศวรรษที่ผ่านมา การผลิตไข่ได้รับการปรับปรุงอย่างมากเนื่องจากการพัฒนาสายพันธุ์ไข่เฉพาะทางและการคัดเลือกทางพันธุกรรม โดยมีเป้าหมายคือ "การเลี้ยงแม่ไก่ไข่เป็นเวลา 100 สัปดาห์เพื่อผลิตไข่ได้ 500 ฟอง" [ 1, 2]. อย่างไรก็ตาม การบรรลุเป้าหมายนี้ถูกจำกัดด้วยคุณภาพเปลือกไข่และสรีรวิทยาที่ลดลงทีละน้อยซึ่งเกี่ยวข้องกับการแก่ชราของแม่ไก่ ส่งผลให้น้ำหนักเปลือกไข่เพิ่มขึ้น สีเปลือกไข่จางลง และเปลือกไข่มีจุด [3] จุดสีน้ำตาลแดงซึ่งเป็นคุณลักษณะสำคัญของเปลือกไข่ มักปรากฏที่ปลายทู่ของเปลือกไข่สีน้ำตาล ซึ่งส่งผลกระทบอย่างมากต่อรูปลักษณ์ของไข่และความชอบของลูกค้า ระดับของรอยจุดเปลือกไข่ได้รับการประเมินโดยใช้วิธีการให้คะแนน จุดสามารถให้คะแนนได้ตามความเข้มของเม็ดสี การกระจายตัว และขนาดของจุด [4] ยิ่งไปกว่านั้น ความสามารถในการถ่ายทอดทางพันธุกรรมของเปลือกไข่ที่มีจุดอยู่ระหว่าง 0.15–0.2 ซึ่งบ่งบอกถึงความมุ่งมั่นทางพันธุกรรม [5] นอกจากนี้ การศึกษาก่อนหน้านี้ระบุว่า แม่ไก่แก่มีอัตราเปลือกไข่ที่มีจุดสูงกว่าแม่ไก่อายุน้อยกว่า โดยจะสูงถึง 20% หลังจากอายุ 60 สัปดาห์ [6] ต่อมเปลือกไข่เป็นอวัยวะที่สร้างไข่ซึ่งมีบทบาทสำคัญในโครงสร้างเปลือกไข่และการสร้างสี ในระหว่างการสร้างไข่ ไข่แดงจะเดินทางผ่าน infundibulum, magnum และ isthmus และไปถึงต่อมเปลือกไข่ ซึ่งหลั่งแคลเซียม เม็ดสี หนังกำพร้า และสารอื่นๆ จำนวนมาก ทำให้เกิดโครงสร้างเปลือกไข่ที่สมบูรณ์และหนังกำพร้าด้านนอก [7-9 ] การเปลี่ยนแปลงหรือความเสียหายต่อต่อมเปลือกไข่ส่งผลต่อการสร้างโครงสร้างเปลือกไข่และการสร้างเม็ดสี [10–12] DNA methylation เป็นหนึ่งในวิถีการดัดแปลงที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จัก และเกี่ยวข้องกับการถ่ายโอนหมู่เมทิลไปยังตำแหน่งคาร์บอนที่ห้าของไซโตซีนเพื่อสร้าง 5-methylcytosine [13] DNA methylation มีบทบาทสำคัญในกระบวนการชราของสัตว์ ควบคุมการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับอายุ และสาเหตุของโรคทางระบบประสาท ภูมิคุ้มกัน และโรคทางเมตาบอลิซึม [14–17] นอกจากนี้ DNA methylation รวมกับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมอาจทำให้เกิดฟีโนไทป์ที่แตกต่างกันในช่วงอายุ [18] ฟีโนไทป์ของปศุสัตว์ที่ซับซ้อนหลายชนิดเชื่อมโยงกับ DNA methylation [19, 20] เมื่อเร็วๆ นี้ การจัดลำดับ RNA (RNA-seq) มีประโยชน์ในการเปิดเผยยีนและวิถีทางที่เป็นรากฐานของลักษณะที่ระดับการถอดเสียง [21–24] เช่น การพัฒนากล้ามเนื้อของตัวอ่อน ประสิทธิภาพการกินอาหาร และขนาดครอก การศึกษาก่อนหน้านี้ของเราแสดงให้เห็นว่า แม้ว่าการเกิดเปลือกไข่ที่มีจุดจะไม่ส่งผลกระทบต่อประสิทธิภาพของแม่ไก่ไข่ (ข้อมูลที่ยังไม่ได้เผยแพร่) แต่จุดก็สามารถส่งผลกระทบต่อลักษณะของไข่และลดมูลค่าทางเศรษฐกิจได้อย่างมาก นอกจากนี้ ยังไม่ค่อยเข้าใจกลไกระดับโมเลกุลของการเกิดไข่ที่มีจุด ดังนั้น การศึกษานี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่ออธิบายกลไกการเกิดเปลือกไข่แบบจุดโดยใช้เทคนิคการถอดเสียงและดีเอ็นเอเมทิลเลชัน เนื่องจากเปลือกไข่ที่มีจุดสามารถถ่ายทอดทางพันธุกรรมได้และเกี่ยวข้องกับอายุ เราจึงใช้การวิเคราะห์การถอดเสียงและ DNA methylation ร่วมกันเพื่อสำรวจยีนหลักและวิถีทางที่เกี่ยวข้องกับการสร้างเปลือกไข่ที่มีจุด คาดว่าผลการศึกษาครั้งนี้จะช่วยปรับปรุงความเข้าใจเกี่ยวกับกลไกระดับโมเลกุลของการสร้างลักษณะเปลือกไข่ ซึ่งจะเป็นประโยชน์ต่อการเพาะพันธุ์สัตว์

ภาพที่ 1 ไข่ธรรมดาและมีจุดจากแม่ไก่อายุมาก ก. ไข่ธรรมดา ข. ไข่มีจุด

ตารางที่ 1 พารามิเตอร์ทางชีวเคมีในซีรั่มของกลุ่มปกติและกลุ่มจุด

ผลลัพธ์

พารามิเตอร์ทางชีวเคมีในซีรั่ม

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) ในพารามิเตอร์ของสารต้านอนุมูลอิสระระหว่างกลุ่มปกติและกลุ่มจุด

รายละเอียดการถอดเสียงของต่อมเปลือกไข่

ห้องสมุด cDNA หกแห่งถูกสร้างขึ้นจากจุดและกลุ่มปกติ หลังจากการควบคุมคุณภาพ ได้รับการอ่านดิบทั้งหมด 615,170,158 ครั้ง และการอ่านสะอาด 604,275,600 ครั้ง (98.22% ของการอ่านดิบ) หลังจากการจัดตำแหน่งโดยใช้ซอฟต์แวร์ HISAT2 อัตราการแมปคือ 90.75–93.18% และอัตราการแมปที่ไม่ซ้ำกันในตัวอย่างทั้งหมดมากกว่า 73.47% (ตารางเสริม S3) ระดับการแสดงออกของยีนแสดงโดยใช้แผนที่ความร้อนของคลัสเตอร์และการวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA) ไม่มีความแตกต่างที่มีนัยสำคัญในโปรไฟล์การแสดงออกของยีนของตัวอย่างจากจุดและกลุ่มปกติ เนื่องจากตัวอย่างไม่ได้ก่อตัวเป็นกระจุกที่แตกต่างกัน (รูปที่ 2A, B) มีการระบุยีนที่แสดงออกแตกต่างกันทั้งหมดเจ็ดยีน (DEG) ระหว่างกลุ่มปกติและกลุ่มจุด (p<0.05, |log2 Fold Change|>1) รวมถึงยีนที่ได้รับการควบคุมสองยีนและยีนที่ไม่ได้รับการควบคุมห้ายีน (ตารางที่ 2) การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของชุดยีน (GSEA) แสดงให้เห็นว่าเส้นทางสี่เส้นทางได้รับการเสริมสมรรถนะอย่างมีนัยสำคัญโดยยีนที่แสดงออก (ตารางเสริม S4) คะแนนการทำให้เป็นมาตรฐานเชิงลบ (NES) บ่งชี้ระดับการแสดงออกที่ต่ำกว่าสำหรับวิถีบางอย่างในกลุ่มปกติเมื่อเปรียบเทียบกับกลุ่มจุด โดยที่วิถีการส่งสัญญาณของแคลเซียม ปฏิสัมพันธ์ระหว่างลิแกนด์กับตัวรับที่ออกฤทธิ์ทางประสาท การยึดเกาะของโฟกัส และวิถีการส่งสัญญาณของ MAPK เป็นวิถีทางที่มี การแสดงออกต่ำสุด (รูปที่ 2C) Tree DEGs (BFSP2, IQSEC, TMOD4) ที่ระบุโดย RNA-seq ได้รับการตรวจสอบโดยใช้ PCR แบบเรียลไทม์เชิงปริมาณ (qRT-PCR) การแสดงออกที่คล้ายกันของยีนทั้งสามนั้นชัดเจนโดยใช้ RNA-Seq และ qRT-PCR และค่าสัมประสิทธิ์การกำหนด (R2 ) ถึง 0.93 (รูปที่ 2D) ซึ่งบ่งชี้ว่าข้อมูล RNA-seq มีความน่าเชื่อถือ

ตารางที่ 2 ยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEG) ระหว่างแม่ไก่ที่วางไข่จุดและไข่ปกติ

รูปที่ 2 โปรไฟล์การถอดเสียงของต่อมเปลือกไข่ A แผนที่ความร้อนของระดับการแสดงออกของยีน, B การวิเคราะห์องค์ประกอบหลักของยีนทั้งหมดโดยใช้ค่าการแสดงออกปกติของ DEseq2, C ชุดยีนตัวแทนสามชุดจากผลการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของชุดยีน, D ผลการตรวจสอบ qPCR ของยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน

โปรไฟล์ DNA methylation ของต่อมเปลือกไข่

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (รูปที่ 3A) PCA แสดงให้เห็นว่าตัวอย่างจากทั้งสองกลุ่มไม่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ เนื่องจากไม่ได้สร้างกลุ่มแยกกัน (รูปที่ 3B) Tere ไม่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในระดับเมทิลเลชั่นของ CG, CHG และ CHH ระหว่างทั้งสองกลุ่ม (รูปที่ 3C) อย่างไรก็ตาม กลุ่มจุดมีระดับ CG methylation สูงกว่ากลุ่มปกติ ภูมิภาค Te ซ้ำและ exon แสดงระดับ CG methylation สูงสุดในขณะที่ภูมิภาค 5 ′UTR มีระดับ CG methylation ต่ำที่สุด (รูปที่ 3 มิติ) มีการระบุบริเวณเมทิลเลตที่แตกต่างกันทั้งหมด 2,788 แห่งระหว่างกลุ่มปกติและกลุ่มจุด DMR ส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในอินตรอน (47.45%) รองลงมาคือภูมิภาคระหว่างพันธุกรรม (36.05%), เอ็กซอน (8.29%), โปรโมเตอร์ (5.95%), 3′-UTR (1.18%) และ 5′-UTR ( 0.97%) ภูมิภาค (รูปที่ 4) นอกจากนี้ ยังระบุยีนดิฟเฟอเรนเชียลเมทิลเลต (DMG) 282 ยีน ซึ่งรวมถึงยีนไฮเปอร์เมทิลเลต 172 ยีนและไฮโปเมทิลเลต 74 ยีนในภูมิภาคโปรโมเตอร์ นอกจากนี้ ยังพบ DMG 36 ตัวในร่างกายของยีน รวมถึงยีนไฮเปอร์เมทิลเลต 30 ยีน และยีนไฮโปเมทิลเลต 6 ยีน เราแปลง DMG ให้เป็น orthologs ของมนุษย์ และได้รับสัญลักษณ์ยีน 158 ตัวที่อัปโหลดใน Metascape สำหรับคำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชัน อภิปรัชญาของยีน (GO) และการวิเคราะห์วิถีทาง ยีนได้รับการเสริมสมรรถนะในกระบวนการทางชีวภาพ 176 GO รวมถึงการควบคุมการตอบสนองของเซลล์ต่อการกระตุ้นปัจจัยการเจริญเติบโตและภูมิคุ้มกันที่มีทีเซลล์เป็นสื่อกลาง การตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชัน และการตอบสนองของเซลล์ต่อการกระตุ้นความเสียหายของ DNA

รูปที่ 3 ระดับเมทิลเลชั่นโดยรวมในแม่ไก่ไข่จุดและไข่ปกติ การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ของระดับเมทิลเลชันระหว่างตัวอย่างจากทั้งสองกลุ่ม B การวิเคราะห์องค์ประกอบหลักของระดับเมทิลเลชันของตัวอย่างทั้งหมด C ฮิสโตแกรมของระดับเมทิลเลชั่นของไซต์ไซโตซีนในทั้งสองกลุ่ม แผนภูมิเส้น D ของระดับเมทิลเลชั่นของบริเวณจีโนมที่แตกต่างกัน บริเวณจีโนมของแต่ละยีนถูกแบ่งออกเป็น 20 ถังขยะ จากนั้นจึงหาค่าเฉลี่ยระดับเมทิลเลชั่นของไซต์ไซโตซีนของขอบเขตการทำงานที่สอดคล้องกันของยีนทั้งหมด

รูปที่ 4 ฮิสโตแกรมของคำอธิบายประกอบของส่วนดิเฟอเรนเชียลเมทิลเลต (DMR) ในบริเวณฟังก์ชันจีโนม

รูปที่ 5 เงื่อนไข GO ของ DMG B ความสัมพันธ์ระหว่างการแสดงออกของยีนและระดับ DNA methylation ในกลุ่มจุด C ความสัมพันธ์ระหว่างการแสดงออกของยีนกับระดับ DNA methylation ในกลุ่มปกติ แผนภาพ D Venn ของยีนที่ทับซ้อนกันระหว่าง DEG และ DMG

การวิเคราะห์วิถีทางแสดงให้เห็นว่ายีนได้รับการเสริมสมรรถนะในเส้นทางสารานุกรมยีนและจีโนมของเกียวโต 19 เส้นทาง รวมถึงการย่อยสลาย RNA การควบคุมตัวกลางไกล่เกลี่ยการอักเสบของช่องสัญญาณ TRP และเส้นทางการส่งสัญญาณ TNF ยิ่งไปกว่านั้น ตรวจพบชุดยีน 25 ชุด ซึ่งรวมถึงการส่งสัญญาณโดย Rho GTPases, วงจร RHO GTPase และวงจร CDC42 GTPase กลุ่มภววิทยาที่ได้รับการเสริมสมรรถนะ 20 อันดับแรกจะแสดงในรูปที่ 5A ในบรรดายีนมนุษย์ที่คล้ายคลึงกัน 158 ยีน มี 15 ยีนที่เกี่ยวข้องกับความชราหรืออายุยืนยาว (ตารางเสริม S6) การวิเคราะห์เชิงบูรณาการของการจัดลำดับไบซัลไฟต์ทั้งจีโนม (WGBS) และข้อมูล RNA-seq ได้ดำเนินการเพื่อตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่าง DNA methylation และระดับการแสดงออกของยีน (รูปที่ 5B และ C) มีความสัมพันธ์เชิงลบระหว่าง DNA methylation และระดับการแสดงออกของยีนต้นน้ำของไซต์เริ่มต้นการถอดรหัส (TSS) และดาวน์สตรีมของไซต์การสิ้นสุดการถอดรหัส (TTS); อย่างไรก็ตามไม่มีความสัมพันธ์กันระหว่าง DNA methylation และระดับการแสดงออกของยีนในร่างกายของยีน แผนภาพเวนน์แสดงให้เห็นว่า BFSP2 เป็นยีนเดียวที่ทับซ้อนกันระหว่าง DMG และ DEG (รูปที่ 5D)

การอภิปราย

การศึกษาในช่วงหลายปีที่ผ่านมาแสดงให้เห็นว่าการก่อตัวของจุดบนเปลือกไข่นั้นสามารถถ่ายทอดทางพันธุกรรมได้ และแม่ไก่ที่มีอายุมากจะผลิตเปลือกไข่ที่มีจุดในอัตราที่สูงกว่าแม่ไก่ที่อายุน้อยกว่า [6] การแก่ชราของแม่ไก่ไข่มักมาพร้อมกับอาการอักเสบเรื้อรังและความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชั่น [25, 26] พารามิเตอร์เลือดของสัตว์สะท้อนถึงสถานะทางสรีรวิทยาและโภชนาการ SOD, GSH-PX, GSH, CAT และ T-AOC เป็นส่วนประกอบของระบบป้องกันสารต้านอนุมูลอิสระ ผลการศึกษาครั้งนี้ระบุว่าไม่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในความสามารถในการต้านอนุมูลอิสระของแม่ไก่อายุระหว่างจุดและกลุ่มปกติ ซึ่งตรงกันข้ามกับการค้นพบของ Moreno และ Osorno [27] โมเรโนรายงานว่านกที่วางไข่โดยมีเปลือกมีจุดอาจได้รับความเครียดทางสรีรวิทยา เนื่องจากการทำงานของโปรออกซิแดนท์ในส่วนประกอบหลักของจุดและมีความทนทานต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชั่นได้สูงกว่า [28] ความแตกต่างในผลลัพธ์อาจเนื่องมาจากสายพันธุ์ต่างๆ ที่ใช้ในการศึกษา

cistanche tubulosa-ปรับปรุงระบบภูมิคุ้มกัน

อิมมูโนโกลบูลินเป็นโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการต้านการอักเสบและมีบทบาทควบคุมปฏิกิริยาการอักเสบ [29] การศึกษาก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นว่านก Blue Tit ที่วางไข่ที่มีจุดมีระดับอิมมูโนโกลบูลินรวมต่ำ [30] ในทำนองเดียวกัน ผลการศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นว่านกในกลุ่มจุดมีระดับ IgA ในซีรัมต่ำกว่าอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเทียบกับนกในกลุ่มปกติ ซึ่งบ่งชี้ว่าแม่ไก่ในกลุ่มจุดอาจมีความสามารถในการต้านการอักเสบต่ำกว่า ซึ่งสอดคล้องกับ การค้นพบของมาร์ติเนซและเมริโน [30] IgA เป็นหนึ่งในตัวชี้วัดที่สำคัญในการประเมินการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายในสัตว์ปีก โดยมีหน้าที่ในการต้านไวรัส ต้านเชื้อแบคทีเรีย และต้านสารพิษ [31] การศึกษาพบว่าการเสริมอาหารด้วยยีสต์-กลูแคนสามารถเพิ่มปริมาณ IgA ในซีรั่มได้ ปริมาณ IgA ที่เพิ่มขึ้นสามารถเพิ่มความสามารถของแต่ละบุคคลในการรักษาสภาวะสมดุลของภูมิคุ้มกัน ซึ่งนำไปสู่ประโยชน์ต่อสุขภาพที่เป็นไปได้ [32] การศึกษายังแสดงให้เห็นว่าเมื่อแม่ไก่อายุมากขึ้น ความต้านทานต่อเชื้อโรคภายนอกจะลดลง [33] เมื่อเชื้อโรคเข้าสู่ร่างกายของแม่ไก่ไข่อายุมาก ระบบป้องกันเยื่อเมือกของเนื้อเยื่อท่อนำไข่อาจได้รับความเสียหายเนื่องจากภูมิคุ้มกันลดลงไปพร้อมๆ กัน [34] อย่างไรก็ตาม ระดับ IgA ที่สูงขึ้นอาจเพิ่มความสามารถของร่างกายในการรักษาสภาวะสมดุลของภูมิคุ้มกัน ป้องกันการบุกรุกของเชื้อโรคเข้าสู่เนื้อเยื่อใต้เยื่อเมือกของท่อนำไข่ ซึ่งจะช่วยรักษาคุณภาพเปลือกไข่ที่ดี นอกจากนี้ การวิเคราะห์ RNA-seq ระบุ DEG เจ็ดจุดระหว่างจุดและกลุ่มปกติ รวมถึง IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK และยีนเทียม IQSEC3 ซึ่งเป็นสมาชิกของตระกูล ARF guanine nucleotide exchange factor (GEFs) ที่ทนต่อ brefeldin A [35, 36] ส่งเสริมการพัฒนาของ synapses ที่ยับยั้งโดยการจับกับ gephyrin [37] IQSEC3 มีความสำคัญเชิงหน้าที่ในการรักษากิจกรรมเครือข่าย ใน vivo การล้มลงของ IQSEC3 ใน hippocampal dentate gyrus ในสัตว์ฟันแทะจะลดความหนาแน่นของ GABAergic synapses และเพิ่มความอ่อนแอต่ออาการชักอย่างรุนแรง [38] อย่างไรก็ตาม ยังไม่มีการศึกษาเกี่ยวกับการทำงานของ IQSEC3 ในสัตว์ปีก

กรดแกมมา-อะมิโนบิวทีริก (GABA) เป็นสารสื่อประสาทที่ยับยั้งหลักในระบบประสาทส่วนกลางของสัตว์มีกระดูกสันหลัง [39] และสามารถเปลี่ยนโครงสร้างของตัวรับและการซึมผ่านของไอออนของตัวรับที่เกี่ยวข้องได้ [40] GABA สามารถออกฤทธิ์โดยตรงกับเซลล์กล้ามเนื้อเรียบของ tubular ผ่านทาง GABAA-R หรือ GABAB-R ซึ่งตั้งอยู่บนผนังท่อนำไข่และมีส่วนร่วมโดยควบคุมการหดตัวของ tubular ในกระต่าย [39] มนุษย์ [41] และหนู [42] การศึกษาพบว่า GABRA1 มีบทบาทสำคัญในการผลิตไข่ ระดับการแสดงออกที่สูงของ GABRA1 สามารถยับยั้งการแพร่กระจายของเซลล์ granulosa เพิ่มการตายของเซลล์ และยับยั้งการสังเคราะห์และการหลั่งฮอร์โมนโปรเจสเตอโรน ส่งผลให้การผลิตไข่ลดลง [43–45] จังหวะการวางไข่ของแม่ไก่ไข่เป็นกระบวนการควบคุมระบบประสาท [46, 47] จากผลลัพธ์เหล่านี้ เราคาดการณ์ว่ามีความสัมพันธ์ที่ละเอียดอ่อนระหว่างการก่อตัวของจุดเปลือกไข่กับระบบประสาท แม้ว่าการเชื่อมโยงที่แม่นยำจะต้องมีการตรวจสอบเพิ่มเติม

TMOD4 ซึ่งเป็นสมาชิกของกลุ่มโปรตีนที่หุ้มปลายแหลมของเส้นใยแอคติน [48] แสดงออกในกล้ามเนื้อโครงร่างและหัวใจ [49, 50] การศึกษารายงานว่า TMOD4 มีอยู่ในเลนส์ไก่ที่โตเต็มวัย เม็ดเลือดแดง และเส้นใยกล้ามเนื้อโครงร่างที่กระตุกอย่างรวดเร็ว [51] พบว่า TMOD4 มีส่วนร่วมในการประกอบไมโอไฟบริล การหดตัวของกล้ามเนื้อ และการสร้างความแตกต่าง [52–54] การหดตัวของกล้ามเนื้อท่อนำไข่ทำให้ไข่หมุนในมดลูก ทำให้เม็ดสีเกาะตัวอยู่บนผิวเปลือกไข่อย่างสม่ำเสมอ เราคาดการณ์ว่าการก่อตัวของไข่ที่มีจุดอาจเกี่ยวข้องกับการหดตัวของกล้ามเนื้อท่อนำไข่ แต่จำเป็นต้องมีการวิจัยเพิ่มเติม GSEA ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์การทำงานทางชีววิทยาของยีนที่แสดงออกทั้งหมด เพื่อหลีกเลี่ยงการสูญเสียชุดยีนที่น่าสนใจบางชุดผ่านกลยุทธ์ที่ปราศจากการตัด ยีนที่แสดงออกของ Te นั้นส่วนใหญ่ได้รับการเสริมสมรรถนะในเส้นทางการส่งสัญญาณแคลเซียม, การยึดเกาะโฟกัส, เส้นทางการส่งสัญญาณ MAPK และปฏิสัมพันธ์ระหว่างลิแกนด์กับตัวรับทางประสาท มีรายงานว่าในกระบวนการทำให้แร่จากเปลือกไข่ ยีนที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางการส่งสัญญาณของแคลเซียมเกี่ยวข้องกับการดูดซับไอออนของแคลเซียมและคาร์บอเนตจากเลือด และถูกส่งไปยังของเหลวในมดลูกผ่านทางเซลล์เยื่อบุผิวของท่อนำไข่เพื่อมีส่วนร่วมในเปลือกไข่ การทำให้เป็นแร่ [46, 55]. เมื่อไอออนของแคลเซียมและคาร์บอเนตยังคงสะสมแร่ธาตุในเปลือกไข่ ไข่จะหมุนอย่างต่อเนื่องในมดลูก และเม็ดสีของเปลือกไข่ที่เรียกว่าโปรโตพอร์ฟีริน-IX สามารถสะสมอยู่บนพื้นผิวเปลือกไข่ได้อย่างสม่ำเสมอ [56] เราคาดการณ์ว่าความแตกต่างในการจัดหาคาร์บอเนตและแคลเซียมไอออนระหว่างทั้งสองกลุ่มอาจนำไปสู่การกระจายตัวของเม็ดสีที่ไม่สม่ำเสมอในกระบวนการสะสมบนพื้นผิวเปลือกไข่ ทำให้เกิดจุดเปลือกไข่

cistanche tubulosa-ปรับปรุงระบบภูมิคุ้มกัน

การยึดเกาะแบบโฟกัสเป็นโครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่ที่ก่อให้เกิดการเชื่อมต่อทางกลระหว่างโครงร่างโครงร่างโครงร่างของเซลล์แอกตินในเซลล์และส่วนประกอบเมทริกซ์นอกเซลล์ [57] แสดงให้เห็นว่าการยึดเกาะแบบโฟกัสมีบทบาทสำคัญในการรักษาสัณฐานวิทยาและการทำงานของท่อนำไข่ในกบสีน้ำตาลของจีน [58] ในขณะที่การยึดเกาะแบบโฟกัสยังเกี่ยวข้องกับกลไกของความแตกต่างในการผลิตไข่ในไก่เหลืองจิงไห่และหนานตัน-เหยา ไก่บ้าน [59, 60]. ในการศึกษาปัจจุบัน การยึดเกาะแบบโฟกัสเกี่ยวข้องกับการก่อตัวของจุดเปลือกไข่ แต่กลไกการมีส่วนร่วมที่เฉพาะเจาะจงยังคงต้องมีการตรวจสอบเพิ่มเติม วิถีทาง MAPK มีสมาชิกที่โดดเด่น 3 ส่วน ได้แก่ โปรตีนไคเนสที่กระตุ้นการทำงานของไมโทเจน p38 (p38 MAPK), ไคเนสที่ปลาย N ของจุน (JNK) และไคเนสการตอบสนองนอกเซลล์ (ERK) ซึ่งร่วมกันควบคุมการเจริญเติบโตของเซลล์ การสร้างความแตกต่าง การตายของเซลล์ การอักเสบ และอื่นๆ การตอบสนองทางสรีรวิทยาที่สำคัญ [61] วิถีทาง ERK 1/2 MAPK ได้รับการพิสูจน์แล้วว่ามีบทบาทสำคัญในการเจริญเติบโต การพัฒนา และการแยกความแตกต่างของท่อนำไข่และมดลูก [62] วังและคณะ ใช้วานาเดียมเพื่อกระตุ้นการเจริญเติบโตของเซลล์เยื่อบุท่อนำไข่ และพบว่าสมาชิกในครอบครัว MAPK ถูกกระตุ้น ซึ่งนำไปสู่ความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชันของท่อนำไข่ กิจกรรมของเซลล์ลดลง และการตายของเซลล์ [63] ในการศึกษาปัจจุบัน เราพบว่าเส้นทางการส่งสัญญาณ MAPK ในกลุ่มที่มีจุดนั้นได้รับการปรับปรุงให้ดีขึ้นอย่างมาก ดังนั้นจึงคาดการณ์ว่าแม่ไก่ที่วางไข่ที่มีจุดอาจมีความเครียดอยู่บ้าง โดยมีผลกระทบต่อท่อนำไข่บ้าง ปฏิกิริยาระหว่างลิแกนด์กับตัวรับในระบบประสาทสัมพันธ์กับการสังเคราะห์ฮอร์โมนสเตียรอยด์ในอวัยวะสืบพันธุ์ พวกเขามีบทบาทสำคัญในการควบคุมการผลิตไข่และการทำงานของรังไข่ในสัตว์ปีก [59, 64] ยีนที่แสดงออกอย่างแตกต่างของ Te GABRA2 ก็เป็นของเส้นทางปฏิสัมพันธ์ระหว่างลิแกนด์และตัวรับทางระบบประสาทเช่นกัน เนื่องจากจุดเปลือกไข่ปรากฏขึ้นอันเป็นผลมาจากการผลิตไข่ และการผลิตไข่เป็นกระบวนการที่เป็นจังหวะ การเพิ่มประสิทธิภาพอย่างมากของปฏิสัมพันธ์ระหว่างลิแกนด์กับตัวรับที่ออกฤทธิ์ทางประสาทในกลุ่มที่มีจุดทำให้เราคาดเดาว่าอาจมีความแตกต่างในประสิทธิภาพการผลิตไข่ระหว่างแม่ไก่ที่วางไข่ที่มีจุด และแม่ไก่วางไข่ตามปกติ แต่ต้องมีการสำรวจเพิ่มเติม

ปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมอาจส่งผลต่อการแสดงออกของยีนผ่านการดัดแปลงอีพีเจเนติกส์ การรวมกันของการดัดแปลงทางพันธุกรรมและอีพิเจเนติกส์อาจเป็นประโยชน์ในการอธิบายกลไกการก่อตัวของลักษณะที่ซับซ้อน [19, 65] มีการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่าง DNA methylation ทั่วทั้งจีโนมและการแสดงออกของยีนมานานหลายปีแล้ว โดยทั่วไป DNA methylation จะยับยั้งการแสดงออกของยีน [68] ผลการศึกษาครั้งนี้สอดคล้องกับผลการวิจัยก่อนหน้านี้ว่าระดับการแสดงออกของยีนที่สูงสัมพันธ์กับ DNA methylation ที่ต่ำในบริเวณโปรโมเตอร์ [67, 68] อย่างไรก็ตาม ไม่พบแนวโน้มที่ชัดเจนในบริเวณร่างกายของยีน ซึ่งอาจเป็นเพราะรูปแบบการแสดงออกของยีนยังถูกควบคุมโดยปัจจัยอื่น ๆ [69, 70] การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าทางหน้าที่พบว่า DMG ส่วนใหญ่ได้รับการเสริมสมรรถนะในภูมิคุ้มกันที่ใช้เซลล์ T การตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชั่น และการตอบสนองของเซลล์ต่อสิ่งเร้าที่ทำลาย DNA และเส้นทางส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับความชรา [71–73] นอกจากนี้ยังมีการระบุยีนที่เกี่ยวข้องกับความชราอื่นๆ เช่น GCLC [74], CAV1 [75] และ LYN [76] การรวมกันของข้อมูลทรานสคริปต์โตมและข้อมูลเมทิลเลชันของ DNA แสดงให้เห็นว่า BFSP2 เป็นยีนเดียวที่ทับซ้อนกันและมีการแสดงออกอย่างมีนัยสำคัญทั้งในระดับ DNA เมทิลเลชั่นและระดับการถอดเสียง BFSP2 มีภาวะไฮโปเมทิลเลตและระดับการแสดงออกของมันอยู่ในระดับต่ำในกลุ่มจุด บ่งชี้ว่าการแสดงออกของยีนถูกควบคุมโดยปัจจัยการถอดรหัสอื่น ๆ นอกเหนือจากการดัดแปลงเมทิลเลชัน นอกจากนี้ BFSP2 ยังได้รับการระบุว่าเป็นยีนที่เหมาะสมในโรคต้อกระจกที่มีมา แต่กำเนิดที่มีลักษณะเด่น autosomal [77] และโรคต้อกระจกที่ก้าวหน้า [78] แม้ว่าจะแสดงให้เห็นว่า BFSP2 เกี่ยวข้องกับพัฒนาการของดวงตาในไก่ [79] แต่การศึกษาเกี่ยวกับหน้าที่อื่นๆ ในไก่ยังมีจำกัด ดังนั้นจึงจำเป็นต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมเพื่ออธิบายบทบาทของมันในการสร้างเปลือกไข่ที่มีจุด

ประโยชน์ของซิสตานช์สำหรับระบบภูมิคุ้มกันของผู้ชาย

ข้อสรุป

โดยสรุป ดัชนีภูมิคุ้มกันในซีรั่มบ่งชี้ว่าเนื้อหา IgA ในกลุ่มที่มีจุดนั้นต่ำกว่าในกลุ่มปกติอย่างมาก และเราคาดการณ์ว่าการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันที่ลดลงมีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับการก่อตัวของจุดเปลือกไข่ การวิเคราะห์ถอดเสียงตรวจพบ 7 DEG ระหว่างกลุ่มที่มีจุดและกลุ่มปกติ ซึ่ง IQSEC3, GABRA2 และ BFSP2 ถูกระบุว่าเป็นยีนที่สำคัญที่อาจเกี่ยวข้องกับการก่อตัวของไข่ที่มีจุด การวิเคราะห์เมทิลเลชันของ DNA ระบุ DMG ที่เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกันที่มีทีเซลล์เป็นสื่อกลาง, การตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชัน และการตอบสนองของเซลล์ต่อสิ่งกระตุ้นความเสียหายของ DNA จาก 282 DMG ที่ระบุ มี 15 รายการที่เกี่ยวข้องกับความชรา การวิเคราะห์เชิงบูรณาการของทรานสคริปโตมีและดีเอ็นเอเมทิลเลชันพบว่ายีนที่ทับซ้อนกันเพียงยีนเดียวคือ BFSP2 ซึ่งแทบจะไม่มีการศึกษาในไก่เลย ข้อมูลที่นำเสนอในที่นี้ชี้ให้เห็นว่าวิถีภูมิคุ้มกันและการแก่ชราของแม่ไก่ไข่อาจส่งผลต่อการก่อตัวของเปลือกไข่ที่มีจุด ซึ่งช่วยให้เราเข้าใจกลไกการเกิดจุดในเปลือกไข่ได้ดีขึ้น

อ้างอิง

1. เบน เอ็มเอ็ม, นิส วาย, ดันน์ ไอซี เพิ่มความคงทนในการวางไข่และรักษาคุณภาพไข่ให้คงที่ในรอบการวางไข่ที่ยาวนานขึ้น ความท้าทายคืออะไร? Br โพลท์วิทย์ 2016;57(3):330–8.

2. Pottgüter R. การให้อาหารแม่ไก่ไข่จนถึงอายุ 100 สัปดาห์ บริษัท โลห์มานน์ จำกัด 2016;50:18–21.

3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. การเปลี่ยนแปลงลักษณะคุณภาพไข่ในระหว่างระยะสุดท้ายของการผลิต: มีศักยภาพที่วงจรการวางไข่จะขยายออกไปหรือไม่ Br โพลท์วิทย์ 2016;57(6):842–7.

4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. เหตุใดไข่ของนกจึงมีจุด อีโคล เล็ตต์. 2005;8(10):1105–13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. ความสัมพันธ์ระหว่างสีเปลือกและอุบัติการณ์ของจุดในเส้นไข่สีน้ำตาล ใน: Proc XIIth European Poultry Conference: 2006. 2006. p. 10–4.

6. Cheng X, Fan C, Ning Z. คุณภาพของไข่กระและปัจจัยที่มีอิทธิพล วิทยาการสัตว์ปีกของจีน 2019;41(19):6–9 (ภาษาจีน)

7. ฮิงค์เก้ เอ็มที, นิส วาย, เกาตรอน เจ, มานน์ เค, โรดริเกซ-นาวาร์โร เอบี, แม็คคี MD เปลือกไข่: โครงสร้าง องค์ประกอบ และแร่ธาตุ Front Biosci (แลนด์มาร์ค เอ็ด) 2012;17(4):1266–80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. สีเปลือกไข่ในไก่ไข่สีน้ำตาล - บทวิจารณ์ โพลวิทย์ 2015;94(10):2566–75.

9. วิลสัน พีดับเบิลยู, ซูเธอร์ ซีเอส, เบน เอ็มเอ็ม, อิคเคน ดับเบิลยู, โจนส์ เอ, ควินแลน-พลัค เอฟ, โอโลริ วี, เกาตรอน เจ, ดันน์ ไอซี ทำความเข้าใจเกี่ยวกับการก่อตัวของหนังกำพร้าไข่ของนกในท่อนำไข่: การศึกษาต้นกำเนิดและการสะสมของมัน ไบโอล รีโพรด. 2017;97(1):39–49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X แคดเมียมคลอไรด์ในอาหารช่วยลดแร่ธาตุทางชีวภาพของเปลือกโดยการรบกวนการเผาผลาญของต่อมเปลือกไข่ในไก่ไข่ เจ แอนิม วิทย์. 2020;98(2):skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. การเสื่อมสภาพของคุณภาพเปลือกไข่ในไก่ไข่ที่ทดลองติดเชื้อไวรัสไข้หวัดนก H9N2 สัตวแพทย์ Res. 2559;47:35.

12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallocatechin-3-การเปลี่ยนเม็ดสีเปลือกไข่ที่เกิดจากวานาเดียมป้องกัน gallate ผ่าน P38MAPK-Nrf2/HO-1 เส้นทางการส่งสัญญาณในแม่ไก่ไข่ โพลวิทย์ 2018;97(9):3109–18.

13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. การศึกษาลักษณะทางเคมีของสารที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของประเภทปอดบวม: การเหนี่ยวนำของการเปลี่ยนแปลงโดยเศษส่วนของกรดดีออกซีไรโบนิวคลีอิกที่แยกได้จากโรคปอดบวมประเภท Iii เจเอ็กซ์พีเมด 1944;79(2):137–58.

14. คอชมันสกี้ เจ, มาร์ชเลวิช เอเอช, คาวาลคานเต้ อาร์จี, ซาร์ตอร์ เอ็มเอ, โดลินอย ดีซี DNA methylation ที่เกี่ยวข้องกับอายุและไฮดรอกซีเมทิลเลชั่นในเลือดของหนูตามยาว อีพีเจเนติกส์ 2018;13(7):779–92.

15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY DNA methylation ควบคุมการแสดงออกของยีนในการเกิดพังผืดของอวัยวะ Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017;1863(9):2389–97.

16. Ehrlich M. DNA hypermethylation ในโรค: กลไกและความเกี่ยวข้องทางคลินิก อีพีเจเนติกส์ 2019;14(12):1141–63.

17. Ling C, Ronn T. Epigenetics ในโรคอ้วนของมนุษย์และโรคเบาหวานประเภท 2 Metab ของเซลล์ 2019;29(5):1028–44.

18 Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. การบริโภคเอธานอลของมารดาจะเปลี่ยนแปลง epigenotype และฟีโนไทป์ของลูกหลานในรูปแบบเมาส์ ปล.เจเน็ต 2010;6(1):e1000811.

19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. การตรวจหายีนหลักและเครื่องหมาย Epigenetic ในตับไก่แบบกว้างของจีโนม Int J โมลวิทย์ 2020;21(5):1800.

20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J, และคณะ รูปแบบ DNA methylation และการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับขนาดครอกในรกหมู Berkshire กรุณาหนึ่ง 2017;12(9):e0184539.

21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, เพลง X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B, และคณะ การจัดลำดับการถอดเสียงเผยให้เห็นยีนที่เกี่ยวข้องกับความเครียดออกซิเดชันที่กระตุ้นด้วยแคดเมียมในหัวใจไก่ โพลวิทย์ 2021;100(3):100932. 22. บู SY, แทน SW, เอลิธีน NB, โฮ ซีแอล, โอมาร์ อาร์อาร์, ยีป SK การวิเคราะห์ถอดเสียงของเซลล์นักฆ่าตามธรรมชาติของลิมโฟไซต์ในเซลล์ไก่ในไก่ที่ติดเชื้อไวรัสเบอร์ซัลที่มีความรุนแรงมาก ตัวแทนวิทยาศาสตร์ 2020;10(1):18348.

23 Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. การวิเคราะห์การถอดเสียงของการพัฒนากล้ามเนื้อของตัวอ่อนในไก่ภูเขา Chengkou บีเอ็มซี จีโนมิกส์ 2021;22(1):431.

24 Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. ลักษณะเฉพาะและการวิเคราะห์การถอดเสียงในลำไส้เล็กส่วนต้นของโคเนื้อจีนด้วยประสิทธิภาพการป้อนที่แตกต่างกันโดยใช้ RNA-Seq ฟรอนท์ เจเนท. 2021;12:741878.

25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S, และคณะ ผลของความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชั่นต่อรังไข่ของไก่: การมีส่วนร่วมของการแทรกแซงของไมโครไบโอต้าและเมลาโทนิน สารต้านอนุมูลอิสระ (บาเซิล) 2021;10(9):1422.

26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. ระดับแคลเซียมและโคเลแคลซิเฟอรอลในไก่ไข่ระยะสุดท้าย: ผลต่อลักษณะการผลิต คุณภาพไข่ ชีวเคมีในเลือด และการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกัน วิทยาสัตวแพทย์ด้านหน้า 2020;7:389.

27. โมเรโน่ เจ, โอซอร์โน่ เจแอล. สีไข่นกและการเลือกเพศ: ผิวคล้ำจากเปลือกไข่สะท้อนถึงสภาพของตัวเมียและคุณภาพทางพันธุกรรมหรือไม่? อีโคล เล็ตต์. 2003;6(9):803–6.

28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporphyrin IX และความเครียดออกซิเดชัน ฟรี Radic Res 1999;31(3):161–70.

29 Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. แอนติบอดีตามธรรมชาติ, อิมมูโนโกลบูลินทางหลอดเลือดดำและบทบาทของพวกเขาในภูมิต้านตนเอง, มะเร็งและการอักเสบ คลินิก เอ็กซ์พี อิมมูนอล 2009;158(อาหารเสริม 1):43–50.

30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. ความไม่แน่นอนของเปลือกไข่และตัวบ่งชี้สีของสุขภาพและสภาวะในหัวนมสีฟ้า Cyanistes caeruleus หรือไม่? เจ เอเวียน ไบโอล. 2550;38(3):377–84.

31 Fagarasan S, Honjo T. การสังเคราะห์ IgA ในลำไส้: การควบคุมการป้องกันร่างกายแนวหน้า แนท เรอ อิมมูนอล. 2003;3(1):63–72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. การเสริมเบต้ากลูแคนของยีสต์ในอาหารช่วยเพิ่มสีเปลือกไข่และความสามารถในการฟักไข่ที่อุดมสมบูรณ์ รวมถึงเพิ่มการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันในพ่อแม่พันธุ์ ไก่ไข่ อินท์ เจ ไบโอล แมคโครมอล 2020;159:607–21.

33 Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. การปรับระบบภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติของเยื่อเมือกและเยื่อเมือกในมดลูกในไก่ไข่ โพลวิทย์ 2019;98(7):3022–8.

34. หลี่ เจ, ฉิน คิว, หลี่ YX, เล้ง XF, อู๋ วายเจ การได้รับไตรออร์โธเครซิลฟอสเฟตส่งผลให้การผลิตไข่ต่ำและคุณภาพเปลือกไข่ไม่ดี เนื่องจากการรบกวนการพัฒนาฟอลลิคูลาร์และการทำงานของต่อมเปลือกในแม่ไก่ไข่ Ecotoxicol สิ่งแวดล้อมปลอดภัย 2021;225:112771.

35. ฟุคายะ เอ็ม, คามาตะ เอ, ฮารา วาย, ทามากิ เอช, คัตสึมาตะ โอ, อิโตะ เอ็น, ทาเคดะ เอส, ฮาตะ วาย, ซูซูกิ ที, วาตานาเบะ เอ็ม และอื่นๆ SynArfGEF เป็นปัจจัยแลกเปลี่ยนนิวคลีโอไทด์ guanine สำหรับ Arf6 และจำกัดเฉพาะที่ความเชี่ยวชาญพิเศษหลังซินแนปติกของไซแนปส์ที่ยับยั้ง เจ นิวโรเคม. 2011;116(6):1122–37.

36. เอิ่มเจดับบลิว ฟังก์ชั่น Synaptic ของตระกูล IQSEC ของปัจจัยการแลกเปลี่ยนนิวคลีโอไทด์ของปัจจัย ADP-ribosylation guanine โรคประสาทวิทยา Res. 2017;116:54–9.

37. อืม JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y และคณะ IQ Motif และโปรตีนที่ประกอบด้วยโดเมน SEC7 3 (IQSEC3) โต้ตอบกับ Gephyrin เพื่อส่งเสริมการสร้างไซแนปส์ยับยั้ง เจ ไบโอล เคม. 2016;291(19):10119–30.

38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J, และคณะ การสูญเสีย IQSEC3 ขัดขวางการบำรุงรักษาไซแนปส์ GABAergic และลดการแสดงออกของ Somatostatin ในฮิบโปแคมปัส ตัวแทนเซลล์ 2020;30(6):1995-2005 e1995

39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. GABAB การกระตุ้นโดยตัวรับของการหดตัวของท่อนำไข่กระต่ายที่แยกได้ ยูโร เจ ฟาร์มาคอล. 1984;99(4):333–6. 40 Roth FC, Draguhn A. GABA เมแทบอลิซึมและการขนส่ง: ผลต่อประสิทธิภาพของซินแนปติก พลาสเตอร์ประสาท 2012;2012:805830.

41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. ความหนาแน่นสูงของจุดจับ GABA เฉพาะในท่อนำไข่ของมนุษย์ Neurosci เล็ตต์. 1983;42(2):155–60.

42 Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. ความเข้มข้นของ GABA ในท่อนำไข่สูงกว่าในสมองของหนู เจ นิวโรเคม. 1982;38(4):1174–6.

43. Sun X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. การวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบของรูขุมขนในรังไข่เผยให้เห็นยีนที่สำคัญและเส้นทางการส่งสัญญาณที่เกี่ยวข้องในการผลิตไข่ไก่ บีเอ็มซี จีโนมิกส์ 2021;22(1):899.

44. เฉิน เอกซ์, ซัน เอกซ์, ชิมบาก้า ไอเอ็ม, ฉิน เอ็น, ซู X, ลิสวานิโซ เอส, ซู อาร์, กอนซาเลซ เจเอ็ม การวิเคราะห์ถอดเสียงของรูขุมขนรังไข่เผยให้เห็นยีนสำคัญที่อาจเกิดขึ้นซึ่งสัมพันธ์กับอัตราการผลิตไข่ไก่ที่เพิ่มขึ้นและลดลง ฟรอนท์ เจเนท. 2021;12:622751.

45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X การทำโปรไฟล์การถอดเสียงระบุยีนที่แสดงออกแตกต่างกันในรังไข่ห่าน Huoyan ระหว่างระยะเวลาวางไข่และระยะเวลาหยุด กรุณาหนึ่ง 2014;9(11):e113211.

46. ​​Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y และอื่นๆ Circadian miR-449c-5p ควบคุมการขนส่ง Ca(2+) ของมดลูกในระหว่างการกลายเป็นปูนของเปลือกไข่ในไก่ บีเอ็มซี จีโนมิกส์ 2021;22(1):764.

47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M, และคณะ การวิเคราะห์ถอดเสียงเผยให้เห็นยีนที่แสดงออกแตกต่างกันซึ่งสัมพันธ์กับอัตราการผลิตไข่ที่สูงในแกนต่อมใต้สมองและรังไข่ของไก่ ตัวแทนวิทยาศาสตร์ 2020;10(1):5976.

48. ค็อกซ์ พีอาร์, ซิดดิก ที, โซห์บี HY. การจัดเรียงจีโนมของ Tropomodulins 2 และ 4 และการประกบระหว่างพันธุกรรมและ intraexonic ที่ผิดปกติของ YL-1 และ Tropomodulin 4 BMC Genomics 2001;2:7.

49. ค็อกซ์พีอาร์, โซห์บี HY. การหาลำดับ การวิเคราะห์การแสดงออก และการทำแผนที่ของยีน tropomodulin ของมนุษย์ 3 ยีนที่มีลักษณะเฉพาะและ orthologs ของเมาส์ จีโนมิกส์ 2000;63(1):97–107.

50. ยามาชิโระ เอส, โกคิน ดีเอส, คิมูระ เอส, โนวัค RB, ฟาวเลอร์ วีเอ็ม Tropomodulins: โปรตีนปิดปลายแหลมที่ควบคุมสถาปัตยกรรมเส้นใยแอคตินในเซลล์ประเภทต่างๆ โครงกระดูก (โฮโบเกน) 2012;69(6):337–70.

51. อัลเมนาร์-เกรอลต์ เอ, ลี อา, คอนลีย์ ซีเอ, ริบาส เด ปูปลานา แอล, ฟาวเลอร์ วีเอ็ม การจำแนกไอโซฟอร์มของโทรโพโมดูลินชนิดใหม่ คือ โทรโพโมดูลินของโครงกระดูก ซึ่งแคปใยแอกตินที่แหลมปลายในกล้ามเนื้อโครงร่างเร็ว เจ ไบโอล เคม. 1999;274(40):28466–75.

52 Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X การจัดลำดับและลักษณะของ lncRNAs ในกล้ามเนื้ออกของไก่ Gushi และ Arbor Acres จีโนม 2018;61(5):337–47.

53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L, และคณะ การวิเคราะห์การแสดงออกร่วมของยีนที่เกี่ยวข้องกับน้ำหนักของทารกในครรภ์ในกล้ามเนื้อโครงร่างของไข่ในช่วงพัฒนาการของทารกในครรภ์ระยะกลางและปลาย Int J Biol วิทย์ 2014;10(9):1039–50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. การวิเคราะห์ถอดเสียงเผยให้เห็นความเข้าใจระดับโมเลกุลของนิโคตินาไมด์และโซเดียมบิวเทรตต่อคุณภาพเนื้อสัตว์ของไก่เนื้อภายใต้ความหนาแน่นสูง บีเอ็มซี จีโนมิกส์ 2020;21(1):412.

55. จาง เอฟ, หยิน แซด, จาง เจเอฟ, จู เอฟ, ฮิงค์เค เอ็ม, หยาง เอ็น, โหว ซี การรวมข้อมูลทรานสคริปโตมี โปรตีโอม และ QTL เพื่อค้นหายีนที่สำคัญเชิงหน้าที่สำหรับการสร้างเปลือกไข่เป็ดและไข่ขาว จีโนมิกส์ 2020;112(5):3687–95.

56. นิส วาย, โกตรอน เจ, การ์เซีย-รุยซ์ เจเอ็ม, ฮิงค์เก้ เอ็มที การทำให้แร่จากเปลือกไข่ในนก: ลักษณะทางชีวเคมีและการทำงานของเมทริกซ์โปรตีน ซีอาร์ ปาเลวอล. 2004;3(6–7):549–62.

57. เฉิน ซีเอส, อลอนโซ่ เจแอล, ออสตูนี่ อี, ไวท์ไซด์ จีเอ็ม, อิงเบอร์ เดอี รูปร่างของเซลล์ช่วยให้สามารถควบคุมชุดการยึดเกาะโฟกัสได้ทั่วโลก ชุมชน Biochem Biophys Res 2003;307(2):355–61.

58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. การวิเคราะห์ทางโปรตีโอมิกเชิงเปรียบเทียบของท่อนำไข่ Rana chensinensis โมเลกุล 2018;23(6):1384.

59 Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. การวิเคราะห์การถอดเสียงของรังไข่ในไข่ที่ค่อนข้างมากขึ้นและน้อยกว่าที่ผลิตไก่เหลืองจิงไห่ Anim Reprod วิทย์ 2019;208:106114.

60. Sun T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X การวิเคราะห์การถอดเสียงเผยให้เห็นยีนที่สำคัญและวิถีทางที่เกี่ยวข้องกับการผลิตไข่ในไก่บ้าน Nandan-Yao Comp Biochem Physiol ตอนที่ D จีโนมิกส์โปรตีโอมิกส์ 2021;40:100889.

61. Peter AT, Dhanasekaran N. Apoptosis ของเซลล์ granulosa: การทบทวนบทบาทของโมดูลการส่งสัญญาณ MAPK ทำซ้ำ Domest Anim 2003;38(3):209–13.

62 Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. AHCYL1 ได้รับการสื่อกลางโดยการส่งสัญญาณเซลล์ ERK1/2 MAPK ที่เกิดจากฮอร์โมนเอสโตรเจนและการควบคุม microRNA เพื่อส่งผลต่อลักษณะการทำงานของท่อนำไข่ของนก กรุณาหนึ่ง 2012;7(11):e49204.

63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. ผลออกซิเดชันและการตายของเซลล์ของ Vanadate ได้รับการสื่อกลางโดยวิถีทาง MAPK-Nrf2 ในเซลล์เยื่อบุผิวท่อนำไข่ชั้น Magnum เมทัลโลมิกส์. 2017;9(11):1562–75.

64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. การวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบของรังไข่เป็ดที่ผลิตไข่สูงและต่ำ โพลวิทย์ 2017;96(12):4378–88.

65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Transcriptomic และ Epigenetic Preservation ของอัตลักษณ์ทางเพศทางพันธุกรรมใน Estrogen-feminized Male Chicken Embryonic Gonads ต่อมไร้ท่อ 2021;162(1):bqaa208.

66. Huang YZ, Sun JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X และอื่นๆ โปรไฟล์ DNA methylation ทั่วทั้งจีโนมและความสัมพันธ์กับ mRNA และ microRNA transcriptome ในเนื้อเยื่อกล้ามเนื้อวัว (Bos taurine) ตัวแทนวิทยาศาสตร์ 2014;4:6546.

67 Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. การวิเคราะห์เชิงบูรณาการของเมทิลโลมและทรานสคริปต์ของไก่ที่มีอาการเลือดออกในตับไขมัน บีเอ็มซี จีโนมิกส์ 2021;22(1):8.

68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M, และคณะ การวิเคราะห์แบบบูรณาการของเมทิลโลม ทรานสคริปโตม และไมอาร์เอ็นโอมของสุกรสามสายพันธุ์ อีพีจีโนมิกส์ 2018;10(5):597–612.

69 Lawrence M, Daujat S, Schneider R. การคิดนอกกรอบ: การปรับเปลี่ยนฮิสโตนควบคุมการแสดงออกของยีนอย่างไร เทรนด์เจเน็ต 2016;32(1):42–56.

70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. การควบคุมยีนหลังการถอดรหัสโดยการดัดแปลง mRNA Nat Rev Mol Cell Biol. 2017;18(1):31–42.

71. จักราวาตี บี, อับราฮัม GN. ภูมิคุ้มกันที่ชราภาพและทีเซลล์เป็นสื่อกลาง Mech Aging Dev. 1999;108(3):183–206.

72 Camougrand N, Rigoulet M. อายุและความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชัน: การศึกษายีนบางชนิดที่เกี่ยวข้องทั้งในการแก่ชราและการตอบสนองต่อความเครียดจากปฏิกิริยาออกซิเดชัน หายใจฟิสิออล 2001;128(3):393–401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. การตอบสนองต่อความเสียหายของ DNA ในระบบในวัยและโรคต่างๆ ยาชีวจิตมะเร็งเซมิน 2016;37–38:26–35.

74. ออร์ WC, ราดยัค SN, ปราภูเดไซ แอล, โทโรเซอร์ ดี, เบเนส เจเจ, ลูชัค เจเอ็ม, ม็อกเก็ตต์ อาร์เจ, เรบริน ไอ, ฮับบาร์ด เจจี, โซฮาล อาร์เอส การแสดงออกมากเกินไปของกลูตาเมต - ซิสเทอีน ligase ช่วยยืดอายุขัยใน Drosophila melanogaster เจ ไบโอล เคม. 2005;280(45):37331–8.

75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B, และคณะ หนู Caveolin-1 null (-/-) แสดงอายุขัยที่ลดลงอย่างมาก ชีวเคมี. 2003;42(51):15124–31.

76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH และอื่นๆ ความหลากหลายของยีนผู้สมัครสำหรับโรคเบาหวาน โรคหลอดเลือดหัวใจ และมะเร็งสัมพันธ์กับการมีอายุยืนยาวของชาวเกาหลี ประสบการณ์ Mol Med 2009;41(11):772–81.

77 Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. ต้อกระจกที่มีมา แต่กำเนิดที่มีลักษณะเด่นของ Autosomal ที่เกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ของการลบในยีนโปรตีนเส้นใยลูกปัดของมนุษย์ BFSP2 แอม เจ ฮัม เจเน็ต 2000;66(4):1432–6.

78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, สัปดาห์ DE, และคณะ ตำแหน่งต้อกระจกในระยะเริ่มแรกและลุกลามบนโครโมโซม 3q21-q22 มีความสัมพันธ์กับการกลายพันธุ์แบบ missense ในโปรตีนโครงสร้างแฟลเมนต์แบบบีด-2 แอม เจ ฮัม เจเน็ต 2000;66(4):1426–31.

79 Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. การเก็บเกี่ยวเบาะแสจากการวิเคราะห์ transcriptome ทั่วทั้งจีโนมเพื่อสำรวจความผิดปกติที่เป็นสื่อกลางของ thalidomide ในการพัฒนาตาของตัวอ่อนลูกไก่: ไนตริก ออกไซด์จะแก้ไขความผิดปกติของธาลิโดไมด์ที่เป็นสื่อกลางโดยการแกว่งกลับระบบไปสู่รูปแบบการถอดเสียงปกติ ไบโอชิมิ. 2016;121:253–67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: ตัวประมวลผลล่วงหน้า FASTQ แบบ all-in-one ที่เร็วเป็นพิเศษ ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2018;34(17):i884–90.

81. คิม ดี, แพ็กกี้ เจเอ็ม, พาร์ค ซี, เบนเน็ตต์ ซี, ซัลซ์เบิร์ก เอสแอล การจัดตำแหน่งจีโนมตามกราฟและจีโนไทป์ด้วย HISAT2 และ HISAT-genotype แนท ไบโอเทคโนล. 2019;37(8):907–15.

82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, การประมวลผลข้อมูลโครงการจีโนม S. การจัดตำแหน่งลำดับ/รูปแบบแผนที่ และ SAMtools ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2009;25(16):2078–9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. FeatureCounts: โปรแกรมวัตถุประสงค์ทั่วไปที่มีประสิทธิภาพสำหรับการกำหนดลำดับการอ่านให้กับคุณสมบัติจีโนม ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2014;30(7):923–30.

84. รัก MI, Huber W, Anders S. การประมาณค่าปานกลางของการเปลี่ยนแปลงการพับและการกระจายตัวของข้อมูล RNA-seq ด้วย DESeq2 จีโนมไบโอล 2014;15(12):550.

85. ซูบรามาเนียน เอ, ทามาโย พี, มูธา วีเค, มูเคอร์จี เอส, เอเบิร์ต บีแอล, ยิลเลตต์ เอ็มเอ, เพาโลวิช เอ, Pomeroy SL, Golub TR, แลนเดอร์ ES, และคณะ การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของชุดยีน: วิธีการที่ใช้ความรู้เป็นพื้นฐานสำหรับการตีความโปรไฟล์การแสดงออกทั่วทั้งจีโนม Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.

86 ครูเกอร์ เอฟ, แอนดรูว์ เอสอาร์ Bismark: ตัวจัดตำแหน่งที่ยืดหยุ่นและตัวเรียกเมทิลเลชั่นสำหรับการใช้งาน Bisulfte-Seq ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2011;27(11):1571–2.

87. โจนส์พีเอ หน้าที่ของ DNA เมทิลเลชั่น: หมู่เกาะ จุดเริ่มต้น เนื้อความของยีน และอื่นๆ แนท เรฟ เจเน็ท. 2012;13(7):484–92.

88. อคาลิน เอ, คอร์มัคสัน เอ็ม, ลี เอส, การ์เร็ตต์-เบเกลมาน เอฟอี, ฟิเกโรอา เม, เมลนิค เอ, เมสัน ซีอี methylKit: แพ็คเกจ R ที่ครอบคลุมสำหรับการวิเคราะห์กระบวนการ DNA methylation ทั่วทั้งจีโนม จีโนมไบโอล 2012;13(10):R87.

89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK Metascape มอบทรัพยากรเชิงชีววิทยาสำหรับการวิเคราะห์ชุดข้อมูลระดับระบบ แนทคอม. 2019;10(1):1523.